日本的石高制实行分为多个时期，但咱们这里专以日本安土桃山时代的石高制为准。
石高制里面的“石”是容积单位，1石=10斗=100升=1000合，一石折合大米约30千克；“高”，意指高度、程度，但这里指的是数量。石高制要和检地联系起来，搭配使用，或者说如果没有检地，石高制也就无从实施。
说起来，丰臣秀吉在以信长部将的身份统治播磨的天正八年(1580)就曾下令检地，本能寺之变后，他又在山城和近江等地检地，经过一段时间的经验摸索和总结，最终丰臣秀吉将其推广到全国。1582年，丰臣秀吉对全日本进行“检地运动”，即所谓的“太阁检地”，基本原则如下：
首先，统一测量水田、旱田、宅地（家屋占地）面积时的所用标准，定一间长为六尺三寸（约1..19米），面积为一间四方=一步（6尺3寸的平方为1步），十亩或三百步=一反（五间×六十间）。另外，三十步=一亩，十反=一町（大约为现代的一公顷）。
而由于土地有好坏，肥沃和贫瘠之分，又有水田和旱田之分，在征税时如果不加区分，是非常不公平的，因此丰臣政权对水田、旱田进行了分等，设定了上中下三等（有些地方还分上上和下下），各国或地区按上表制定一反地的石盛（即米的量，也叫斗代），（一般情况下宅地不分等级，一律适用上等旱田石盛），然后用石盛乘以面积，算出石高。根据规定上等田一反能产一石五斗稻米，中田一反则是一石三斗稻米，之后每等减去两斗。
因为可以看出，石高就是石盛乘以土地面积。
那么问题又来了，大家都知道土地不可能只种植一种粮食作物，那么石高制在计算的时候用什么作物来作为标准呢？对于不同种类的粮食作物有没有不同的标准？毕竟耕地也分好多种，种植着不同的作物。
为了解决石高制在不同地区、不同土地上的实行问题，以及方便实施，日本政权将稻米作为唯一衡量标准，因为当时的日本以稻米种植为主，而如果有人种植了其他粮食作物，那么就需要将自己的粮食作物与稻米进行价值换算，然后计算出石高。甚至除了杂粮以外，水产、矿产（铜矿、银矿、金矿等），也都需要换算成石高，在此过程中，稻米就发挥着一般等价物的作用。
在交税的时候，石高制是比较灵活的，如果某地身处荒山，粮食产量低下，但是盛产木炭，那么该村子在交税的时候，就可以用木炭来抵消地租（换算过稻米之后），不需要非得把木炭背出山区卖掉，获得铜钱之后再向领主交税，石高制在这过程中等于是减免了农民卖炭的粮食消耗和人力成本。
通俗来讲，人们在说某某大名，某某藩国拥有多少石高时，是指领地产出的经济价值，值多少石大米（大米和布匹等同于货币，是一般等价物），领内的其他农作物及手工制品的收入也用于折算成大米石高，用于计算领主的经济以及战时动员能力，以及兵役/各类徭役的责任。
日本一石的精米大约是150公斤，约等于成年男子一年的粮食消耗（但实际上日本百姓根本就吃不起大米，大米是武士和豪商们的食物，百姓一年到头主要靠杂粮度日），同时由于粮食并不是一年只成熟一次，因此一石的石高不等于一石的粮食。
如何征税在具体征税的过程中，首先要通过检地，为每村建立土地清册，按一地一人（一地一农）原则，在检地账上登记拥有作职（耕作权）的人的姓名（名请人、本百姓），使其承担缴纳年贡之责，即年贡负担者。由此又确立了领主制下的单婚小家庭耕作体制，其耕作面积一般不超过1町步。
这种石高制的实行，等于是领主直接向农民或以村为单位，按二公一民、三公二民、四公六民又或是其他什么比例征收年贡（甚至传言有的大名搞过八公二民），这很大程度上排除了庄园制时代复杂的中间盘剥，否定家臣或地方豪族(地侍、有力名主、大百姓等)的土地所有权，及其对农民的奴役、征收实物等权力，推进由地方官吏管辖的村落制度。
同时，这样也避免了农民隐藏收入不交税的情况，毕竟在以收获物百分比征收税赋时，农民很容易隐藏收入，并且粮食产量还不是一成不变的，很容易因为天气原因而减产，因此在日本当时的环境下，就不如定下这样一个制度，对政府的财政收入也很稳定。
不过石高制也存在一定的问题，比如受土地肥力变化、天气状况等因素的影响，土地的粮食产量也是会随之变化的，在这种情况下，政府公定的粮食产量实际是与百姓实际收获的粮食产量存在着差异的，这种差异在一些年份上是巨大的。
另外，石高制对于除了稻米以外的物品，以及其它行业的产值，实际是存在严重低估现象的，并不能正确的表现出其真实产值。
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