EOS R6 Mark II采用了佳能自行研发生产的新全画幅CMOS图像感应器，具有约2420万有效像素。配合高性能DIGIC X数字影像处理器的高速图像处理能力，与具备高光学素质的RF镜头搭配，三者实现优化配置，在清晰度、噪点表现、光学性能等多方面都有提升。全画幅图像感应器比APS-C画幅的面积更大，所以景深更小。镜头视角无裁切，且背景更容易获得大幅虚化，适合人像摄影等需要突出主被摄体的拍摄。
不断充实扩大阵容的RF镜头群EOS R6 Mark II属于EOS R系统专微相机，所有RF镜头都可直接使用※。RF镜头基于RF卡口大口径、短后对焦距离的特征进行设计，在实现更高画质的基础上，高速的通讯还带来了高效的控制力，让拍摄更加方便快捷。RF镜头阵容中除了专业摄影师青睐的广角、标准、远摄变焦镜头组合“大三元”，还有多款大光圈定焦镜头及焦距最长达到1200mm的超远摄镜头。种类丰富，可应对多种多样的被摄体。
※ EOS R5/R5 C专用的RF5.2mm F2.8 L DUAL FISHEYE除外。
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EOS R6 Mark II具备1.6倍裁切模式，此模式下拍摄可获得APS-C画幅画面范围。如搭配APS-C画幅的RF-S镜头，相机会自动切换为1.6倍裁切模式，电子取景器保持画面的满屏显示，搭配RF-S镜头使用也不会感觉不协调。