《国际疾病分类》编码对于医疗服务的提供以及医疗融资和健康保险具有影响，这表示临床医生、患者群体和保险公司等都要极为重视《国际疾病分类》的使用——许多团体往往对某种疾患的纳入与否，或者应该如何进行分类持有强烈看法。例如，某些从事中风工作的人士长期以来一直在推动将其从已被归属六十年之久的循环系统疾病转到神经系统疾病，目前这在ICD-11中已得到体现。支持这一移动的人士把对疾病治疗和死亡报告的重要影响列为主要驱动因素。与《国际疾病分类》发生关联的一个关键点，就是被纳入与否并不是根据疾患本身的正当性或治疗效果来判定的。中医在日本、韩国和世界其他地区得到广泛使用，这次对传统医学的首次纳入，就是要采取方法记录在古代中医中所描述的疾病流行病学数据。
有时对性健康疾患的纳入情况作出修订，是由于医学证据与文化定型观念不符。例如，1948年出版的《国际疾病分类》第六次修订本将同性恋归为精神障碍，当时假设这种格格不入情况是人格障碍的一种体现；后来在20世纪70年代，同性恋从《国际疾病分类》和其他疾病分类系统中被移除。
与此同时，还将性别不一致问题从《国际疾病分类》的精神障碍部分移至性健康疾患。其理由是，虽然现在已有证据明确表明，这不是一种精神障碍，且硬是这样分类确实会使变性者蒙受巨大耻辱，但在卫生保健方面仍然存在很大需求，如果这一疾患被冠以《国际疾病分类》编码，就可使这方面的需求得到最好满足。
对于精神卫生疾患而言，由于《国际疾病分类》是一种诊断工具，因此这种代码尤为重要。这样一来，某些疾患通常会在《国际疾病分类》问题上招致很大兴趣。这包括游戏障碍，有足够证据表明，这是需要通过《国际疾病分类》进行追踪的健康问题。囤积障碍等其他成瘾行为现已包含在ICD-11中，诸如“性欲亢进”等疾患已被重新归类为“强迫性性行为障碍”。对ICD-11精神障碍部分做出的一个重大修改是，统计人员尽力简化代码，使初级卫生保健提供者而非精神卫生专家对精神卫生疾患进行编码。这是采取的一个重要举措，原因是全球仍然缺乏精神卫生专家——需要得到精神卫生治疗的人员中有十分之九没有得到医治。