会计核算系统是以帐务处理功能为核心，包括多种功能的有机组合体。大部分的会计核算软件将会计核算系统按功能划分为若干个相对独立的子系统，于系统每一部分的功能简单明了并相对独立，各子系统的会计信息相互传递与交流。形成完整的会计核算系统。会计核算软件中具备相对独立地完成会计数据输入、处理和输出功能的各个部分，称之为会计核算软件的功能模块。
会计核算软件的功能模块包括以下部分：
（1）帐务处理模块。帐务处理模块主要是以会计凭证为原始数据，按会计科目，统计指标体系对记帐凭证所载的经济内容，进行记录、分类、计算、加工、汇总，输出总分类帐、明细分类帐、日记帐及其他辅助帐簿、凭证和报表。
帐务处理模块主要包括：①帐务初始(建帐)；②凭证处理(输入、审核、汇总)；③查询；④对帐；⑤结帐；⑧打印输出；⑦其他辅助功能。
帐务初始是根据程序要求和内部管理需要自定义会计科目体系、记帐凭证格式、帐簿体系的过程。相当于手工状态下设立一套新的帐务核算体系，是用计算机建帐的过程。 凭证处理包括凭证的输入、修改、审核、汇总、打印等内容。
查询是设定查询条件标志，灵活迅速查询某会计期间的会计凭证及有关明细分类帐、总帐的有关内容。例如：寻找特定内容的会计凭证，查找会计科目的发生额或余额等。
对帐功能一部分是由会计核算软件在设计时由程序自动检查核对，如总帐、明细帐、日记帐之间的帐帐核对；另一部分则提供给用户进行核对，如与银行对帐单核对，与往来帐核对，与其他辅助帐核对等，并能做出调节表等相关资料。
结帐功能由程序完成，按国家会计制度规定，按会计科目分级进行计算、汇总，结出借贷发生额和余额，结束当期核算，开始下一个会计核算循环。结帐还包括会计信息跨年度结转，开始一个新的会计年度的特殊内容。 打印输出功能是打印记帐凭证、帐簿等会计信息资料，以便用户使用和归档保管。
（2）报表处理模块。报表处理模块是按国家统一的会计制度规定，根据会计资料而编制会计报表，向公司管理者和政府部门提供财务报告。会计报表按其汇编范围可分为个别报表、汇总报表以及合并报表。
报表处理模块包括：①报表定义；②报表计算；③报表汇总；④报表查询；⑤报表输出。
报表定义是依据会计软件，建立一个新的报表体系所做的工作。主要包括：定义报表名称，描述空白表格的格式，定义报表项目填写内容的数据来源和报表项目及运算关系，确定表格项目审核校验及报表间项目的勾稽关系，检查公式以及汇总报表的汇总范围等步骤。
经过报表定义之后，就可以按规定计算或汇总产生所需要的会计报表，通过审核校验确认后，可以打印、复制、查询，输出会计报表。
（3）固定资产核算模块。固定资产核算模块主要是用于固定资产明细核算及管理。
固定资产核算模块包括：①建立固定资产卡片；②建立固定资产账簿；③录入固定资产变动情况；④计提固定资产折旧；⑤汇总计算；⑥查询及打印输出；⑦编制转帐凭证。 此模块主要是根据财务制度的规定，建立固定资产卡片，确定固定资产计提折旧的系数、方法，录入固定资产增减变动情况，汇总计算固定资产原值、累计折旧及净值。按预先设计自动编制转帐分录，完成转帐的记录，打印输出固定资产明细帐和资料卡片，详细反映固定资产价值状况。
（4）工资核算模块。工资核算模块以计提发放职工个人工资的原始数据为基础，计算职工工资，处理工资核算。
工资核算模块包括：①设计工资项目及项目计算公式；②录入职工工资基础资料；③增减变动及修改；④计算汇总；⑤查询；⑥打印输出。
工资核算模块，首先设计工资的项目及项目计算公式，按项目录入职工应发、扣减、实发金额，按使用者的要求计算配发不同面值的零、整钱数。
该模块应具备自行定义工资的项目，选择分类方式，灵活修订工资项目，调整职工个人基础资料，定义工资计算公式(如代扣个人所得税计算公式)进行汇总计算。自动制作转帐凭证，填制分录，进行工资分配，计算工资福利费。
（5）其他模块。其他模块主要包括：存货核算，成本核算系统，应收应付款核算、销售核算和财务分析等等。根据行业的特点，又有：零售业进销存核算系统、批发业进销存核算系统等。根据管理的需要，又有：劳资人事管理系统、国有资产管理系统等。
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