答：怎么做账，首先要清楚背后的交易背景。
朋友把钱从他的公司账户打过来你公司账户，再把钱给他个人，这里面从你朋友公司账来说，有两种出账方式：
第一种：是你公司开100万的发票给他公司，相当于你公司给他提供100万服务，对他公司来说，是一笔费用支出，账就平了。
对你公司来说，开票确认收入，则要缴纳相应增值税、企业所得税，然后把这边钱从账上提出来，从道理上来说，也是需要有个名义，是费用的话，则要相应的发票；是以工资、劳务费名义出来，则需要承担个人所得税，这样下来，这笔100万元从收入进来，再支出，需要交不少税。这个要和你朋友说好，相应的税金支出会占到多少。
如果你开票主体是个人独资企业（或合伙企业），且实行核定征收，相应的税负会低一些，否则，总体税负还是比较高的。
当然，这里无论是收款，开具发票；还是付款环节，从道理上来说，应该也都是基于真实的交易或服务，如果相关的实质交易、合同单据都没有，则会涉嫌虚开发票，而在目前金税三期下，也有可能会被处罚。
第二种：是你公司也不开发票给他公司，你公司也不确认收入。这样的话，他公司账上只能先暂时挂在往来账，显示为你公司欠他公司钱，当然，时间长了，他公司可能做坏账处理，可能一直挂着，甚至未来有一天找你公司要求归还这笔钱。所以，这里面的法律风险，需要你事先评估一下。
这种情形下，你朋友为什么要从你公司过账，很有可能是他公司不方便直接把钱给到他个人，给到你公司的话，他那边可以编出理由来支出这笔钱。
对你公司来说，如果合法合规地做账，那收到他公司100万时，应该挂应付他公司100万，同时这笔钱取出来给到他个人时，应该挂应收他个人100万。 但这样做，两笔往来会一直挂在账上平不掉。
所以，也有些企业财务人员，有可能收付时将应收应付直接对冲，这样账就平了；还有些企业会签个三方平账协议，把债权债务平了；甚至有些企业，进来100万、出去100万，干脆都不在自己公司账上体现，只是银行流水单山有体现。 当然，需要说明的是，这些做法都是有一定风险。
按道理来说，你朋友完全可以从他公司直接转给他个人，为什么要经过你公司账户，说白了，是通过你公司“洗”一下，因为直接从他公司账上拿出来，有些不便之处。 这当中具体有哪些风险，如果规避或降低相关风险，建议请相关专业人士，分析背后的交易背景和真实原因，采用相对稳妥的解决方案。
怎么做账是其次的，首先还是要把风险想清楚，然后看看是否接受这些风险，如何降低风险。这恐怕不是简简单单会计分录怎么做。
可以说，专业的人和非专业的人，在解决同样一个问题时，差距非常大。看到这个问题的很多回答，真的都是在误导别人！（编者按：本题来源于网上某个问答平台。）
涉及财税方面，一定要慎重。
而且，对不同所有制企业（国有、民营）来说，方案也不一样。 还要考虑你朋友和朋友公司之间是什么关系，他是公司股东，还是职业经理人等等因素。
从提问的人来看，这个过账行为，大概率是有些不合规行为藏在背后，那怎么处理，更是要慎重考虑了。