实务中，有的民办学校在享受非营利组织免税优惠时存在误区，认为只要取得了主管部门的非营利机构证件就可直接享受免税优惠。值得注意的是，取得主管部门的非营利机构证件不等于取得免税资格，非营利性民办学校需要携带相关资料到税务部门申请认定非营利组织的免税资格，认定成功后方可享受免税优惠。
由于民办学校取得收入的类型、形式较多，诸如校服、校车等项目，采用直营模式还是代收代付模式将直接影响相关收入在税法上的确认。基于此，民办学校在财务核算时应更加准确地划分应税收入和免税收入、应税收入和不征税收入，确保合规享受税收优惠。
开展关联交易：收入性质需明确
《实施条例》在第四十五条、第六十二条中新增了与关联交易相关的规定，包括民办学校及其举办者不得以赞助费等名目向学生、学生家长收取或者变相收取与入学关联的费用，民办学校应当建立利益关联方交易的信息披露制度等。
在民办学校的关联交易形式中，既有常见的关联方之间销售产品服务、资金借贷及担保等情况，也有举办者在校任职获取利益等特殊情况。
民办学校与关联方之间销售的服务，通常为教育咨询或教学管理服务。比如，民办学校的举办者直接或间接持股成立教育咨询公司，学校委托该公司全权负责学校日常教学管理工作，该公司则以收取管理费的方式从学校取得收益。
根据我国企业所得税法的规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得在企业所得税税前扣除。故民办学校在向关联方支付款项时需明确收入性质，进而确定相关支出能否在企业所得税税前扣除。
由于非营利性民办学校的举办者不得取得办学收益，因此，有的举办者可能会以在学校任职的方式变相取得收益，有的举办者还可能在学校治理的关键环节安排与其关系密切的家庭成员任职，由学校向其支付薪酬，这些行为都构成关联交易。
需要提醒的是，此类关联交易可能导致民办学校不符合非营利组织的条件。根据《财政部税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号），工作人员工资福利开支控制在规定的比例内，不变相分配该组织的财产，是非营利组织必须符合的条件之一。如果工作人员收入过高，可能导致民办学校无法符合非营利组织认定条件，无法取得免税资格。
关联交易是否符合独立交易原则是是否能享受免税优惠的关键。对于被认定为非营利组织的民办学校来说，由于可以享受免税优惠，税负低于一般企业，关联方可能通过关联交易转移利润，进而实现降低税负的目的。根据我国企业所得税法，企业与关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。基于此，被认定为非营利组织的民办学校更应重视关联交易定价的公允性，明确各类关联收入的性质，同时结合《实施条例》要求建立利益关联方交易的信息披露制度，确保关联交易合法合规。
中外合作办学注意代扣代缴问题
《实施条例》明确，本条例规定的支持与奖励措施适用于中外合作办学机构。
2023年秋季学期来临，但是全球新冠肺炎疫情形势依然严峻，不少有出国学习需求的学生面临求学困境。8月下旬，教育部明确表示，继续支持部分中外合作办学机构和项目以及内地（大陆）与港澳台地区合作办学机构和项目通过自主招生，缓解疫情影响下学生无法出国学习的困难。
根据《国家税务总局关于明确中外合作办学等若干增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2018年第42号），境外教育机构与境内从事学历教育的学校开展中外合作办学，提供学历教育服务取得的收入免征增值税。
实务中，中外合作办学项目的收费名目较多，比如项目合作费、教材费、学籍软件使用费、游学费等。民办学校在开展中外合作办学项目时，需要明确区分增值税免税项目和征税项目。对于中外合作办学项目中非学历教育部分的收入，民办学校可以选择适用简易计税方法按照3%征收率计算增值税应纳税额。
在企业所得税方面，中外合作办学项目的外方机构既可能属于我国居民纳税人，也可能属于我国非居民纳税人，相关机构需要结合办学项目的组织形式、运营模式等情况做出判定，并根据不同政策要求在我国缴纳税款。
“民办学校还需要注意代扣代缴义务的履行问题。”曾有民办学校因未按规定及时履行代扣代缴义务，产生税务风险。如果民办学校在与境外教育机构签订合作办学项目协议时，明确约定外方在中国境内发生的相关税款需由中方负担，就应及时履行代扣代缴义务，确保税务合规。
（中国税务报）
文源 | 民教文摘（2023-09-18）