聚簇索引也叫聚集索引。，并不是一种单独的索引类型，而是一种数据存储方式。那么可以理解聚簇索引是一种抽象概念，在具体实现的时候，需要区分不同的引擎，不同的引擎，实现细节有所不同。
不同的引擎有不同的实现， 很多文章忽略了区分引擎，因此让人很迷惑。
那么什么是聚簇索引？ 聚簇索引的叶子节点就是数据节点，也就是说索引和数据行在一起；反之，如果叶子节点没有存储数据行，那么就是非聚簇索引。
二级索引，又称作辅助索引，均属于非聚簇索引
如果反过来说，非聚簇索引就是二级索引，这种说法完全就是错误的。就像学生是人，但是人是学生就不对。
在mysql数据库中，myisam引擎和innodb引擎使用的索引类型不同，myisam对应的是非聚簇索引，而innodb对应的是聚簇索引。
1. 聚簇索引《高性能MySQL》上说聚簇索引并不是一种单独的索引类型，而是一种数据存储方式。那么mysql有哪些索引类型呢，参见《Mysql目前主要的几种索引类型》
例如，某个冒泡排序算法，对应这里的存储方式，是排序的算法的一种概念，你可以用java写出这个算法，也可以用c写出这个算法，具体语言，对应这里的索引类型。
聚簇索引的叶子节点就是数据节点，也就是说索引和数据行在一起。
那么采用聚簇索引架构的innodb来说，他的叶子节点和数据行就是在一起的。我们来看下innodb B+树的实现： 一个表只能有一个聚簇索引。
我们知道聚簇索引中包含了数据行，那么如果有多个聚簇索引，就说明存储了多份相同的数据行，岂不浪费空间？
联想innodb的存储文件，在一个数据table中，它的数据文件和索引文件是同一个文件。即在查询过程中，找到了索引，便找到了数据文件。这也间接说明innodb采用的是聚簇索引。
聚簇索引默认由主键实现(用主键作为B+树的key，并且把数据行绑定在叶子节点)。
如果表中没有定义主键A，InnoDB 会选择一个唯一且非空的列B代替(主键A的特性就是唯一且非空，如果把主键A比作嫡长子，那么列B就是其他儿子，只是继承的顺序靠后，但毕竟也是有皇家血脉的，没有嫡长子，就拿其他儿子当继承人了)。
如果没有这样的列B，InnoDB 会隐式定义一个主键（类似oracle中的RowId）来作为聚簇索引。
如果已经设置了主键为聚簇索引又希望再单独设置聚簇索引，必须先删除主键，然后添加我们想要的聚簇索引，最后恢复设置主键即可。
一个坑在一篇文章中有如下介绍，说法是不准确的：
“在《数据库原理》一书中是这么解释聚簇索引和非聚簇索引的区别的：聚簇索引的叶子节点就是数据节点，而非聚簇索引的叶子节点仍然是索引节点，只不过有指向对应数据块的指针。”
我们知道聚簇索引是一个概念，那么非聚簇索引自然也是一个概念，需要明确指出的是InnoDB和myisam均用到非聚簇索引，但是他们有不同的实现。
因此上面引用的话中，对非聚簇索引的描述”只不过有指向对应数据块的指针”，特指myisam的非聚簇索引实现，而对于innodb的非聚簇索引实现，data指向的是主键值(通过主键值，去聚簇索引进行索引操作，找到叶子节点，数据在该叶子节点上，这个过程好像叫回表)，不是数据行，也不是指针。
当初没明白这些道理时，被搞的要吐血了
2. 非聚簇索引由前文知道，myisam采用非聚簇索引实现，那么我们来看下具体是怎么实现的。
在myisam中，一个数据表table的存储文件，它是由table.frm、table.myd以及table.myi组成。table.myd记录了数据（数据行），table.myi记录了索引的数据。
myisam引擎的索引文件和数据文件是独立分开的，正好符合非聚簇索引的架构。
MyISM使用的是非聚簇索引，非聚簇索引和InnoDB的聚簇索引这两棵B+树看上去没什么不同，节点的结构完全一致，只是存储的内容不同而已，InnoDB主键聚簇索引B+树的节点存储了主键和数据行，MyISM非聚簇索引B+树存储了主键和指向data的指针。
3. 二级索引二级索引，又被称为辅助索引，在不同存储引擎中的内容不同。
InnoDB中的二级索引存放的是主键值，如果需要查询对应的数据行，需要回表查询，即在聚簇索引中进一步查找对应的数据行。这样可以避免在行移动或者插入新数据时出现的页分裂问题。
InnoDB的二级索引更详细信息，可以参见《InnoDB二级索引（辅助索引）》
MyISAM中无论是主键索引还是二级索引，索引的叶子节点存放的都是指向数据行的指针，保证可以通过索引进而查找到对应的数据行，只需要对索引进行一遍查找。这样会存在页分裂问题。
参考： 《聚簇索引和非聚簇索引的区别》 开篇定义聚簇索引那句话
《Mysql聚簇索引和非聚簇索引》 参考主体，但“聚簇索引也叫复合索引”描述是错误的
《MySQL-聚簇索引》 《高性能MySQ》一书的笔记
《mysql聚簇索引详解》 好像也是《高性能MySQ》的笔记
《聚簇索引与非聚簇索引（也叫二级索引）》 《mysql——二级索引（辅助索引）》二级索引作用 《MySQL在Innodb和MyISAM中的二级索引》