碑文的核心意思是说：大秦皇帝立国在朗朗乾坤的辉煌之日，子孙万代皆可承袭王位。讨伐叛乱，平定逆贼，威名远播，功德无极。犬戎称臣，扫灭六国，天下归一。
如今登基二十六年，上授尊号，孝道昭彰，四海平定。如今大业已成，施恩天下，巡游四方。今天登上峄山之巅，群臣跟随左右，思绪深长。
追忆战国乱世，各国分土建邦，灾祸从此无休止。即便在上古的皇帝时期，各自征战也是此起彼伏，没有休止。只有大秦始皇帝，把天下统一，从此不再有战祸。消灭灾荒祸害，百姓安康宁定，福泽久远绵长。群臣称颂不尽，刻石于峄山，以将功业永传万方。
从碑文记载上我们也可得见秦始皇的伟大功绩。也只有他统一天下，才能为天下赢得和平。这一点和三国的曹操一样，有着不一样的格局和胸怀。唯有这样的人，才能缔造不朽之基业。但他与曹操也是被历史黑的最厉害的两位帝王。
但秦始皇远远想不到的是，他本初计划的万世基业，只到了秦二世便终止了。还有他所立的峄山碑，在后世风雨飘摇的历史中，也几近湮灭。
北魏时，太武帝拓跋焘平定天下后，也曾登上峄山，看见秦始皇的《峄山刻石》，心里很不服气，便命人将其推倒了。
所幸的是，当时碑文为李斯所写，所书书法正式被世人称道的小篆。石碑推到之后，慕名前来摹拓的文人墨客、达官显贵络绎不绝。
后来，当地官民疲于应付前来的迎来送往，终于在石碑下堆满干柴，一把火烧裂焚毁了石刻，从此《峄山刻石》的真迹就湮灭了。
到了唐朝，有人把流传的石刻拓片刻在了枣木上，用以描摹先秦的小篆。
到了北宋年间，有位叫郑文宝的学者，非常善于撰写小篆，曾亲自登上峄山寻访真迹，未果。于是他依照拓片，雕刻出了新的《驿山石刻》。但是他不知道先前的“碑”形，将其刻成了圆顶方座，现藏于西安碑林。
除此之外，在北宋还有一通雕刻，是当时邹县县令张文仲所刻。他先是从北海王那里偶然得到了李斯的小篆拓片，将其刻在县衙里的峄阴堂里。
一直到了元朝，另一个叫宋德的县令，看到峄阴堂里刻得碑文。他知道是秦始皇的《峄山刻石》，担心遭到损毁，特意找来工匠，篆刻了一通四方柱形的石碑，立于县衙内。
宋德所立的石碑，一直立于邹县县衙大堂。1973年才从县衙移入启圣殿内保存，现存于邹城博物馆。
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