根据《增值税会计处理规定》（财会〔2016〕22号），增值税一般纳税人应当在“应交税费”科目下设置二级科目“预交增值税”，核算一般纳税人转让不动产、提供不动产经营租赁服务、提供建筑服务、采用预收款方式销售自行开发的房地产项目等，以及其他按现行增值税制度规定应预缴的增值税额。
财税处理趋同财会〔2016〕22号文件的“预交增值税”科目设置，相较于《企业会计准则——应用指南》附录“会计科目和主要账务处理”的设置，为增设科目。此设置基本参照了《财政部关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，包括了营改增后增加的四种需要预缴税款的情形，量身定做，财税处理逐步和谐趋同，纳税申报简单快捷，财报列示信息对称。企业预缴增值税时，借记“应交税费——预交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。月末，企业应将“预交增值税”明细科目余额转入“未交增值税”明细科目，借记“应交税费——未交增值税”科目，贷记“应交税费——预交增值税”科目。但是对于房地产企业等相关行业，“预交税款”的期末余额在纳税义务发生之前不能结转入“未交增值税”，应直至纳税义务发生时方可从“应交税费——预交增值税”科目结转至“应交税费——未交增值税”科目。
分项目案例解析第一例：纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目
某房地产开发公司开发甲房地产项目，2016年5月18日，预售房屋一套，售价100万元，同时收到客户乙交付的预售款80万元，甲房地产项目采用一般计税方法计税。账务处理如下（单位：万元，下同）
1.预收房款
一般计税方法预缴增值税按11%的适用税率和3%的预征率计算，应预缴增值税＝80÷（1＋11%）×3%＝2.16（万元）。
收到预售款时：
借：银行存款 80
贷：预收账款 80
借：应交税费——预交增值税 2.16
贷：银行存款 2.16
注：收到预收款的当天不是销售不动产的纳税义务发生时间，只有开具售房发票或不动产产权发生转移以及合同约定的交房日期方可确认纳税义务发生。
2.销售房屋
（1）确认收入：
借：银行存款 20
预收账款 80
贷：主营业务收入 90.09
应交税费——应交增值税（销售项税额） 9.91
（2）预缴税款的抵减。《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）规定，一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应按税法规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和11%的适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税，未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
甲公司将本月应抵减的预缴税款转入“未交增值税”科目：
借：应交税费——未交增值税 2.16
贷：应交税费——预交增值税 2.16
第二例：纳税人出租不在同一县（市、区）的不动产
甲公司是一般纳税人，2016年10月1日与乙公司签订办公楼租赁合同，起租日为2016年10月1日，租期2年，出租的办公楼采用成本模式计量。该办公楼是甲公司2012年4月29日购入，原值1080万元，预计使用年限20年，采用直线法折旧，假设不考虑净残值。合同约定每月收取租金8.75万元。（假设该办公楼所在地与甲公司机构所在地不在同一市）
（1）出租时：
借：投资性房地产 1080
累计折旧 216（1080÷20×4）
贷：固定资产 1080
投资性房地产累计折旧 216
（2）每月收取租金时：
借：银行存款 8.75
贷：预收账款 8.75
（3）在不动产所在地预缴增值税：
借：应交税费——预缴增值税 0.42
贷：银行存款 0.42
（4）在不动产所在地申报时：
借：预收账款 8.75
贷：其他业务收入 8.33万元〔8.75÷（1+5%）〕
应交税费——应交增值税（销项税额）0.42
第三例：纳税人跨县（市、区）提供建筑服务
山东滨州市甲公司承包了山西洪洞县一个合同值为1000万元的工程项目，并把其中300万元的部分项目分包给具有相应资质的分包人乙公司。
建筑施工采用简易计税方法时，发票开具采用差额计税但全额开票。税额为：1000÷（1+3%）×3%=29.12（万元）。金额为：1000-29.12=970.88（万元）。发票备注栏要注明建筑服务发生地所在县（市、区）及项目名称。简易计税的情况下，一般纳税人预缴税款等于向机构所在地主管税务机关纳税申报的税额。甲纳税申报按差额计算税额：（1000-300）÷（1+3%）×3%=20.38（万元），简易计税情况下，异地预交增值税等于机构申报数额。
甲公司在洪洞预缴增值税税款=（1000-300）÷（1+3%）×3%=20.38（万元）
甲在洪洞县缴纳城建税及教育费附加=20.38×（5%+3%+2%）=2.038（万元）
会计处理：“应交税费——简易计税”科目核算一般纳税人采用简易计税方法发生的增值税计提、扣减、预缴、缴纳等业务。
借：应交税费——简易计税 20.38
贷：银行存款 20.38
借：税金及附加 2.038
贷：应交税费——城建税和教育费附加2.038
借：应交税费——城建税和教育费附加2.038
贷：银行存款 2.038