古代的包子并不都叫包子，如前文所见，唐人就把它叫做“笼饼”。古人把面食统称为“饼”，如汤面叫做“汤饼”，上笼蒸熟的面点就叫“笼饼”。陆游有诗云：“便觉此身如在蜀，一盘笼饼是豌巢。”其下作注：“蜀中杂彘肉作巢馒头，佳甚。唐人正谓馒头为笼饼。”陆游所说的“馒头”，其实是包子最古老的名字。许多人都相信，“馒头”是诸葛亮发明的。相传他领兵南征孟获时，有人劝告他：“南蛮地区有很多邪术，你要用人头祭祀神灵，神灵就会派出阴兵来助你一臂之力。”诸葛亮不愿杀生，于是用羊肉和猪肉为馅，包以面皮，做成人头状，用以祭神，神灵果然为他出兵。这一记载最早见于宋代高承的《事物纪原》，后来被《三国演义》改编化用，从此人尽皆知。
《事物纪原》的资料来源是稗官野史，并不足以证明包子就是诸葛亮发明的。不过，古代少数民族确实有用人头祭天的风俗，“馒头”也很有可能是人头的替代品。晋人卢谌《祭法》中就说：“春祠用曼(馒)头。”说明馒头的确是当时常见的祭品。
“母夜叉”孙二娘
宋代已出现“包子”之名，但“馒头”之称一直并行不衰。明代《水浒传》的二十七回中，武松路过孙二娘的酒店，点了二三十个包子。“那妇人……去灶上取一笼馒头来放在桌子上。两个公人拿起来便吃。武松取一个拍开看了，叫道：‘酒家，这馒头是人肉的，是狗肉的?’那妇人嘻嘻笑道：‘客官休要取笑。清平世界，荡荡乾坤，那里有人肉的馒头，狗肉的滋味?我家馒头积祖是黄牛的。’”可见当时的人依然称包子为“馒头”。不过，古人为了不杀人祭天，而创造了包子;孙二娘为了卖包子，却把人杀了做馅，想来也颇为讽刺。
“包子”和“馒头”的称谓，到清代才渐渐分化。《儒林外史》第二回写道：“厨下捧出汤点来，一大盘实心馒头，一盘油煎的杠子火烧。”这里的“馒头”才真正是没有馅的馒头。现今的吴语区还时常把包子称作“馒头”，如“生煎馒头”、“蟹粉馒头”等等。如今中国北方地区所谓的“馒头”一般是指不带陷的面食。
专供学子的“太学馒头”
包子爱好者们若想穿越回古代，宋朝绝对是不二之选。南宋都城中甚至有专门的“包子酒店”，除了各色肉包之外，还售卖“灌浆馒头”，大约就是今日的灌汤包。《梦梁录》里不厌其烦地列出了包子的各式花色品种，光看名字就让人食指大动。那边的细馅大包子刚热气腾腾地出炉，这边的水晶包儿已蒸得晶莹剔透，整整齐齐地端上桌来。鹅鸭包儿和羊肉馒头发得白白胖胖，肉汁浸润的松软面皮简直是人间美味。虾鱼包儿和蟹肉包儿就精致些，一咬开便鲜甜四溢，让人停不下嘴。想吃得清淡一点，可以挑笋丝馒头或是菠菜果子馒头。甜入心扉的糖馅和枣栗馅包子则是小朋友的最爱。
宋朝或许也是包子地位最显赫的一个朝代。据《燕翼贻谋录》记载，在仁宗皇帝诞生之日，真宗皇帝十分欢喜，用包子赏赐臣下。但这可不是普通的包子，内里包的满满都是“金珠”。中华五千年历史中，大概找不出比这更名贵的包子了。当然，这种包子只能看不能吃，对于吃货而言，当时流行的“太学馒头”或许更具吸引力。两宋的太学设有专门的厨房，为学子们供应膳食。《上庠录》中云：“两学公厨例于三八课试日设别馔，春秋炊饼，夏冷淘，冬馒头。而馒头尤有名，士人得之，往往转送亲识。”小小一只包子竟能成为郑而重之的馈赠佳品，不知道是何等的美味。廷试过后，皇帝往往也会赏赐士人们“太学馒头一枚，羊肉泡饭一盏”，可见太学馒头地位之尊崇。