一、新版个税申报系统的特点
1、两个途径
“互联网地税局”客户端——有税务登记的纳税人和扣缴义务人，企业为员工扣缴个人所得税在此办理；
“北京地税官方网站”——未办理税务登记的自然人等特殊情况。
2、两个变化
软件合二为一。对于最常见的企业为员工扣缴个人所得税申报，由原来的两个软件——“互联网地税局-纳税申报”申报个税总额，“个人所得税明细申报系统”申报员工每个人的个税明细，变为一个软件——在“互联网地税局”客户端，“个人所得税申报”模块直接办理。员工信息不再保存在本地电脑，而是保存在服务器，避免更换电脑需要重新导入员工信息的麻烦。
时间合二为一。原企业为员工扣缴个人所得税申报，“个税总额申报”要求在15日之前，“明细申报”要求为月底之前。改为一个软件后，“明细申报”成为“个税总额申报”的一个环节，所以申报日期统一变更为每月15日之前（征期）。
二、个税申报全流程
申报流程从整体上看分为3部分——1、填写“个人所得税基础信息表”（初次和员工发生变化时填写）；2、填写“扣缴个人所得税报告表”（每月申报时填写）；3、生成缴款书。
下面以最常见的“有限责任公司”为例，详解整个个税申报的全流程。
1、登陆“北京互联网地税局”，点击左下角的“个人所得税申报”
2、在之后的界面，点击左上角的“个人所得税基础信息表（A表）”
3、在之后的界面，点击“添加”，逐个录入员工信息。其中“姓名”、“证件类型”、“证件号码”等“基本信息”为必填，注意“残疾烈属孤老”要选择“是”或“否”。 “员工类型”按实际情况选择，一般选择“雇员”，填完后点击“保存”。员工信息除手工添加外，也可点击“导入”，从之前已有的excel表格中导入。
4、员工全部录入后，点击“提交税务机关”，出现如图所示，表明提交成功。
5、返回上一层，点击“扣缴个人所得税报告表”
6、在之后的界面，选择“导入”-“初始化员工申报数据”，点击“确定”。刚才录入的员工信息即出现在此“报告表”中。
7、下面对每名员工的当月纳税信息进行填写。以第一名员工为例，首先点击第5列“所得项目”旁的下拉箭头，按所得类型选择对应选项，一般选择第一项“工资、薪金所得-普通月工资”。
8、在“收入额”中填写收入总额（此收入总额，含“五险一金”和“个税”，本例中填写的是“6000”）。之后的“基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金”列，按实际扣缴情况填写（此处填写的为单位扣缴的个人承担部分；扣缴比例：养老保险8%，医疗保险2%，失业保险0.5%，住房公积金12%；以6000为例，养老保险=6000*8%=480，医疗保险=6000*2%=120，失业保险=6000*0.5%=30，住房公积金=6000*12%=720）。“之后的减除费用”，每月普通月工资申报时填写“3500”。
9、点击之后“税率%”列旁的下拉箭头，根据系统算出的“应纳税所得额”选择对应的税率（本例中，应纳税所得额=6000-1350-3500=1150，对应的税率为3%），之后的“速算扣除数”将自动带出，最终的“应纳税额”也为系统自动算出。
10、依次录入每名员工的纳税信息，在录入工程中建议多点击“临时保存”，以防数据丢失。全部员工录入完毕后，点击“提交税务机关”，在出现的询问“临时数据将删除”对话框中点“是”，在之后出现的“扣缴税额”信息对话框中核对扣缴信息，没有问题的话，点击“确定提交”。系统将显示“申报成功”对话框，点击“关闭”。（注意：一旦提交税务机关，则已提交员工的个税扣缴信息将无法再在本地修改。出现申报错误，只能找地税管理所的管理员进行修改。所以一定核对清楚后再提交。）
11、按两次“返回”按钮，返回到首层菜单。点击“纳税申报”，在之后的界面点击右下角的“税款缴纳”。
12、在之后出现“税款缴纳”界面，点击“查询”。在出现的申报表前面打对勾选中，点击“生成缴款书”，点击“确定”
在出现的如下界面，点击“打印”。（若缴款书错误，此处可点击“作废”）。
在出现的如下的“打印预览”界面，点击“打印”。最后，持打印的“银行端查询缴税凭证”到银行缴款即可。（此处数字证书用户，缴款方式会有不同，以实际界面为准）。
13、若生成缴款书后未打印，再进入“税款缴纳”界面后，将无法查询到申报表，此时应点击“维护缴款书”，再选择“打印”或者“作废”。