一、增值税、所得税两大历史遗留争议待解
（一）医疗相关药品、用血、伙食业务是否免征增值税
有人说，营改增后不是全免了吗？不是的。
财税〔2016〕36号规定，医疗服务是指医疗机构按照不高于医疗服务指导价格为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。
《全国医疗服务价格项目规范》分为综合、诊断、治疗、康复、辅助操作和中医等类，具体包括综合医疗服务（包括医用材料器具、救护车、床位费）、病理学诊断、实验室诊断、影像学诊断、临床诊断、临床手术治疗、临床非手术治疗、临床物理治疗、康复医疗、辅助操作和中医医疗服务等。项目内涵中已包括该设备所使用的全部耗材；本规范除另有说明外，不含药品、临床用血。
而营改增前关于医疗税收的纲领性文件——财税〔2000〕42号规定，医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。
医用材料器具、救护车、床位费已经在《全国医疗服务价格项目规范》中列举，根据36号文免征增值税。而药品、用血和伙食等业务，未在《全国医疗服务价格项目规范》中列举，因此从法理上说，难以在营改增后免征增值税。
财政部、税务总局在历次营改增政策解读、解答中，既未提醒、也未强调医疗机构的药品销售等业务需要征收增值税。
因此疑问一：营改增之后，与医疗服务有关的药品、用血和伙食的业务是否继续免征增值税？
（二）未获得非营利组织免税资格的非营利性医疗机构，其医疗服务收入是否缴纳企业所得税。
2008年开始实施新的《企业所得税法》。2008年前出台的所得税优惠政策是否继续有效，纳税人非常关注。财政部、国家税务总局经请示国务院，发布了《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号），规定除《企业所得税法》、《所得税法实施条例》、国发[2007]39号、国发[2007]40号及本通知规定的优惠政策以外，2008年1月1日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。
因此，财税〔2000〕42号中免征企业所得税的规定，也是应该失效的。可能有的地方没想到需要征税，有的地方想到了估计很难去征税。在十年前的2008年，是否有税务局去曾经提醒医疗机构一定要申请认定非营利组织免税资格？大家还有印象不？
那么，在十年后的今天，还未申请、未获得非营利组织免税资格的非营利性医疗机构，是否还在免征企业所得税？是否还在按老师傅教的老套路代代相传继续免税呢？获得免税资格的非营利性医疗机构是否按规定在税局官网定期公布出来？
老五鄙见以为这两个问题，有待官方权威发声，需要大智慧来解决历史遗留问题。
二、医疗机构税收的纲领性文件
原来，医疗机构税收政策的纲领性文件应该是《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》财税〔2000〕42号。
财税〔2000〕42号文件中，将政策分为非营利性医疗机构、营利性医疗机构、卫生机构三大块进行描述：
（一）对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。
（二）对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。
（三）对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
（四）营利性医疗机构自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：医疗服务收入免征营业税；自产自用的制剂免征增值税；自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
（五）对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家法规的价格取得的卫生服务收入（含疫苗接种和调拨、销售收入），免征各项税收。
（六）对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
三、医疗机构税收的演变过程
（一）2009年营业税免税政策由规范性文件升格为行政法规
2009版《营业税暂行条例》第八条第三项：（三）医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务，免征营业税。
《营业税暂行条例》对医疗服务免税政策进行了简化和扩围：
1、对医疗机构不再区分营利性和非营利性；
2、医疗机构包括疾病控制机构和妇幼保健机构等，不再将其单独划为卫生机构。
（二）2016年5月1日起，全面实施营改增试点
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号规定，医疗机构提供的医疗服务免征增值税。
政策继续沿用《营业税暂行条例》的口径：
1、医疗机构不区分营利性和非营利性；
2、医疗机构包括疾病控制机构和妇幼保健机构等；
3、医疗服务，是指按照不高于医疗服务指导价格提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。
4、增值税减免性质代码：01129999
（三）目前部分免税政策继续有效
1、对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。
2、对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
3、营利性医疗机构自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其自产自用的制剂免征增值税；自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
4、卫生机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
5、企业办的各类医院自用的房产，免征房产税。【财税地字[1986]8号】
6、医院占用耕地免征耕地占用税。【《耕地占用税暂行条例》第八条】
（四）部分政策应及时修改或者明确废止
1、对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。本条老五建议明文废止或者给与定期优惠。
2、卫生机构按照国家法规的价格取得的卫生服务收入，免征各项税收。本条老五建议继续保留。
四、医疗机构企业所得税政策
（一）、财税〔2000〕42号规定的企业所得税免税政策不再执行
《关于企业所得税若干优惠政策的通知》财税[2008]1号：除《企业所得税法》、《所得税法实施条例》、国发[2007]39号、国发[2007]40号及本通知规定的优惠政策以外，2008年1月1日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。财税〔2000〕42号规定的企业所得税免税政策不在列举之内，因此，从2008年1月1日起，医疗机构的医疗服务收入、卫生机构的卫生服务收入，不能再根据财税〔2000〕42号而免征企业所得税。
（二）非营利性医疗机构
1、非营利性医疗机构可以按照《财政部 税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》财税〔2018〕13号规定获得非营利组织免税资格，其符合条件的收入享受《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定的免税优惠。
2、疾病控制机构和妇幼保健机构等收取的预防接种服务费，属于不征税收入。
3、不符合条件的收入，按规定缴纳企业所得税。
（三）营利性医疗机构按规定缴纳企业所得税
五、个人所得税
（一）设立个人独资企业、个人合伙企业、个体工商户的医疗机构，按“个体户的生产、经营所得”缴纳个税。
（二）个人承包、承租医疗机构所得，按“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”缴纳个税。
（三）个人在医疗机构任职，按“工资、薪金所得”，医疗机构代扣代缴个税。
（四）医疗机构临时聘请医生坐堂、主刀等，按“劳务报酬所得”，医疗机构代扣代缴个税。
六、非营利与非盈利
非营利性医疗机构并不意味着不能盈利。它们可以有盈利，即可以产生利润；只是盈利（利润）不能分配股东、投资者，利润必须用于非营利性组织的自身运作，包括分配职工工资福利。非营利性医疗机构注销后的剩余财产，需用于公益性或者非营利性目的，或者由登记管理机关采取转赠给与该组织性质、宗旨相同的组织，不得分配股东、投资者。
各地公立的人民医院（第一人民医院）是最常见的非营利性医疗机构，大家可在各地财税部门官网查看定期公布的非营利组织免税资格名单。