工程总承包（EPC）主要指总承包单位按照合同规定的工期和固定总价，向建设单位提供各种设计、采购、生产服务，而且就整个工程质量、建设周期、项目造价实施全权管理和负责。这种模式下，审计应注重关注以下两点，提高政府工程投资效益。
一、重点关注是否存在设计标准过高的现象。EPC项目图纸是由中标单位自行设计，中标单位为了追求更高利润，往往会出现提高标准设计，而在施工时又降低标准施工问题。如市政道路工程普通沟槽开挖设计采用边坡喷锚支护、井点降水，增加结构层厚度、提高雨水污水管道的等级等问题。对于这种状况，在项目施工前，审计应仔细审查施工图纸的设计标准是否存在设计标准过高的问题，审查时应参照其他类似项目的设计标准进行。若发现设计标准过高后，应及时向建设单位反映，并提请建设单位组织专家进行论证设计的合理性，减少因设计标准过高造成的资金浪费。
二、重点关注土石方工程。土石方工程是施工单位谋取高额利润机会最多的分部工程，施工单位往往会以签代设，增设工程量；偷换土石类别，提高单价；篡改土石比列，高套价款；虚增运距，抬高运输单价。所以在土石方工程施工环节，审计应注意以下几方面：一要注意收集三个标高，控制土石方工程量。即原始地形标高、设计标高和竣工标高，从三个标高数据能较准确地计算出工程设计土方数量和实际土方量。二要注意查看地质勘察报告，控制区分土石类别。对土石类别划分要依据地质勘察报告提供的饱和单轴抗压强度标准，切忌以开挖难易程度和肉眼视觉作主观上的判断。三要注意界定挖卸地点，不应随意变更运输工具。为节省工程投资，建设单位应统筹安排就近指定挖卸地点，避免施工单位通过增加运距随意提高运输单价。