建立现代医院管理制度要求公立医院加强管理能力建设，提高管理质量水平，牢固树立风险意识和责任意识，建立科学有效的内部管理体制和治理机制，完善监管机制，将内部控制列为公立医院运营不可分割的一部分。
因此，医院院长务必要将内部控制、风险管理纳入到医院整体运营中，从而使医院运营更加有效、更加稳健。公立医院可持续发展成功的关键就在于监管，监管的重要性大于医院运营，要把监管明确为公立医院运营的重要步骤。所以，加强并完善内部审计监督流程对于公立医院内部控制和风险管理有着非常重要的作用。
一是预算执行审计，发生的经济事项是否属于预算内，预算的调整是否符合《预算法》规定。
二是财务报表审计，审核财务报表的真实性、合法性；审查财务收入是否真实、合法；审查财务支出是否遵循财务规定的开支范围和标准，有无违规违纪行为，列支手续是否完备；审查银行开户是否符合有关规定，有无储蓄存款、公款私存和多头开户行为；审查固定资产内部管理和使用情况，包括：制度是否健全有效，存量是否真实，在库固定资产核算是否符合会计制度的规定，购建、调拨、报废和处理是否符合有关制度。
三是材料库存（包括二级库）审计，按照医用耗材盘点制度规定，对医院的医用耗材库和科室二级库房进行盘点；审查医院的医用耗材库和科室二级库房的采购、管理、领用、发放是否严格按照医院的相关制度执行；审查医院的医用耗材库和科室二级库房的账目记录是否及时、完整；审查医院的医用耗材库和科室二级库房的实际盘点数和账面库存数是否一致。
四是药品库存（包括二级库）审计，按照药品库存盘点制度规定，对医院的药品库和科室二级库房进行盘点；审查医院的药品库存和科室二级库房的采购、管理、领用、发放是否严格按照医院的相关制度执行；审查医院的药品库存和科室二级库房的账目记录是否及时、完整；审查医院的药品库存和科室二级库房的实际盘点数和账面库存数是否一致。
五是工程（包括零星维修改造工程）审计，依据总务部门提交的一定额度以上工程会审方案，编制工程概算；审核总务部门初审后的工程（包括零星维修改造工程）决算。
六是大型仪器设备采购审计，参加大型仪器设备采购论证、招标、验收全过程。
七是物资采购审计，按照物资盘点制度规定，对医院的物资库和科室二级库房进行盘点；审查医院的物资库和科室二级库房的采购、管理、领用、发放是否严格按照医院的相关制度执行；审查医院的物资库和科室二级库房的账目记录是否及时、完整；审查医院的物资库和科室二级库房的实际盘点数和账面库存数是否一致。
八是招标项目审计，参加医院的设备技术论证会；参与医院招标项目开标全过程审计监督；审核经济合同条款是否完整、合同金额是否超预算、合同编制是否符合要求；审核政府采购申报书、政府采购批准书、中标通知书、经济合同、发票、验货单的时间逻辑性；审核政府采购申报书、政府采购批准书、中标通知书、经济合同、发票项目的一致性。