近年来，民办非企业单位出资转让问题一直是困扰民间组织管理部门的一个突出问题，虽然从民间组织登记管理部门的角度对这个问题已经有了一定的政策规范，但现实中与此有关的一些问题却长期存在，而且在理论界、法律界对此问题也时有不同的见解和争论，因此，似需进一步加以研究和规范。
民办非企业单位是指企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。民办非企业单位不以营利为目的，其收入只能用于章程规定的目的和社会公益服务事业，不得在成员中分配，注销时资产也不得转让和私分。民办非企业单位按其性质不同，可以分为个人、合伙、法人三种。其中，法人性质的民办非企业单位依法独立享有民事权利、承担民事义务。根据《民间非营利组织会计制度》规定：“民间非营利组织不以营利为宗旨和目的;资源提供者向民间非营利组织投入资源不得取得经济回报;资源提供者不享有民间非营利组织的所有权”。因此，民办非企业单位的资源提供者，一经民办非企业单位登记，资源提供者即丧失了其对民办非企业单位的财产权、支配权，其财产的使用只能通过该单位的决策机构集体决定，并按照章程规定的业务范围开展活动，在提供社会公共产品服务时所产生的盈余资产，没有资产的所有权，支配权，更不可以用于成员的分配。终止时，该民办非企业单位原始资产的提供者及其成员不能分享剩余资产，经清算后剩余资产必须继续用于公益事业。
然而，在现实中我们看到，上述为民间组织登记部门和财政部门普遍遵循的有关民办非企业单位财产权的准则，并没有阻止民办非企业单位出资转让行为的发生。特别是一些民办教育机构和民办非营利性医疗机构类似现象尤其突出，而登记管理机关通常的做法是不予认可，而事实上存在的许多转让行为也就造成了许多民事法律纠纷，而一些法院对此类纠纷所作出的判决，则与上述政策规定有相当大的差异，如江苏省海安县人民法院就曾审理过一起一起因医院股权(出资额)两番转让引发的纠纷。其所作的判决就很具有代表性。
该案的案情如下：2002年12月31日，程某根据《海安县乡镇卫生院产权制度改革实施意见》，从政府受让取得海安某镇卫生院产权后，与孙某共同出资设立了海安某医院。随后，姜某、肖某等5人陆续参股。2005年5月8日，全体出资人共同签署了民办非企业单位(法人)章程，章程规定单位名称为海安某医院;单位注册资金108万元，其中姜某出资43万元、肖某出资20万元。章程规定，每位董事的股份只可在董事会成员之间转让，董事会成员退休时，其股份交董事会处理，同时根据单位经营情况决定其退股金额(章程所称董事与该医院出资人的身份同一)。章程签署后，全体出资人推举代表到海安县民政局办理了相关登记手续。
2005年11月17日，出资人之一的姜某在征得其他出资人同意后，与杨某(非原始出资人)协议转让股权，约定姜某将其名下33万元股权转让给杨某。次日，姜某出具了一份收条：收到杨某股权转让金60万元，尚欠30万元于杨某出售鸡场后一次性结清，双方再行办理股权变更手续。
2006年5月7日，姜某又与肖某(原始出资人之一)协商，将其所持该医院股权以84万元转让给肖某，付款时间为2006年5月14日中午12 时前，并约定如一方违约须向对方支付违约金10万元。协议签订后，肖某按约支付了84万元。但事后姜某又表示反悔，声称其与肖某的转让协议无效，由此引发纠纷。
海安县法院经审理后根据《中华人民共和国民法通则》、参照《中华人民共和国公司法》的相关规定，作出判决确认原告肖某与被告姜某签订的股权转让协议有效，认定第三人杨某与被告姜某签订的股权转让协议无效。
该案有两点值得我们注意：一是该案的所有出资转让均未到民政部门办理过出资人的变更，(或者说依据民政部门现行的政策规定不予办理);二是法院经审理后根据《中华人民共和国民法通则》、参照《中华人民共和国公司法》的相关规定，作出判决确认原告肖某与被告姜某签订的股权转让协议有效。从这个判例来看，法院对待此类民事纠纷的见解明显与民政部门、财政部门的相关规定不同，也就是说是推翻了登记管理机关一直执行的关于民办非企业单位出资不能转让的规定，在事实上认可了此类转让的合法性。[page]
登记管理机关与审判机关对同一个问题的不同见解，无疑对正确理解处理此类问题带来了混乱，也让登记管理机关的相关工作人员在登记实务中产生了诸多困惑。民办非企业单位出资转让问题究竟是合法还是非法，成为许多民间组织管理人员难以解答的一个头疼的问题。从这个判例看，无论民政部门认可与否，法院均将此类转让作为有效处理，而类似的判决结果，并非孤例，据笔者了解，已有多个法院对类似的民办非企业单位出资转让纠纷作出了同样的判决。长此以往，民政部门作为民办非企业单位登记机关的权威性将受到削弱，而在对民办非企业单位登记管理中处于一种尴尬的地位。
民办非企业单位与营利性经济组织相比，由于各自的组织性质的不同，决定了它们对组织的所有者权益的不同，这一点是确定无疑的。虽然民办非企业单位不以营利为目的，但是类似于医院、民办学校等却存在着相当大的可得利益空间。因此在现阶段，出资转让的现象不可避免。而大量出资转让的现象的出现，使得对此类问题的处理，已经不可回避。对于民办非企业单位登记管理，虽然已经经历了相当长的一段时间，但我国法律对此尚存在一定的缺位，目前仅有法律效力等级较低的一部行政法规《民办非企业单位登记管理暂行条例》和一部部门规章《民办非企业单位登记暂行办法》加以规范。对于此类问题并没有什么明确规定，有的仅仅是一些政策解读和理论性的见解。在这个问题上严格讲民政部门一直是缺位的。笔者认为，在现阶段，登记管理部门应当对此尽快统一思想，形成共识，与法学界共同探讨研究，积极推进有关的立法。民政部门的有关的政策应当充分考虑民办非企业单位发展的现状，不能超越现阶段的发展水平。要实事求是地研究制定相关的游戏规则，针对民办非企业单位非营利性的特点，形成规范的财产权转移、退出的机制，并在法律、法规和规章的层面加以确定，使原本大量已经存在的民办非企业单位资产转让问题浮出水面，有章可循，从而化解因此而产生的种种矛盾，增强民政部门作为民办非企业的我登记管理机关的权威性。