说一下我知道的。最后我会放一下我自己的总结。
一：以下贴自知乎他人在其它答案下的回答。3dm和游民也有英文部分，但不知道可不可信
这是在游戏发售前爆光的全章节列表：
Prologue 序章
Awakening 苏醒
Chapter 1 – Revenge 第一章 - 复仇
Episode 1: Phantom Limbs 幻肢
Episode 2: Diamond Dogs 钻石犬
Episode 3: A Hero’s Way 英雄之路
Episode 4: C2W
Episode 5: Over The Fence 穿越
Episode 6: Where Do The Bees Sleep 蜂栖何处
Episode 7: Occupation Force 占领军
Episode 8: Red Brass 红铜
Episode 9: Back Up
Back Down 援进，撤退
Episode 10: Angel With A Broken Wing 折翼天使
Episode 11: Cloaked In Silence 匿踪于静
Episode 12: Through The Hole 穿洞
Episode 13: The Enemy Of My Enemy 敌人之敌
Chapter 2 – Dark Depths 第二章 - 黑暗深渊
Episode 1: Hellbound 地狱边界
Episode 2: From The Inside 从内而发
Episode 3: Bad Dreams 恶梦
Episode 4: Domination 支配
Episode 5: Old Bones 老骨头
Episode 6: Dangerous Wisdom 危险之智
Episode 7: State Of Exception 化外之境
Episode 8: Dirt Work 骯脏活
Episode 9: Open Hands 敞开双手
Episode 10: Diamonds In The Sky 天空之钻
Episode 11: Ghosts 鬼魂
Episode 12: Playing With Monsters 与魔共游
Episode 13: Kill The Beast 杀那野兽
Episode 14: Green Light 绿光
Episode 15: Coup De Grace 怜悯之杀
Episode 16: Lurking In The Dark 匿伏暗处
Episode 17: Open Minds 敞开心胸
Episode 18: No Slaves 无奴隶
Episode 19: Club Of The Unseen 无形俱乐部
Episode 20: Two-Way Race 双边竞赛
Episode 21: Traitors’ Caravan 叛徒篷车
Episode 22: Fire and Cold Ashes 燃灰，冷灰
Chapter 3 – The Costs Of Revenge 第三章 - 復仇代价
Episode 1: Pestilence 瘟疫
Episode 2: Phantom Pain 幻痛
Episode 3: Madness Of Men 疯狂之众
Episode 4: Three 叁
Episode 5: Isolation 隔离
Episode 6: Severed Family 家破
Episode 7: Fatal Massages 致命讯息
Episode 8: Voices 声音
Episode 9: Corrupted 破灭
Episode 10: Midnight Raid 夜袭
Episode 11: In The Face Of Pain 在痛颜中
Episode 12: The Beauty Of The Battlefield 战地佳人
Episode 13: Manufactured Skin 人造皮肤
Episode 14: Homonculus 人体鍊成
Episode 15: There Are No Heroes 本无英雄
Chapter 4 – Punishing Words 第四章 - 惩治之词
Episode 1: Sins Of The Father 父亲之罪
Episode 2: Loyalty 忠诚
Episode 3: No Turning Back 去不復还
Episode 4: Metallic Archaea 金属古菌
Episode 5: Sahelanthropus 查德人猿
Episode 6: War Is Peace I 战争即和平1
Episode 7: Condition: Comatose 状态：昏迷中
Episode 8: War Is Peace II 战争即和平2
Chapter V – Confrontation 第五章 - 对抗
Episode 1: Pale Shadows Of Forgotten Names 遗忘之名，苍白之影
Episode 2: Truth: The Man Who Sold The World 真相：出卖世界的男人
Episode 3: Demons 恶魔们
Epilogue 尾章
Demons In The Cold Of The Night 冷夜恶魔
游戏发售前预定的章节列表。
发布于 2017-01-03・著作权归作者所有
从这里可以大致看出这大概是一个籍由直立人事件建立起来的类佣兵的一般个人组织，在清理骷髅脸后因为mg直立人成为下一个xof被某个辛迪加式的社会寡头群体针对，最终完全转变成与世界为敌的恐怖主义势力的经过。根据合金装备世界观，时间应当在和平行者事件到慈善事业成立前。
在系列剧情中对于解释固蛇自主（在mgs2之前）之前的剧情有相当重要的地位。
现在这些都只能靠臆测了。二：现在说一下剧情相对而言相当确凿的部分，只要没被各站的辣鸡小编带过节奏就能正常理解的。
1休伊是被冤枉的，但结果上他确实杀了奇爱博士。预谋方是山猫和麦克当劳先生（米勒）。vs对于真相有一定符合实际的猜测。此事原本的直接目的是清除休伊这个自身各方面实力极弱但对局势急剧威胁的存在，但又同时不能让vs产生任何怀疑（不然休伊早就死了）。从结果反推，最终目的是保持不直接和钻石犬产生联系的同时保持对原始犬的控制，尤其是实力控制。
从休伊可以活着离开，所有当事者都只是休伊可以死但不是休伊必须死，我个人认为目的就是保持对原始犬的控制，并且休伊不是因为能研发合金装备而被针对，而是他在其它地方上的特性成为了威胁。
综合后来看，这个威胁就是天真。（接下来是个人分析）在和平行者期间因为ns有自己的想法，他本就不会亲近休伊。然而vs则不会。没人想要一个天真的理想主义斗士bb，只想要一个兵王而已。注意眼镜。人物之间的相像并不会仅仅止于你所能看到的。个人瞎想：如果休伊的天真之外额外具有了理想主义且有完善理论支持的特质，因而失去盲目和平主义和盲目生命可贵主义的话，其实会是一个潜在能量不下于山猫的怪物（卡斯特罗化）。这不适合合金装备，但绝对是一个exciting的故事走向。当然，这不适合合金装备世界线，因为这种人物过于高达向了。。。这就是为何休伊会戴上小岛的眼镜。在审判休伊的时候，钻石犬就是科乐美。2和平行者在剧情中留下了一个很少有人注意到但参与了很多关键剧情的势力：儿童间谍（我称之为真正的魔童计划）。从帕兹的行为看，儿童间谍根本不是合格产物。如果削弱个人意识，儿童间谍根本无法进行过于复杂的任务，甚至无法有效潜入；而如果不削弱个人意识，儿童间谍会因为本身人格而非常容易叛变，即使通过教化性控制儿童间谍的工作也会经常以错误的方式完成。
请注意儿童间谍本质上是一种儿童士兵，两者性质严重重合，只是合金装备的儿童间谍都和某个势力严密相关。以下是个人归类的出现在剧情中的儿童间谍：帕兹（现实中的儿童间谍其实包括小孩和女人准确来说主体还是后者），从行为上看有明显的教化性控制（没有药物，没有芯片，单纯依靠特定的人格障碍和特定教育进行操控）痕迹（叫她偷高达她开去给对方拆，拿她做肉弹她非要先自我证明而不是先行确保避免最坏结果，背叛不是背叛服从不是服从；顺带说一下之所以现实中不这么玩就是因为这种行为伤理智，是有很多麻雀燕子什么的很成功，但只对于低理智的对手有效，大体上只会得不偿失）。和现实中一样，性价比太低没有开展