萌娘百科有三大宗旨：
鼓励原创和保存优秀的原创作品；建立完整准确的ACG+百科；以轻松愉快略带恶搞的萌娘形象传播 科学知识、人文素养、爱与和平。萌娘百科简史萌娘百科的创始人为Baskice。2010年10月15日，萌娘百科的前身“绿坝娘wiki”创立，为非盈利计划。“绿坝娘wiki”旨在收录绿坝娘相关的内容，后更名为“中华萌娘小百科”。2011年5月1日，站点名称正式简化为萌娘百科。2013年1月8日，萌娘百科开设英文站与日文站。2023年6月8日，萌娘百科运营权由时任站长Baskice正式移交至萌派网络，萌娘百科自此进入公司化运作。在此向Baskice十年来的辛勤工作致敬。萌娘百科在公司化运作期间保持站点内容非盈利状态及相关著作权协议。运营与维护人员组成站点内容及社群维护由管理员 、维护姬等志愿维护人员进行。
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2010年10月15日 (五) 17:21 第1个条目 首页 由MediaWiki default自动创建，2010年10月16日 (六) 12:16 第1个条目 功夫VS绿坝（已删除）由Baskice创建；2012年4月6日 (五) 19:56 第1,000个条目 死神镰刀 由Xyninesky创建，新增1000条目用时539天；2012年8月5日 (日) 13:58 第2,000个条目 婚后光子 由Kaguya创建，用时121天；2012年11月24日 (六) 03:12 第3,000个条目 源义经(英雄战姬) 由Nostalgia创建，用时111天；2013年1月27日 (日) 16:20 第4,000个条目 魔物娘:卡律布狄斯 （已删除）由天轮创建，用时64天；2013年4月6日 (六) 01:32 第5,000个条目 爱少女波丽安娜物语 由熊猫紫创建，用时68天；2013年6月29日 (六) 22:01 第6,000个条目 地藏菩萨（已删除）由Nostalgia创建，用时84天；2013年10月6日 (日) 11:09 第7,000个条目 栗山未来 由萌星空创建，用时99天；2014年2月16日 (日) 21:54 第8,000个条目 猴爪 由Nostalgia创建，用时133天；2014年6月6日 (五) 01:40 第9,000个条目 东云希 由Xuanfengsaoye创建，用时114天；2014年10月17日 (五) 04:38 第10,000个条目 舰队Collection:睦月 由CFSO6459创建，用时132天；2016年5月7日 (六) 21:03 第20,000个条目 王国之心3 由Xuanfengsaoye创建，新增10000条目用时568天；2017年3月11日 (六) 19:50 第30,000个条目 SELF_PRODUCER 由可爱的琉璃月创建，用时308天；2017年8月11日 (五) 20:57 第40,000个条目 音痴 由東東君创建，用时153天；2017年12月21日 (四) 00:03 第50,000个条目 阴阳师手游:御馔津 由三麓大夫创建，用时132天；2023年3月1日 (五) 23:59 第50,000个条目 客家语 由宫本美代子创建，条目数重新回五万，用时435天（此前由于多种原因删除了较多条目）；2023年2月5日 (三) 20:39 第60,000个条目 郑中基 由不可思议的条目创建，用时348天；2023年8月18日 (二) 22:35 第70,000个条目 喜欢得要落泪了 由沼泽创建，用时195天；2023年4月14日 (三) 21:43 第80,000个条目 路易 由星海子创建，用时239天；2023年11月6日 (六) 03:33 第90,000个条目 Homunculus 由平塚八兵衛创建，用时206天；2023年5月9日 (一) 21:42 第100,000个条目 I got it! 由星海子创建，用时181天；2023年11月25日 (五) 00:10 第110,000个条目 无语咯 由不是液氮创建，用时200天；2023年7月7日 (五) 23:29 第120,000个条目 Liar 由东方巡天创建，用时224天；2024年4月18日 (四) 00:53 第130,000个条目 泰塔妮雅 由Rvthenthncyhdt创建，用时286天。网站状态参见：萌娘百科:网站状态目前面临的问题缺乏编辑者由于wiki在中国内地流行度较低、新用户普遍年龄较小，导致很多人被wiki需要稍加学习才能掌握的编辑技巧劝退。相较于英文和日文使用者，中文使用者更倾向于被动接受而不是主动添加页面内容。技术缺乏很多高级功能的实现需要精通复杂wikitext、Lua语言等能力的技术人员实现。站点维护中也需要具有掌握PHP、JavaScript语言的程序员能持续的对代码进行更新。其他网站盗用作为一个主要提供中文内容的网站，不可避免的会出现内容被盗用并且故意移除著作权