说实话，你们把简单问题复杂化了，因为你们这番操作下来后涉及到太多的税务问题。
先从简单的地方说起吧。
一、汽车购进的问题
由于汽车购进开具的是公司抬头的发票，公司用于进项税额抵扣和企业所得税税前扣除都是没有问题的。所以，这部分比较简单，不深入讨论。
二、股东个人借款与还款的问题
这部分就涉及到增值税、企业所得税和个人所得税的问题。
（一）增值税问题
由于个人从其他地方借款，然后再转借给公司使用，最后形成的法律事实就是个人股东把钱借给公司使用，然后向公司收取利息。
个人借款并收取利息，按照财税（2016）36号文规定，属于“贷款服务”，需要交纳增值税。由于收取利息的是个人，应该由支付方代扣代缴；如果到税务局代开发票，税务局在代开发票时代收。
但是，贷款服务支付的利息，不能抵扣增值税，所以无论是个人还是公司都不能抵扣因为利息缴纳的增值税。
（二）个人所得税问题
个人收取利息，在个人所得税上应按照“股息红利利息所得”交税，税率20%。
（三）企业所得税问题
企业所得税涉及的问题最多。
1、发票问题
如果公司向个人支付利息金额超过500元，需要有发票，否则不得税前扣除。因此，如果向个人股东支付利息超过了500元，应该要求个人股东向税务局代开发票。当然，在代开发票的过程中，税务局就会依法收税。
2、税前扣除问题
（1）债资比例的问题
财税[2008]121号规定，在计算应纳税所得额时，企业实际支付给关联方的利息支出，不超过以下规定比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。
企业实际支付给关联方的利息支出，符合本通知第二条规定外，其接受关联方债权性投资与其权益性投资比例为：
（一）金融企业，为5：1；
（二）其他企业，为2：1；
企业如果能够按照税法及其实施条例的有关规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的；或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。
（2）企业向自然人借款的特殊要求
国税函[2009]777号规定，企业向股东或其他与企业有关联关系的自然人借款的利息支出，应根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称税法）第四十六条及《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）规定的条件，计算企业所得税扣除额。
企业向除第一条规定以外的内部职工或其他人员借款的利息支出，其借款情况同时符合以下条件的，其利息支出在不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分, 根据税法第八条和税法实施条例第二十七条规定，准予扣除。
（一）企业与个人之间的借贷是真实、合法、有效的，并且不具有非法集资目的或其他违反法律、法规的行为；
（二）企业与个人之间签订了借款合同
（3）投资者应缴资本不足部分借款利息不得税前扣除
凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
由于现在注册企业是认缴制，有些人喜欢把公司的注册资本写的很大，但是实际出资很小，就可能导致实际出资不足部分借款利息不得税前扣除，即便是从金融机构借款也是不得扣除，向股东个人借款更加不得扣除。
看似一个小问题，就是一个借款用谁的名义的问题，结果惹出这么多的麻烦事情。所以啊，财税问题无小事，其实这些问题从一开始就是完全可以避免的。当然，现在也还有补救措施的。
一个不懂税务的财务人员对企业的伤害或税务风险是很大的！
一个不懂税务却又喜欢刚愎自用的老板，那天企业出了问题也不知道为什么。