专项资金主要具有以下性质和特征： 1.无偿性：国内（外）政府对某一项目的扶持所拨给的资金不需偿还。 2.有偿性：国内和国外政府对某一项目扶持的专项低息贷款，需要偿还。 3.复杂性：专项资金来源渠道多，使用广，要层层分解，又层层下拨通过各级财政拨付中转到项目单位。 4.目标性：专项资金使用后，必须达到预期目标，凸显其作用。 5.针对性：国家不是普遍拨放，而是针对某一行业或某一地区的专门项目而拨或贷的资金，因此具有很强的区域性、专项性。
专项审计分专项资金审计和专项资金审计调查两种。 专项资金审计是审计机关对专项资金收支的真实性、合法性和效益性进行的监督活动。专项资金审计只对某项资金的收支活动进行审查，一般不需要涉及被审计单位的其他财政财务收支活动。 专项资金审计的目标是通过审计各项资金的收支余规模、结余形态、经办管理以及制度建设和执行情况，揭露基金筹集、管理、使用中存在的突出问题和潜在风险，反映制度建设和政策执行中存在的问题，提出规范资金管理、促进资金安全、完善项目建设体系的政策性建议。 新颁布的《中华人民共和国国家审计准则》（以下简称《审计准则》）第三十六条规定“符合涉及宏观性、普遍性、政策性或体制、机制问题的；事项跨行业、跨地区、跨单位的；事项涉及大量非财务数据等情形的，可以进行专项审计调查。” 专项审计调查，是指审计机关主要通过审计方法，对与国家财政收支有关或者本级人民政府交办的特定事项，向有关地方、部门、单位进行的专门调查活动。专项审计调查既是审计工作的重要方法,也是审计机关和审计干部获得真知灼见的源头活水,更是推进审计转型和充分发挥审计“免疫系统”功能的重要基础。专项审计调查以资金运行为主线,以项目、单位为载体，运用专门的审计技术方法，发现、剖析经济发展过程中带有苗头性、倾向性、普遍性的问题,提出具有审计专业特色的意见和建议，有其独特的作用。
二、专项资金审计的内容和重点
作为经济监督领域层次较高的监督部门，各级审计机关对专项资金的管理使用情况实施有效地检查和监督已成为业务工作的一个重要方面。通过多年的审计实践，