结论：年假抵扣工资是合法的
假期对于职工来说，尤其是年假更是能够有效的维护工作生活平衡，更好的恢复心理和身体上的健康状态。而对于雇主来说，一定程度上也能够提升员工的幸福感、归属感和忠诚度等，也是劳动法在企业中具体实践的一部分。
法律依据：劳动合同法
劳动合同法规定了员工享受带薪年假的相关规定。对于年假的休假时间和工资支付是企业必须按照规定支付的。同时，劳动者还可以选择在休假期间抵扣工资的做法。
如何账务核算？
员工的抵扣工资，需通过企业财务进行核算。核算流程分为以下几个步骤：
第一步：记录员工休年假所需支付的工资
企业财务人员可以将员工的年假工资单记录在工资核算系统里，确定员工休年假所需支付的工资金额。
第二步：将抵扣年假支付的工资核算到员工的应纳税所得中
企业财务需要判断该员工所在的纳税类型，按照税法的规定，将员工年假工资核算到其应纳税所得中，然后根据不同纳税类型所适用的税率进行预扣预缴个人所得税。
第三步：员工工资发放
企业财务需要在员工休年假期间出具支付通知单，说明员工所休年假所需支付的工资，并在政策法规允许的情况下和员工协商达成协议。企业根据具体情况，可以将工资一次性支付和月度等分多次支付。
抵扣年假支付的工资算不算加班费？
抵扣年假支付的工资不属于法定工资范畴，不能计入加班费的计算，即不享受法律规定的加班费计算方式。
年假抵扣工资与税收问题
抵扣年假支付的工资按照税法，根据不同纳税类型所适用的税率进行预扣预缴个人所得税。
年假抵扣工资相关注意事项
企业在核算年假抵扣工资时，需要格外注意以下几个方面：
1.年假抵扣工资没有任何隐性规定或附加条件。
2.企业应根据员工的劳动合同和年假制度来制定抵扣年假工资的金额。
3.企业应及时公布员工休年假所需支付的工资标准和具体计算方式。
4.企业在核算税金时，因为涉及到个人所得税的问题，需要按照税法规定进行缴税。
小结
年假抵扣工资是完全合法的行为。企业在核算员工年假抵扣工资时，需要根据《劳动合同法》相关条例进行核算，并确保税金的缴纳符合国家税收政策。同时，在员工年假抵扣工资的过程中，企业和员工应当充分了解相关政策，避免在操作中出现不必要的纠纷和误解。