不久前，大连某上市公司A公司到国家税务总局大连经济技术开发区税务局咨询，其境外控股股东B公司将持有的已解禁原始股在上海证券交易所卖出。那么，该笔交易应当如何缴纳增值税？境外纳税人通过上海证券交易所、深圳证券交易所等二级市场进行股票交易，应当如何合规缴纳税款，一直是困扰纳税人的一道难题。大连经济技术开发区税务局对此深入研究后，成功化解了这一难题，为境外纳税人境内股票交易合规缴纳增值税，提供了经验和参考。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号，以下简称36号文件）规定，有价证券转让属于“金融商品转让”税目。但是，合格境外投资者（QFII）委托境内公司在我国从事证券买卖业务，可以享受免征增值税政策。由于境外B公司不属于QFII的范围，无法享受税收优惠政策，所以其应当就在境内买卖金融商品的行为缴纳增值税，并按照卖出价扣除买入价后的余额确定销售额。
同时，按照《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）的要求，B公司此笔股票交易的买入价以上市公司A公司股票首次公开发行（IPO）时的发行价为准。也就是说，B公司转让其持有的解禁原始股，应当按照A公司IPO时的发行价与转让时卖出价的差额缴纳增值税。
解决了该不该征税以及如何征税的问题后，就要确定由谁来缴纳税款。根据36号文件，境外单位或者个人在境内发生应税行为，如果没有在境内设立经营机构，以购买方为增值税扣缴义务人。但是，B公司通过上海证券交易所这样的二级市场转让股票，转让形式是将自己持有的股票按照预期价格在交易所挂牌交易，当符合一定条件后，卖出股票完成交易。在这种情况下，股票转让方无法确定购买方，这就意味着B公司无法明确扣缴义务人为其代扣代缴增值税。
对此，大连经济技术开发区税务局及时调整思路，不再致力于寻找境外纳税人的扣缴义务人，而是为股东B办理了临时税务登记，把B公司确认为境内纳税义务人，顺利解决了找不到扣缴义务人的问题。最终，B公司通过自行申报缴纳税款的方式，就该笔股票转让交易在境内办理了增值税纳税申报，不仅避免了国家税款的流失，也降低了纳税人的税务风险。
实务中，境外纳税人转让境内股票所涉及的税款缴纳较为复杂，建议纳税人明确有关规定，合规缴纳税款。值得注意的是，证券交易的特性决定了交易购买方身份无法明确，也就难以确定交易的扣缴义务人。纳税人不可以此为借口逃避缴纳税款义务，而应当及时寻求税务机关的帮助，避免引发税务风险。