（一）科研项目结项经费审计
1.科研项目负责人按照科研经费决算报表的编制要求，向财务处提出申请出具科研经费收支明细表，编制科研经费决算报表，并由科研项目负责人审查签章。
2.财务处审查决算报表数字是否与财务处账簿记录数字一致，审查经费收入和支出是否真实、准确并签章。
3.科研处根据财务处审核意见，签署可以移送审计处进行结项经费审计的意见。
4.审计处在审计时，对重大科研项目、重要业务环节进行重点审计。发现资料不齐全、不准确，应及时通知科研项目负责人在规定的时间内补充、修改。如发现科研经费开支不符合国家、学校有关科研经费管理办法和科研项目合同任务书规定的，应及时通知科研项目负责人及有关单位予以纠正；如发现弄虚作假、截留、挪用、挤占科研项目经费等违反财经纪律的行为，应按照有关规定追究项目负责人的直接责任。
5.审计处自受理之日起15个工作日内出具审计意见。
6.审计材料归档。
（二）审计整改工作流程
1.根据年度工作计划及上级委托业务事项立项；
2.报主管校领导立项；
3.选派人员组成审计组；
4.审计组编制审计实施方案并实施审计工作；
5.审计组根据审定的审计报告中的审计建议拟报《审计整改通知书》及签发签呈表；
6.审计处处长审签；
7.审计处下发《审计整改通知书》；
8.被审计单位在审计报告和审计决定生效之日起30日内，向审计处报送审计整改工作方案；
9.被审计单位在审计报告和审计决定生效之日起90日内，向审计处报送审计整改结果报告；
10.审计处在审计报告、审计决定书和审计移送处理书送达之日90日内，对审计整改情况进行跟踪督促检查；
11.被审计单位在规定时间内完成整改事项的，审计处将审计整改报告学校并归档；被审计单位没有在规定时间内完成整改事项的，审计处将有关情况向主管校领导报告并提出通报批评等整改建议，要求被审计单位重现整改；
12.审计材料归档。
（三）内部控制评审工作流程
1.根据年度工作计划及上级委托业务事项立项；
2.报主管校领导立项；
3.审计处选派人员组成评审小组，具体实施内部控制评审工作；
4.拟订评审工作方案，明确评审范围、工作任务、人员组织、进度安排等相关内容，并实施审计工作；
5.被评审单位进行一次内部控制自我评估并出具报告；
6.审工作组应当结合内部控制自我评估报告，确定评审内容及重点，实施内部控制评审；
7.对被评审单位进行现场测试，充分收集被评审单位内部控制设计和运行是否有效的证据；
8.按照评审具体内容，研究分析内部控制缺陷；
9.汇总评审材料，初拟评审报告；
10.征求被审计单位意见；
11.出具正式审计报告，报主管校领导审批；
12.审计材料归档。
（四）专项资金审计
1.根据年度工作计划及上级委托业务事项立项；
2.报主管校领导立项；
3.被审计部门委托审计处审计；
4.选派人员组成审计组，制定审计方案并实施审计工作；
5.实施审计前X日向被审计单位发送审计通知书；
6.召开审前沟通会，听取被审计单位对专项资金项目基本情况、财务收支状况及相关情况的汇报；
7.调查了解专项项目的基本情况、立项依据、审批情况、主要建设内容及预期目标、预算执行情况、财务决算和财务管理情况、资产管理情况、存在的问题；
8.审计组撰写审计报告初稿，审计处长审核；
9.审计报告征求被审计人和单位意见；
10.被审计人及单位如对审计报告提出异议，复审交换意见，审计小组修改报告；
11.审计处长审定；
12.出具审计意见报告；
13.审计报告报主管审计工作校领导审批；
14.审计小组整理项目资料并登记归档。
（五）绩效审计工作流程
1.根据年度工作计划及上级委托业务事项立项；
2.报主管校领导立项；
3.选派人员组成审计组；
4.审计组编制审计实施方案并实施审计工作；
5.审计组长确定审计重点，实施审计程序；
6.提前X天向被审计单位下达审计通知书；
7.审计组与被审计单位负责人及相关人员见面，听取基本情况介绍；
8.被审计单位或个人提供审计组所需资料，并在审计承诺书上签字；
9.审计组确定审计工作方案并实施审计；
10.审计组撰写报告；
11.审计处长审核审计报告；
12.审计报告征求被审计单位意见，应在X日内书面回复意见；
13.被审计单位负责人在征求意见书上签字盖章后与征求意见稿一并返回审计处；
14.审计处研究返馈意见，对提出异议的地方进行复核，根据核审情况做出实事求是的修改；
15.在重大的修改部分再次征求被审计单位意见，被审计单位应在X日内做出书面答复；
16.如仍有异议，由审计处报告校领导决定；
17.审计组长撰写审计意见书、审计决定；
18.处长审定审计报告、审计意见书、审计决定；
19.主管校领导审批；
20.将审计报告、审计意见书、审计决定主送被审单位，抄送有关单位和领导；
21.被审计单位执行审计意见书、审计决定；
22.审计组监督实施，如被审计单位未执行，提出处理意见；
23.审计组向处长报告审计结果执行情况；
24.处长向主管校领导报告执行情况；
25.审计资料整理归档。