税务机关在日常税收征管中，会经常遇到纳税人由于某种原因没能在国家规定的纳税申报截止之日前进行纳税申报，而是在过期后进行补报，也就是逾期纳税申报。那么，逾期纳税申报行为，税务机关是否都应当处罚呢?为明确起见，现以案例的形式进行法理分析。
案例
A有限公司系增值税一般纳税人，按月纳税申报。2023年3月份纳税申报截止日期为3月15日，A有限公司是在3月19日办理的纳税申报;6月份纳税申报截止日期为6月18日，A有限公司是在6月20日办理的纳税申报,。
B个体工商户系小规模纳税人，实行定期定额纳税，按季度缴税。2023年主管税务机核定其每月应缴纳增值税等税费合计2360元。第一季度纳税申报截止日期为4月20日，B个体工商户第一季度应缴纳的税款是在4月20日缴纳的;第二季度纳税申报截止日期为7月15日，B个体工商户第二季度应缴纳的税款是在7月23日缴纳的。
C税务局为了迎接上级税务机关的征管考核，于2023年10月组织对所管辖区域内的纳税人前9个月的纳税申报情况进行了网上检查，其中，就发现了A有限公司和B个体工商户存在的纳税申报问题。按照相关规定，纳税人一年中有一次不按期纳税申报不予处罚，超过一次的，将给予处罚。因此，C税务局对A有限公司和B个体工商户第二次未按规定期限办理纳税申报行为各进行罚款一次，处罚的理由均是“未按照规定期限办理纳税申报”。其中对B个体工商户处罚的进一步解释为：定期定额户是“以缴代报”，即缴纳税款时即为纳税申报时，逾期缴纳税款，就是逾期纳税申报，即属于“未按照规定期限办理纳税申报”行为。
分析
《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
从上面的规定可知，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报，处罚的前提，有一个时间节点问题：即必须是在纳税人逾期还没有办理纳税申报的时候就被税务机关发现了，这时，由税务机关责令限期改正，在限定的时间内办理纳税申报，同时税务机关可以进行罚款;倘若，税务机关发现纳税人有“未按照规定期限办理纳税申报”的情形，但发现时纳税人已经进行补报，即已经改正了违法行为，在这种情况下，因为纳税人违法行为已经改正，税务机关就不能责令限期改正了，因此也就不能处罚了。
A有限公司已在6月20日办理了纳税申报,，C税务局是在10月才发现A有限公司6月存在未按规定的期限办理纳税申报的情况，但此时，A有限公司的违法行为已经改正，C税务局就不能再下达责令限期改正了，也就不能再处罚了。显然，C税务局对A有限公司“未按照规定期限办理纳税申报”进行处罚的行为，是违反《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定的。
B个体工商户被处罚的理由也是“未按照规定期限办理纳税申报”，其实这种理由也是不成立的。
《个体工商户税收定期定额征收管理办法》(国家税务总局令第16号)第九条规定，实行简易申报的定期定额户，应当在税务机关规定的期限内按照法律、行政法规规定缴清应纳税款，当期(指纳税期，下同)可以不办理申报手续。该条规定这就表明了定期定额户，在纳税期内自己无需进行纳税申报。因此说，“未按照规定期限办理纳税申报”这种理由不成立。其实，对于定期定额户在税务机关的征管软件系统中会按纳税申报期系统自动纳税申报，无需人为再作纳税申报。
另外，倘若按照C税务局处罚的说法——“以缴代报”，也就是以纳税申报的角度再分析一下：税款缴纳晚了，就说明申报也就晚了，但C税务局是在10月才发现B个体工商户第二季度未按规定期限缴税的，可此时，B个体工商户已经缴纳了税款，也就是进行了纳税申报，即违法行为已经改正，C税务局就不能再下达责令限期改正了，也就不能再处罚了。