（3）企业所得税与土地增值税如前所述，甲供材料与乙方进行了甲供材料结算，乙方工程结算总金额包括了甲供材料，乙方向甲方开具建筑业发票金额是工程结算总金额。由于这一部分甲供材料的税前扣除凭据是建筑业发票，对企业所得税、土地增值税的税前扣除是没有任何问题的。
甲供材料价款直接计入开发成本，购买甲供材料的凭据是增值税普通发票，有主管税务机关提出：甲供材料是建筑工程费用的组成部分，甲供材料的税前扣除的合法凭据应该是建筑业发票。因此，甲供材料成本不可以在企业所得税、土地增值税税前扣除。笔者认为，这种观点有失偏颇。
首先，在国家税务总局关于企业所得税、土地增值税税前扣除的所有文件中，并没有规定开发成本的税前扣除必须要建筑业发票；
其次，对于这一部分甲供材料，乙方已经按照规定缴纳了建筑工程营业税，流转税税基并没有被侵蚀；
第三，购买甲供材料的增值税普通发票，是适当的税前扣除凭据，符合企业所得税、土地增值税税前扣除的相关规定。
因此，甲供材料直接计入开发成本，且按照规定缴纳了建筑工程营业税，是可以在企业所得税、土地增值税税前扣除的。
（四） 降低甲供材料涉税风险的措施从上述分析可见，由于甲供材料结算方式、会计处理的差异，对甲乙双方可能导致较大的涉税风险。如何降低涉税风险？笔者从甲方角度提出以下防范措施与建议：
其一，充分利用新营业税暂行条例实施细则第十六条给予的筹划空间，甲方尽量甲供建筑工程设备（免税设备）、装饰材料与设备，以降低甲方的建筑工程税金支出。这一部分甲供材料设备，没有必要与乙方结算，否则得不偿失。
其二，对建筑工程普遍存在的“提供建筑业劳务的同时销售自产货物”情况，甲方应该单独与其签订施工合同，分别取得增值税普通发票与建筑业发票，直接计入开发成本。按照总局23号公告的规定，操作时应该关注以下几点：1、在进行建筑材料、建筑设备施工招标时，对承包商的要求是：一方面要有相应的施工资质，另一方面还应该是自产、自制、自销建筑材料设备的工厂。
2、与承包商进行商务谈判时，应明确合同价款总额是由建筑工程劳务费用、自制加工建筑材料费的金额而构成。
3、在签订合同时应注意以下环节：（1）合同名称：应该是《××建设工程施工合同》，而不能是《××购销合同》、《××加工合同》；（2）合同价款：合同中必须约定和注明“建筑业劳务价款”的具体金额；（3）发票的取得：甲方支付合同价款时，应分别取得加工制作的增值税发票以及建筑安装劳务的建筑业发票。
4、对承包商的税务要求：（1）承包商提供建筑业劳务同时销售自产货物，应向营业税应税劳务发生地地方税务机关纳税申报；
（2）承包商提供以下资料作为申报附件：a提供建筑业劳务同时销售自产货物的合同；b机构所在地主管国税机关出具的“从事货物生产证明”(原件)；c 自产货物增值税发票(记账联)复印件。
其三，甲方作好对钢材、水泥、商品混凝土等一般甲供材料的财税处理的事前筹划工作，尽力降低涉税风险。1、在工程招投标阶段，应该向乙方明确甲供材料的种类、品名规格、数量、金额等事宜，工程总造价不应包括甲供材料。
2、与乙方签订《工程承包合同》时，合同条款中应该明确约定：（1）工程总造价不包括甲供材料金额；（2）甲方不再向乙方结算甲供材料价款抵作工程进度款；（3）甲供材料应该缴纳的营业税金及附加，由甲方承担，乙方缴纳；（4）乙方超定额（数量）规定领用甲供材料，应该向甲方支付这一部分的材料价款。（5）乙方收取工程款项时，应在甲方工程所在地主管税务机关开具建筑业发票，金额不能包括甲供材料。
3、甲方与乙方办理工程结算时，应该关注以下事项：（1）工程结算总价额中，不应该包括甲供材料金额。如果按照相关规定计算的总造价包括了甲供材料金额，则最终的结算金额应该将实际的甲供材料金额（甲方提供）扣除。（2）甲供材料（除装饰材料、免税工程设备外）应该缴纳的工程税金及附加，乙方按照规定向甲方计取，计入工程结算总造价。（3）按照《营业税暂行条例实施细则》第十六条规定，甲供装饰材料、甲供建筑工程设备是可以不缴纳营业税的。因此，甲方在审查乙方的工程结算时，切忌不要多计算这一部分的营业税金及附加。
4、甲方与乙方办理工程财务结算时，须注意以下事宜：（1） 乙方开具建筑业发票的总金额应该与工程结算总造价一致；（2）对于预留的工程质量保证金，建议乙方开具发票时应该包括此金额，甲方同时向乙方开具保证金的收据，甲方按照合同约定支付保证金时，乙方再开具退还保证金的收据。（3）甲方应该将甲供材料买卖合同、发票等相关票据的复印件提供给乙方，便于乙方主管税务机关审核甲供材料的真实性与合法性；（4）乙方应该将其缴纳甲供材料营业税金及附加的完税凭据复印件，提供给甲方，以便甲方主管税务机关确认企业所得税、土地增值税税前扣除的真实性与合理性。
其四，如果条件许可，甲方可以成立关联的独立核算的商贸公司，专门从事建筑材料、设备的买卖。商贸公司直接与供应商签订《建筑材料设备购货合同》，然后将货物销售给施工企业，向其开具增值税普通发票。一方面既可以保证工程质量、品质，控制建设成本等，另一方面也可以有效化解了甲供材料的涉税风险。