1.发票的印制要求不同：根据新的《税收征管法》第二十二条规定："增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制;其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票.
2.发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开;普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3.发票的内容不同：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
4.发票的联次不同："增值税专用发票有四个联次和七个联次两种，第一联为存根联(用于留存备查)，第二联为发票联(用于购买方记账)，第三联为抵扣联(用作购买方扣税凭证)，
第四联为记账联(用于销售方记账)，七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用;普通发票则只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
在发票内容的构成要素上，增值税专用发票将票面金额一分为二，勾稽关系为“金额 + 税额 = 价税合计”，其中：“金额 * 税率 = 税额”。由于普通发票不具有抵扣进项税额的功能，因此，无需将价税分列开具，只需将价税合计合并开具为“金额”。
另外，在其他方面也有不同之处，如：增值税专用发票需列明购销双方的税务登记号，等。这些不同之处均是增值税专用发票具有抵扣功能所致。