基本概念——众所周知，商品在进出口贸易中，需经过一系列的出入境手续，并缴纳关税、增值税等费用，无论是出关还是入关，手续都十分严格和繁琐。作为进出口监督管理职权的国家行政机关，海关的主要职能便是对出入国境的一切商品和物品进行监督、检查并照章征收关税。
所谓综合保税区，是指设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，综合保税区和保税港区一样，是我国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域，由海关参照有关规定进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理;境内其他地区货物进入保税区，视同出境;同时，外经贸、外汇管理部门也对保税区实行相对优惠的政策。企业在综合保税区开展口岸作业业务，海关、商检等部门在园区内查验货物后，可在任何口岸(海港或空港)转关出口，无须再开箱查验。
通俗点说，综保区就像一个延长的码头，国外的进口货物虽然进入了综保区，但仍跟没有入关一样，暂时不需要缴纳关税，货物经过加工生产后，出了综保区销往国内再按货物状态征收税款。而国内的货物进入综保区可立即获得出口退税，企业可以大大节省成本。
特点——综合保税区和保税港区一样，是我国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。与保税区一词之差，却功能更为齐全，它整合原来保税区、保税物流园区、出口加工区等多种外向型功能区后，成为更为开放的一种形态，也更符合国际惯例。
综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。
根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理部门也对保税区实行相对优惠的政策。企业在综合保税区开展口岸作业业务，海关、商检等部门在园区内查验货物后，可在任何口岸(海港或空港)转关出口，无须再开箱查验。 税收政策——国外货物入区保税；
货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；
国内货物入区视同出口，实行退税；
区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。
国内分布——截止2015年2月，经国务院批准设立的综合保税区有41家，分别是：苏州太仓港综合保税区、苏州高新技术产业开发区、综合保税区、唐山曹妃甸综合保税区、赣州综合保税区、淮安综合保税区、衡阳综合保税区、南通综合保税区、湘潭综合保税区、盐城综合保税区、无锡高新区综合保税区、济南综合保税区、沈阳综合保税区、南京综合保税区、长春兴隆综合保税区、潍坊综合保税区、成都综合保税区、苏州工业园综合保税区、天津滨海新区综合保税区、北京天竺综合保税区、海南海口综合保税区、广西凭祥综合保税区、黑龙江绥芬河综合保税区、上海浦东机场综合保税区、江苏昆山综合保税区、重庆西永综合保税区、广州白云机场综合保税区、西安综合保税区、西安高新综合保税区、银川综合保税区、新疆阿拉山口综合保税区、新疆喀什综合保税区、武汉东湖综合保税区、太原武宿综合保税区、舟山港综合保税区、贵阳综合保税区、贵州贵安新区综合保税区、兰州新区综合保税区、临沂综合保税区，南阳卧龙综合保税区，郑州新郑综合保税区，石家庄综合保税区。
其中，郑州新郑综合保税区、苏州工业园综合保税区、天津滨海新区综合保税区、北京天竺综合保税区、重庆西永综合保税区、广西凭祥综合保税区、昆山综合保税区、苏州高新区综合保税区、沈阳综合保税区、阿拉山口综保区等已封关运行,岳阳城陵矶综合保税区2014年7月正式获得国务院批准,石家庄综合保税区于2014年10月正式获得国务院批准，2015年1月12日，国务院正式批准设立贵安综合保税区。
2月25日，国务院下发文件，批复同意江苏常州出口加工区、武进出口加工区优化为综合保税区。
5月23日，从山东省东营市政府获悉，国务院近日正式批复同意设立东营综合保税区。东营综合保税区作为黄河三角洲高效生态经济区和山东半岛蓝色经济区的重要开放平台，将在加快黄蓝两个国家战略实施和环渤海经济圈建设等方面发挥重要作用。