对于5%质保金和15%未开票的工程款，在增值税方面需要分别处理，质保金未开票在完工之日不产生增值税纳税义务，15%未开票的工程款应在合同约定的收款日确认增值税纳税义务。
企业所得税方面，需要按照完工百分比确认应税收入，跟是否开具发票没有关系。
一、增值税方面（一）质保金的增值税规定根据《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第69号）第四条的规定，纳税人提供建筑服务，被工程发包方从应支付的工程款中扣押的质押金、保证金，未开具发票的，以纳税人实际收到质押金、保证金的当天为纳税义务发生时间。
因此，施工方的增值税处理：
（1）工程价款结算时，未开具发票的，质保金的纳税义务尚未发生，不需要申报纳税。
（2）未发生质量缺陷，承包人如期收到质保金的当天，增值税纳税义务发生，可向承包人开具发票。
（3）发生质量缺陷，承包人承担维修责任的，或未承担维修责任被发包人扣除全部或部分质保金的，承包人应就质保金全额发生纳税义务，可向承包人开具发票。
（4）发生质量缺陷，承包人未承担维修责任，被发包人扣除全部质保金的，承包人应就质保金全额发生纳税义务，可向承包人开具发票；超额索赔部分，发包人未发生应税行为，不应向承包人开具发票。
（二）建筑服务的增值税纳税义务时间财税（2016）36号附件1第四十五条规定：“增值税纳税义务、扣缴义务发生时间为：
(一)纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天;先开具发票的，为开具发票的当天。
收讫销售款项，是指纳税人销售服务、无形资产、不动产过程中或者完成后收到款项。
取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期;未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。......”
综上，15%未开票部分，应在合同约定收款日做无票申报缴纳增值税；如合同没有约定收款时间，则应完工之日按无票收入申报增值税。而质保金，未开具发票的，以纳税人实际收到质保金的当天为纳税义务发生时间。
二、企业所得税的处理
根据《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函〔2008〕875号）第二条的规定，企业在各个纳税期末，提供劳务交易的结果能够可靠估计的，应采用完工进度（完工百分比）法确认提供劳务收入。
因此，由于质保金属于工程价款结算之后发包人预留的资金，对应的建造合同收入已经确认，企业所得税纳税义务已在工程价款结算所在年度确认。
1.缺陷责任期内未发生质量缺陷，承包人如期收到质保金，属于债权转化为货币资金，不涉及企业所得税的问题。
2.缺陷责任期内发生质量缺陷，承包人承担维修责任发生的支出，可以在企业所得税前据实扣除；如果未承担维修责任，被发包人扣除或者索赔的金额，根据相关凭据，也可在企业所得税前扣除。