甲供合同与包工包料合同一样，均属于建设工程施工合同，因此应当按照「建设工程合同」税目贴花，适用税率为万分之三，计税依据为合同所列金额，不包括列明的增值税税款。
合同条款中甲供材及其金额有不同的表述方式，有的是合同订立时即明确了甲供材及其金额，有的是合同最终结算时才能明确甲供材及其金额，这两种方式会影响建筑企业增值税和所得税计税依据，但一般而言不会影响印花税的计税依据。
案例1
甲公司与乙公司于2023年4月18日签订《建设工程施工合同》一份，所用文本为《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）。
合同第一部分「合同协议书」第四条「签约合同价与合同价格形式」约定如下：
1.签约合同价为：
人民币（大写）壹亿元整 (100,000,000元)；
其中：
（1）安全文明施工费：
人民币（大写）叁佰万元 (3,000,000元)；
（2）材料和工程设备暂估价金额：
人民币（大写）贰仟万元 (20,000,000元)；
（3）专业工程暂估价金额：
人民币（大写）捌佰万元 (8,000,000元)；
（4）暂列金额：
人民币（大写）陆佰万元 (6,000,000元)。
2.合同价格形式：固定价格。
合同第二部分「通用合同条款」第8.1「发包人供应材料与工程设备」约定如下：
发包人自行供应材料、工程设备的，应在签订合同时在专用合同条款的附件《发包人供应材料设备一览表》中明确材料、工程设备的品种、规格、型号、数量、单价、质量等级和送达地点。
合同第三部分「专用合同条款」附件2「发包人供应材料设备一览表」约定如下：
本例中，合同所列金额为10000万元，发包人供应的电梯设备160万元本身不构成合同金额，则印花税的计税依据为10000万元，如果合同同时列明了增值税税款金额，印花税的计税依据还可以扣除列明的增值税税款。这样，这个合同的增值税销售额、企业所得税收入额以及印花税的计税依据是一致的。
案例2
A公司与B公司于2023年4月18日签订《建设工程施工总承包合同》一份，合同价款约定如下：
1.签约合同价：人民币（大写）贰亿元整 (200,000,000元)。
2.甲供条款：施工过程中所需水电费由发包人自行采购，工程结算时自应付承包人工程价款中据实扣除，扣除甲供材金额时同时只扣除3.37%的税金。
本例中，合同所列金额为20000万元，未列明增值税税款，甲供水电费金额在订立合同时未知，结算实际扣除的金额不影响合同所列金额，因此本合同印花税的计税依据为20000万元。
如果工程结算时总共扣除水电费及税金共计1000万元，且该合同选择简易计税方法计税，则本合同项下增值税销售额为（20000-1000）÷1.03=18446.60万元，企业所得税的收入额亦为18446.60万元，但印花税的计税依据仍为合同所列金额20000万元，三者出现差异。
如果合同在签约合同价中按照暂估金额预扣了甲供水电费金额，则印花税可以按照预扣之后的金额作为计税依据，实际结算时出现差异的，按照财税2023年22号公告第三条第二项规定处理。