根据新制度经济学，任何一项制度的制定、实施及其效果，会受到相关制度的制约和影响。因此每一项制度的制定和实施，既要考虑该制度本身，还要考虑其他相关制度的安排（包括正式制度和非正式的制度）。同时为了确保制度的有效性，还必须有一套强有力的制度实施机制。内部审计制度作为公司治理制度的组成部分，其作用的发挥和有效程度的大小除决定于该制度本身的完善程度外，还取决于与其相关的制度结构，即其他的正式制度和非正式制度对内部审计制度的制约和影响，以及该制度的实施机制。
风险导向型内部审计的基本目的是帮助组织完成其目标，为此要披露相关的风险，并提出相应的改进建议。为了达到这一制度的目标，需要提供一定的条件，即内部审计部门的独立性和人员的客观性，因此内部审计章程必须获得董事会的批准，以确保内部审计部门的地位和活动不受限制。在此基础上，内部审计组织结构的设置也必须与其他制度安排相适应。内部审计在公司治理结构中是不可或缺的部分，一个企业的内部审计组织结构的设置，关系到内部审计功能的发挥。不同阶段、不同企业对内部审计功能的需求也不同，因此，根据企业规模、管理方式、企业目标等实际情况，内部审计组织结构的设置也有不同。在公司治理框架内，常见的内部审计组织结构有以下几种：
（一）财务总监领导的组织结构这种结构的内部审计部门在公司治理框架内层次较低，只能开展部分日常性的审计工作，不能直接为经营决策者服务，