自 1992 年绿色荧光蛋白被用于标记基因，各种颜色的荧光蛋白被开发出，目前有上百种的荧光蛋白。
在我们的实验中，经常会用到荧光蛋白，但是如何选择合适荧光蛋白，得到完美的实验结果？相信这个问题一直困扰着大家，鉴于此，小编从不同的角度去考虑如何选择荧光蛋白，希望可以给大家在选择荧光蛋白方面提供一些帮助。
Tubes of various fluorescent proteins displayed in a box with UV light shining on them.
单体性质
将荧光蛋白与目标蛋白进行融合表达，直接地追踪目标蛋白或是定位目标蛋白，这就要求荧光蛋白是单体，不能影响目标蛋白的功能和定位。因此，我们将荧光蛋白的单体性质放在第一位。
目前体外检测荧光蛋白单体性质的方法有分子筛、沉降平衡，可以通过荧光蛋白分子筛的峰图是否狭窄，单一粗略的判断其是否为单体，沉降平衡能够更加准确的确认其聚合性质。我们使用荧光蛋白几乎都是在细胞内或组织内，因此我们更加关心在生理条件下，荧光蛋白的聚合性质。
科学家巧妙地将荧光蛋白与细胞色素 P450 进行融合表达，让荧光蛋白定位在内质网的胞质面，荧光蛋白的聚合性质会使邻近的荧光蛋白聚合在一起，形成聚集体，在激光共聚焦显微镜下能够看到细胞核的周围有很大的点状结构。小编已经用此种方法检测了多个荧光蛋白。
The structure of mEos2
小编发现绿色荧光蛋白中，单体性质比较好的是 mEmerald，该蛋白很少形成大的点状结构，并且目前还没有称该蛋白会影响定位的报道。
此外 mEmerald 是一个非常稳定的绿色荧光蛋白，因此可以用于线性的结构光照明超分辨荧光显微成像。
我们还发现红色荧光蛋白中没有一个单体性质特别好，相比较来说，mApple 的单体性质最好，但是在使用该蛋白的过程中，发现 mAppple 会影响某些蛋白的定位，因此在使用红色荧光蛋白时，要谨记红色荧光蛋白可能会影响目标蛋白的定位。
PK 值
每个荧光蛋白都有其最合适的 pH 值，即在一定的 pH 值下，荧光强度最高。有的荧光蛋白适合在酸性环境下使用，相反有的适合在碱性环境下使用，因此在选择荧光蛋白时需要考虑荧光蛋白的 PK 值。
Change in relative fluorescence intensity（RFU）with pH for eGFP（grey triangles）and bfloGFPa1（black squares）
在细胞内，大多数细胞器内及细胞质的 pH 值都在 7.0 左右，然而溶酶体内的 pH 值就比较低，因此常规的荧光蛋白并不适合用于标记溶酶体内的蛋白。
mCherry 的 PK 值比较低，适合在酸性的环境下使用，可以用于标记溶酶体内的蛋白，但是该荧光蛋白有一定的二聚性质，可能会影响目标蛋白的定位，在使用该荧光蛋白时要综合考虑单体性质和 PK 值。
在选择荧光蛋白时，要考虑目标蛋白定位环境的 pH 值，再考虑使用相应 PK 值的荧光蛋白。同时也可以考虑利用荧光蛋白的 PK 值的特性，帮助我们解决问题。
成熟时间
荧光蛋白在发光之前需要经历转录、翻译、折叠等步骤，其中折叠过程占据了大部分时间，我们将此过程称之为成熟时间。在标记短寿命的目标蛋白时，如果荧光蛋白的成熟时间太长，可能会出现在目标蛋白开始降解时，荧光蛋白还没有发光，导致无法追踪及定位目标蛋白。因此在选择荧光蛋白时，需要考虑其成熟时间。
小编在实验时发现，mEmerald、Dendra2 的成熟时间比较快，在用 Lipo2000 转染试剂盒转染 U2OS 细胞时，转染后四个小时就能够用荧光显微镜观察到了荧光信号，EGFP 没有信号。但是在用 P450 方法检测时，Dendra2 会形成很大的聚集，表明该荧光蛋白的单体性质不好，有可能影响目标蛋白的定位和功能，在使用该蛋白的过程中应该注意这个特性。
为了能够更早地观察某些短寿命荧光蛋白的生理特性和定位情况，科学家正在发展成熟时间更快的荧光蛋白，并且用于超分辨成像。
光稳定性
荧光蛋白在发光的同时会被漂白，逐渐失去发光能力，因此要想获得