内部审计在单位内部会计监督制度中的重要作用主要体现在以下三个方面：
1.预防保护作用
内部审计机构通过对会计部门工作的在监督，有助于强化单位内部管理控制制度，及时发现问题纠正错误，堵塞管理漏洞，减少损失，保护资产的安全与完整，提高会计资料的真实、可靠性。
2.服务促进作用
内部审计机构作为企业内部的一个职能部门，熟悉企业的生产经营活动等情况，工作便利。因此，通过内部审计，可在企业改善管理、挖掘潜力、降低生产成本、提高经济效益等方面起到积极的促进作用。
3.评价鉴证作用
内部审计是基于受托经济责任的需要而产生和发展起来的，是经营管理分权制的产物。随着企业单位规模的扩大，管理层次增多，对各部门经营业绩的考核与评价是现代管理不可缺少的组成部分。通过内部审计，可以对各部门活动作出客观、公正的审计结论和意见，起到评价和鉴证的作用。
要提高内部审计作用的发挥效果，一方面要加强内部审计的行业自律与引导。另一方面企业的管理当局要赋予内部审计机构足够的权力。
(1) 加强内部审计的行业自律与引导
我国的内部审计师协会也应该建立一套完整的关于内部审计方面的理论知识体系，包括规定内部审计人员应该具备的知识结构，加深内部审计人员对内部审计的性质、职能及自身定位的认识，加强对内部审计人员的上岗教育和后续教育，提高审计人员的素质，在行业内部形成一定的道德规范及自律机制，形成自己的职业道德和职业文化，在社会上建立足够的声誉，进而形成一定的职业性权威。
(2) 管理当局要赋予内部审计机构足够的权力
企业的管理当局要赋予内部审计机构足够的权力，使之与其承担的责任相配比，以形成足够的管理性权威，便于内部审计行使权力和履行责任，提高内部审计的效率和效果。