自2013年8月1日起，交通运输业营改增试点在全国范围内推开。其中的“道路货物运输业”涉及面广、从业人数多、与民众生活息息相关。据基层税务机关检查发现，道路货物运输业普遍存在个人车辆挂靠运输企业的“挂靠经营”，在税制改革过程中不仅企业存在一定的涉税风险，也给税务检查带来了一系列的难题。
风险一：收入难以准确计量，有虚开发票的空间
风险描述：挂靠经营中，大多数挂靠人只是将企业承揽的运输业务取得的收入入账，自行承揽的业务不入账，加之交通运输企业能取得进项税发票，给隐瞒收入虚开发票留下了空间。
风险分析：一方面，实行营改增以后，增值税专用发票管理严格，抵扣链逐渐完善，部分资质不全的运输户为了取得增值税专用发票便于结算，存在从交通运输业一般纳税人“找票”的现象。另一方面，现实中运输费用大多不通过银行结算，难以准确认定纳税人营业收入，加之交通运输企业普遍存在通过强制挂靠户定点加油、定点维修等行为取得进项税发票等行为，这都给企业取得不正常利润，收取非法利润，虚开货运专用发票留下了空间。
检查建议：根据纳税人运输车辆的数量，结合每辆运输车一定期间内运营情况，里程表数据，计算总运输里程，或者通过一定期间消耗成品油数量，结合运输车辆数量及车辆百公里油耗情况，计算总运输里程。按照车辆核定载重及行业平均吨公里运输费用测算纳税人营业收入数据，与纳税人实际申报运费收入进行比对，据以测算纳税人申报收入的真实性。
风险二：成本难以准确核算，有虚抵发票的风险
风险描述：交通运输企业中“找票”抵扣的现象相当普遍。疑点具体表现在：一是成品油抵扣比例畸高，在正常情况下，运输企业燃油成本应占运输成本的30%～35%，一般不超过40%。二是成品油进项税发票来源地异常，一些企业长期在异地运输，可加油开具的增值税专用发票却显示在本地；或一些企业运输路线在本地，可加油开具的增值税专用发票却显示在外地。三是修理费发票比例低，配件发票比例高、配件类型单一，虚构维修车辆、更换配件，进行进项税额抵扣。
风险分析：由于挂靠经营管理通常是松散的，挂靠人基本自行负担车辆的油耗、修理等费用，被挂靠企业为了平衡税负而取得虚开发票。在购进成品油方面，有自有油库或指定加油站的，作为组织运输的附加条件强制定点加油赚取被挂靠车辆差价，或是直接取得虚开的成品油发票；在购进、维修车辆进项税方面，由于更换轮胎、维修等多在运输过程中发生，且多数为现金支付，真实性难以确定。运输企业为了取得进项税发票往往采取自己找票或是通过挂靠车主找票给予一定优惠的行为取得虚开发票抵扣进项。以上现象都有较大的虚抵风险。
检查建议：对成品油进项检查中，可以结合库存计算当期耗用再和成本比较，看是否抵扣比例过高；可以对企业购油业务的真实性进行检查，结合企业运输合同核实企业运输线路，特别要对无自用油库的企业没有取得本地和运输线路上的加油发票要重点检查，对连续多日大额、整数发票和实际加油情况不符情况应重点核实，对大额的汽油发票、大额的高标号柴油发票应重点关注。必要时可以通过对上游成品油经销企业进行检查来印证成品油购进的真实性。对维修配件进项检查中，关注是否有营改增以前取得维修服务和配件营改增以后抵扣的现象；结合车辆新旧程度、车辆运输方式及路线，推算纳税人更换车辆配件及维修费用的真实性。
风险三：税率多档，发票开具有风险
风险描述：纳税人发票开具品目和规定税率不一致，或是通过所谓的税收筹划混淆税目，达到少缴税款或是多开销项税的目的。比如将短距离运输按装卸倒运的税率缴税，比如签订虚假的出租汽车合同，将实质交通运输业务混淆为动产租赁等。
风险分析：现实中一些交通运输业纳税人既从事货物运输，又从事港口码头服务、场站服务、货物运输代理、仓储和装卸搬运等物流辅助业务，还有将自有的车辆机械设备租赁业务。营改增政策对提供运输服务和物流辅助服务规定了不同的税目税率，存在11%、6%和17%的税率，还有3%简易征收率。营改增前，税制简单，交通运输和装卸搬运同为3%，服务业、代理业和租赁业同为5%，在惯性经营下，交通运输企业往往出现发票开具错误。
检查建议：可以实地查看车辆及设备的使用情况，核对企业的运输合同，必要时向承租方核实，确定纳税人是否有故意错开发票项目达到少缴税款或是多开销项的目的。核对企业自己开具和取得的交通运输业专用发票是否合法有效，对照《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》《国家税务总局关于使用新版公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》等看发票是否按照规定开具。
风险四：核算混乱，有少计收入等风险
风险描述：交通运输企业具有挂靠经营，现金结算，只是组织运输，实际并不能对挂靠户财务进行有效的财务核算的特点，造成了企业往往核算混乱，存在少计其他业务收入和营业外收入的风险。
风险分析：由于交通运输业的特殊性，有挂靠行为所以存在管理费收入，由于车辆有强制报废规定所以有固定资产清理收入，由于经常性维修所以有废电瓶、废机油、废轮胎处理收入，部分企业有大型机械设备所以有租赁收入等。
检查建议：检查中关注有无因承包经营、挂靠、代办保险车检的固定收入不按规定申报纳税的；有无应计入营业外收入的废旧物品处理收入项目不申报纳税的；有无将收入直接抵顶债务、直接冲减车主工资、运输成本、费用支出，少计应税收入的；有无车载广告和场地出租收入项目不申报纳税的；有无出租（转让）固定资产（房产、车辆等）、转让无形资产收入未按规定申报纳税的情况等。