甲状腺细针穿刺细胞学活检结果病理报告应采用Bethesda系统。分为6类：无法诊断/不满意（Ⅰ类）、良性(Ⅱ类)、意义未确定的异型性/意义未确定的滤泡性病变(Ⅲ类)、滤泡性肿瘤/可疑滤泡性肿瘤(Ⅳ类)、可疑恶性(Ⅴ类)、恶性(Ⅵ类)。
对FNA报告为无法诊断/不满意（标本量不够或制片不良）（Ⅰ类）的结节（占FNA检查的2-16%），恶性概率4-8%。应重复FNA（最好现场看片）。60-80%病例再次FNA可以诊断。如再次FNA仍为无法诊断，超声类型不属高度可疑，需要密切观察或手术切除获得组织学诊断；如超声类型属高度可疑，或结节生长，或出现恶性肿瘤的临床危险因素，需考虑外科手术。
如FNA报告为良性(Ⅱ类)，其假阴性率（即FNA报告良性而实际为恶性的概率）＜5%。不需要立即进行进一步的诊断和治疗。如超声类型为高度可疑，在12个月内重复超声检查及FNA。如超声类型为中度及低度可疑，在12-24个月复查超声检查，如结节增长或出现新的可疑超声特征，可以重复FNA，或复查超声观察，如继续增长再重复FNA。如果2次FNA均为良性，恶性概率接近0，不需要再复查超声。如超声类型为极低可疑，一般不需要复查，如果复查超声，可以间隔2年复查。
如FNA报告为恶性(Ⅵ类)，恶性概率98%以上。通常建议手术。但是下列情况下可以考虑以积极监测代替立即手术：① 危险很低的肿瘤（如无临床转移及局部侵犯的微小乳头状癌，无细胞学或分子生物学侵袭证据）。②因为有并存病而手术风险高的病人。 ③预期生存期短的病人（如严重心脏病、其他恶性肿瘤、极其高龄的病人）。④有其他外科或内科疾病需要在手术前纠正的病人。
如FNA报告为可疑恶性(Ⅴ类)，恶性概率约60-75%。其手术建议与FNA报告为恶性类似。在考虑临床和超声特征后，如果分子测试预期将改变外科决策，可以考虑分子检测（BRAF或7基因突变标志物组合BRAF、RAS、RET/PTC、PAX8/PPARγ）。
如FNA报告为意义未确定的异型性/意义未确定的滤泡性病变(Ⅲ类)，恶性概率为5-10%。如临床和超声高度怀疑恶性，建议手术。如临床和超声未高度怀疑恶性，可以重复FNA或进行分子检测补充评估恶性风险；如果不进行重复FNA或分子检测或其结果仍不确定，根据临床危险因素、超声特征、病人偏好，可以选择积极监测或诊断性手术。
如FNA报告为滤泡性肿瘤/可疑滤泡性肿瘤(Ⅳ类)，恶性概率20-30%。诊断性手术切除是长期确立的标准治疗。但是，如临床和超声未高度怀疑恶性，也可以进行分子检测，如分子检测提示良性，可以进行观察，也可以考虑手术切除病变并明确诊断。如果不进行分子检测，或分子检测结论仍不确定或倾向恶性，需要考虑手术切除病变并明确诊断。