3、项目公司投入运营以后，使用者付费部分以及自政府收取的年度运营成本补偿部分，统一按照应税行为的适用税目计算缴纳增值税;自政府收取的项目建设成本补偿部分(含融资费用)，建议统一按照「销售不动产」计算缴纳增值税。运营期间发生的维护成本，符合条件的进项税额可以抵扣。运营期间建筑业企业自项目公司分回的投资收益，不属于增值税的征收范围。
4、运营期满，项目的移交方式有两种：一是项目公司整体移交，也就是建筑业企业将所持有项目公司的股权移交给政府，项目公司继续存在，这种情况下，项目公司只是被移交的标的，本身没有发生任何应税行为，不涉及增值税。建筑业企业作为项目公司的股东，相当于无偿转让项目公司的股权，而非上市公司的股权转让，也不属于增值税的征收范围。二是项目设施移交，也就是项目公司将项目设施无偿移交给政府，之后项目公司进入清算环节，这种情况下，项目公司移交的以实物形式表现的资产，其所有权并不属于项目公司，也就是说项目公司未发生增值税上的销售行为，因而无需缴纳增值税。项目公司清算之后，向建筑业企业分配的非货币性资产，属于增值税征收范围的，需要计算缴纳增值税