1、期末余额为负数的预付账款
在做预付账款科目的审计时，一般要做的一个审计程序是：分析出现贷方余额的项目，查明原因，必要的建议进行重新分类调整。
预付账款是资产类的科目，一般期末余额在借方，如果出现在贷方的情况，需要进行重分类调整，这个没啥好说的，很简单。当然，需要提醒一点的是，不是一看到负数就一股脑地进行重分类，有时候还需要看看出现负数的原因是什么，有可能存在特殊的情况，比如企业有可能以前账务处理做错了或者由于各种各样的其他原因导致预付账款出现了负数，这个是需要进一步去了解和检查的。
2、预付账款和应付账款同时挂账的情况
预付账款审计底稿，一般要做一个审计程序：结合应付账款明细账审计，查核有无重复付款或将同一笔已付清的账款在预付账款和应付账款两个科目中同时挂账的情况。
对于预付账款和应付账款同时挂账的情况，一般情况下要予以对冲。这个很简单，这里不多说，实务中，也可能存在预付账款和其他往来款科目进行对冲的情况，这个也要结合实际的情况去看，有可能是企业会计核算时用的科目错误，审计在调整时直接进行对冲，也有可能是基于某些特殊情况下的对冲…
3、结合发生的成本费用进行测算检查。
实务中，很多企业财务人员经常有依据发票进行账务处理的习惯。
提前预付了款项，就挂在“预付账款”核算，如果由于种种原因一直没有收到对方的发票，则可能一直没有将“预付账款”结转到成本、费用等科目，这也是很多企业存在账龄较长的预付款的一个原因，实际上是已经发生的成本费用支出，只是由于没有收到发票而一直没有结转。此外，预付账款也经常出现跨期的现象，常见如租赁费、法律顾问费。下面列举两个简单的例子：
例1：如租赁费，假设租赁费120万元（不含税），租赁期限为2017.7.1-2018.6.30，企业于2017年6月29日预付了所有的租赁费，2017年7月10日收到对方开具的增值税发票，财务人员可能依据发票一次性将预付款结转到2017年，或者一直没有结转预付账款，没有确认成本、费用。
例2：常见的还有常年的法律顾问费，如有些企业会聘请常年的法律顾问，一般都会约定服务期限，企业一般在“管理费用”中核算，许多财务人员经常会依据发票一次性进行账务处理，存在跨期的现象。
4、预付账款也可能计提“坏账准备”
针对预付账款“坏账”，一般要做的审计程序是：检查一年以上预付账款未核销的原因及发生坏账的可能性，检查不符合预付账款性质的或因供货单位破产、撤销等原因无法再收到所购货物的是否已转入其他应收款。
预付款项在报表列示为一项流动资产，既然是资产，就可能存在“坏账”的风险。对于预付账款，在审计的过程中，不仅要关注它的真实性和商业实质，还要关注它是否存在收回的风险，特别是大额的预付账款，账龄较长的预付账款以及关联方之间的预付账款（关联方之间的预付账款经常系关联方资金的占用或被用来调节利润），我们来看一个预付账款计提“坏账准备”的例子：
5、长期挂账的预付账款
预付账款是指企业按照购货合同的规定，预先支付给供应单位的款项，也就是说，企业为了在不远的将来获得需要的商品或服务，尽管现在还没收到商品或享受到服务，而需要先支付的一笔款项。在正常情况下，付了钱长时间收不到货或者无法获得相应的服务，显然是不符合正常商业逻辑的。
长期挂账的预付账款，背后会有它“特殊”的原因：关联方资金占用；与客户就产品质量问题出现纠纷；公司进行重大战略调整，不再使用原来的原材料，原先预付客户而要采购的该种原材料款项，还在不断地与客户沟通协商解决方案……
总而言之，对于长期挂账的预付账款，需要了解并检查具体原因，关注是否需要核销，关注是否因供货单位破产、撤销等原因无法再收到所购货物以及预付账款回收的可能性，是否需要调整至“其他应收款”并计提坏账准备等等…
6、分错类的“预付账款”
这个是会计核算的问题了，企业财务人员有时候在核算时所用的会计科目不规范，如支付的押金、保证金等放到“预付账款”核算，此时应当重分类至“其他应收款”，又如员工借用备用金去采购商品，采购完拿发票等相关资料回来报销，对于员工借用的备用金，一般先放到“其他应收款”核算，如果通过“预付账款”核算，此时会审计调整过来；再如，对于一些款项回收可能性小、账龄较长的预付账款，有时候会考虑调整至其他应收款并计提坏账准备。
7、大额预付账款、关联方的预付款，预付账款的真实性及商业实质
大额的预付款，大幅度增加的预付款，关联方之间的预付款，账龄较长的预付款，这些都容易存在问题，有可能存在虚增的情况或者预付账款没有及时结转至成本费用，又或者存在利益输送或者关联方资金占用等情况。在审计的过程中，需要予以关注，并设计适当的审计程序去检查。
我们来看一个例子：
山东永平再生资源股份有限公司（永平资源，836960）2018年被中兴华会计师事务所（特殊普通合伙）出具保留意见的审计报告，其中一个原因系事务所对预付款项的商业理由及商业实质以及收货的可行性有疑虑。