（1）工程项目相关职能部门内部控制制度的设置和落实情况的评审。一是督促职能部门在工程项目实施过程中制定组织措施、经济措施、技术措施和合同措施以保证工程项目按预算或概算投资执行；二是督促职能部门事先编制好施工过程的资金使用计划,确定、分解投资控制目标，进行投资跟踪控制，定期进行投资实际支出与计划目标值的比较。发现偏差及时采取纠正措施。
（2）隐蔽工程现场核查。主要检查隐蔽工程的真实性、准确性。—是参与工程项目基础实物工程量的收方，检查是否按有关规定进行收方，核实实物工程量；二是参与土石方成份及外运运距的确认，检查是否按有关规定进行认定,核实土石方成份及外运运距；三是审查隐蔽工程资料是否真实、准确、完整。
（3）设计变更审查。主要审查工程项目设计变更的真实性和合理性。一是审查设计变更的处理程序是否符合规定，手续是否完备；二是审查设计变更的内容及作业数量是否真实；三是审查设计变更价款的合理性和准确性。分析变更对造价的影响,并核定承包人因设计变更造成的费用增减,对必要的变更进行技术经济比较，选择经济合理的技术措施，力求减少变更费用，以避免不合理支出。
（4）合同履行审查。一是合同是否按规定的条款执行，有无更改合同的行为；二是了解因安全施工、不可抗力、合同分包、工程转包、技术工艺、文物或障碍物等事件对合同履行所产生的影响，以及由此带来的合同变更情况；三是审查合同价款的变更或增减费用的合理性、合规性和合法性。
（5）工程索赔款审查。一是审查工程索赔是否有合同依据、是否提供原始资料，索赔手续是否完备；二是审查索赔内容是否合理，索赔款计算是否正确；三是审查索赔费用的合理性和准确性。
（6）设备、材料价格的审查。重点审查设备、大宗材料价格的真实性、合理性。审计人员应参与设备、大宗材料价恪的询价与核定工作,以及参与采购招标活动。对设备、大宗材料的价格提出核定意见。对项目中特殊材料、设备市场价进行征询。材料价格是影响工程成本的重要因素，严格控制材料价格是降低造价的有效手段。在保证材料质量的基础上，严把材料价格关，力争把价格控制在合理水平上。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，并督促项目法人及时处理，免造成更大损失。
（7）工程价款结算审查。根据工程合同规定的工程价款结算方式，结合工程进度及预付款项和工程监理情况，审查经工程项目管理部门签证的工程价款结算账单，提出资金拨付意见。
（三）工程竣工阶段
根据相关法律法规及丁程所有资料，对工程竣工结算进行全面审计，并出具审计报告。
（1）全面掌握项目的批复立项资料、设计资料、历次调整概算的资料、相关的合同及结算资料、工程进度资料、初步验收资料和工程竣丁决算报告等，在对项目工程整体设计与施工有一个系统、完整认识的基础上，审查上述经济资料是否属于该项目，审查竣工工程内容是否按合同要求全部完成并及时办理了工程决算，审查实际施工中出现的设计、合同、施工企业等情况的变更资料，以及工程、隐蔽工程检查验收等各种签证是否真实、完整,变更的内容是否符合客观实际。查看现场与资料是否相符。
（2）充分利用前期审计已掌握的资料和数据，在施工单位提供的决算数据基础上匡算各项工程造价和材料消耗指标，广泛运用分析性复核的方法确定审计重点并进行详细审查，具体可从工程量计算是否正确，工程定额的套用是否存在错套或高套现象，材料用量及价差的合规、合理性，取费程序的合法、合规性等方面来进行。
全过程跟踪审计的工作方法
首先，跟踪审计人员必须常驻施工现场，参加被审计单位的定期例会，及时了解、掌握项目有关隋况，提出审计意见，并且做好会议记录。参加工程例会，参与工程相关的一切招投标活动。同时做好审计宣传工作，使被审计单位了解跟踪审计的程序、内容及应配合的要求自觉接受审计。另外，审计人员应熟悉工程招投标文件、施工合同及工程施工图纸，对合同和招投标文件中未明确的部分应及时指出，督促建设单位进行明确界定。
其次，应对设计变更、施工现场签证和材料价格进行确认。一是设计变更确认；二是施工现场签证确认；三是要求审计人员现场核实变更的工程量，在隐蔽工程覆盖以前进行现场核实；四是收集每个时段的市场信息价格，并作充分的市场调查，对于特殊材料或审计员认为有必要的材料进行现场留样，以便结算时进行核对。
最后，收集相关资料。一是收集工程施工过程中的所有工程资料加以备份，包括工程变更资料，材料合格证及样本，现场测量的照片等，并按类别整理编号，避免添加涂改等现象。二是按时做好跟踪审计工作日记，注意原始资料的积累，为补充定额及正确处理可能发生的纠纷、索赔提供原始数据。三是应建立跟踪审计项目台账，及时登记审计时间、工作纪实，包括工作内容、审计事实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果。
全过程跟踪审计应重视的问题
审计人员必须具备工程技术、经济、法律等多方面的知识，同时还应具备较强的现场沟通、协调的能力。良好的文字编写能力、计算机应用技能，这样才能更好地提供全方位服务。由于审计工作底稿随时都有可能作为法庭证据，因此审计人员必须深入现场收集资料，取证要准确，工作要全面彻底，要站在客观公正的立场上对待每个环节，注意调查研究。不得有个人色彩。
工程项目跟踪审计是一项知识面广、综合性强的工作。因此，审计完毕要认真地研究总结，不仅要总结工作的方法方式，审计中还存在哪些技术问题，以后如何进行改进，如何协调与建设方、监理方、施工方的工作关系以及他们有什么好的建议，而且还要探讨项目管理中存在的问题和不足，分析共性问题；要不断地进行探索，不断完善跟踪审计工作。要形成工作制度，这对减少审计风险，提高审计质量及审计工作水平意义重大。
因为工程项目跟踪审计过程较长，工作中的底稿、照片等资料要特别注意保存，要建立审计复核制，审计责任追究制。
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