股权变更税务登记证办理的具体流程：
（一）领取《公司变更登记申请表》；
（二）变更营业执照；
（三）变更组织机构代码证；
（四）变更税务登记证；
（五）变更银行信息。
二、股权变更过程中的税务问题（一）有关税收政策
自然人转让股权，应当按照规定缴纳印花税、个人所得税。
1、印花税：印花税应由转售让双方分别缴纳，其计税依据为产权（股权）转移书据所载金额，适用税率为万分之五，纳税义务时间为书立转让合同时。
2、个人所得税：按照个人所得税法规定，个人转让股权应当按照“财产转让所得”缴纳个人所得税，以转让股权的收入额减除股权原值的余额为应纳税所得额，适用税率为20%。
（二）有关法律责任
根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
纳税人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
（三）股权变更业务流程
股东（纳税人）办理股权转让前，应到其到主管税务部门（被投资企业的主管地税机关，一般按“区”对应）办理税源监控登记手续，地税局税源监控登记流程如下：
1、股权转让人以及受让人应当按照规定分别缴纳印花税，并将印花税票粘贴在合同上进行划销。
2、不论是溢价转让还是平价、低价转让，股权转让人均应当按照税法规定进行个人所得税的纳税申报（凭个人有效证件办理自然人登记后即可办理申报业务）。
办理股权转让的股东或经授权的代办人应报送（填制）以下资料报送到市南地税纳税大厅业务窗口：
1、《股东股权变更税源监控登记表》（一式三份）；
2、《承诺书》（一式两份）；
3、所投资企业股权变更前一期以及上年末的财务报表（资产负债表、损益表）。
4、股权转让协议（贴有印花税票的复印件）；
5、转受让双方的印花税完税凭证复印件；
6、股东会决议（复印件）；
7、章程修正案（复印件）；
8、转让方身份证复印件（法人应当提供税务登记副本的复印件）；
9、非股东本人到场的须提交委托协议书；
以上资料复印件须加盖公章（个人资料须本人签字确认）并注明“此复印件与原件一致”字样。
税务机关受理纳税人报送的资料后将开具“受理回执”给纳税人，税务机关随后将对纳税人申报的资料进行涉税审查，经审查符合税收管理规定的纳税人可按照“受理回执”通知的时间到地税局办税大厅领取税务机关签章的《股东股权变更税源监控登记表》（第二联、第三联）。
股权转让人可凭《股东股权变更税源监控登记表》第三联到工商机关办理股权变更登记。
纳税人在工商变更股权登记后，应及时到税务机关办理有关股权变更的税务登记。
（四）其他事宜
1、股权转让人应当保存好相关的股权转让涉税资料，并以此作为今后税务检查的证明材料。
2、由于股权的受让人再次转让股权是以其取得股权的价格作为其股权成本，因此，股权受让人亦应当保存好相关的股权转让资料。
3、税务机关在对股权转让行为进行涉税审查时，将着重对股权转让价格的真实性进行审查，包括对所投资企业的资产状况、所有者权益等进行审查，对于股权转让价格明显偏低，又无正当理由的，将按照征管法的规定予以核定征收。
三、企业股权变更后税务要变更吗是否需要税务登记变更，要看具体情况:（一）如股东变更，注册资本未变，法定代表人，注册地址等未变，不需变更。（二）如发生重大变化，需要进行变更。具体请查看下列法律条文:《中华人民共和国税收征收管理法》第十六条从事生产、经营的纳税人，税务登记内容发生变化的，自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内或者在向工商行政管理机关申请办理注销登记之前，持有关证件向税务机关申报办理变更或者注销税务登记。《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第十四条纳税人税务登记内容发生变化的，应当自工商行政管理机关或者其他机关办理变更登记之日起30日内，持有关证件向原税务登记机关申报办理变更税务登记。纳税人税务登记内容发生变化，不需要到工商行政管理机关或者其他机关办理变更登记的，应当自发生变化之日起30日内，持有关证件向原税务登记机关申报办理变更税务登记。
以上就是由找法网编辑整理收集的关于股权变更税务变更流程的法律知识。股权变更这一行为自然是合法的，但是在进行的时候，是需要按照相关法律的程序来办理的，股权变更后税务是否变更根据情况来定，如股东变更，注册资本未变，法定代表人，注册地址等未变，不需变更。如发生重大变化，需要进行变更。好了以上就是股权变更税务变更流程的相关内容，如果您还有其他问题的，欢迎咨询找法网律师。