笛卡尔在《沉思录》中开创了对灵魂的现代阐释之路，这一点已得到普遍承认。在笛卡尔的所有学说中，他对灵魂的说法最少受到检审。造成这种忽视的一个原因是，笛卡尔造成的一些重要改变已经被——甚至被他的批评者——视作理所当然。苏格拉底、柏拉图、亚里士多德和中世纪占统治地位的前现代传统认为，灵魂负责两个功能，或一个功能的两个层面：一是生命或运动，一是意识、辨识或思维。这种前现代灵魂观对形而上学的分歧显然是中立的：甚至卢克莱修(Lucretius)也认为这两种功能都属于una natura[一个自然]，是animus[精神]和anima[灵魂]的结合。灵魂具有两种功能的学说常常与灵魂由几部分组成的主张结合在一起，这种主张认为，灵魂的各个部分处于统治和服从的不同关系当中。这一主张最著名者可能就来自于柏拉图《王制》的第四卷。对于笛卡尔来说，灵魂只执行一种功能，它是一个“思维着的东西”(thinking thing)、一个心灵或一种“意识”，除此之外什么都不是；它还是“整一的”(one and single)，或者说它不由部分组成。自笛卡尔以后，无论是从形而上学的立场还是从反形而上学的立场，都很难举出有哪位巅峰思想家力求恢复灵魂的这种内在结构，或者力求恢复灵魂最初“有机的”(organic)含义，即让灵魂负责生命和运动以及“世间的”活动。在这些决定性的方面，我们有资格说，现代意义的灵魂自身具有形而上学的中立性(metaphysical neutrality)。从尼采指责“笛卡尔是肤浅的”开始，①此种或彼种形式的“笛卡尔主义”最激烈的批评者，往往都没有注意到自己与“笛卡尔主义”的基本一致。
造成这种忽视的第二个原因在于，笛卡尔在《沉思录》中提出他的灵魂学说应当采取或被迫采取的形式。从某种复杂的意义上讲，《沉思录》既是一部中世纪经院—亚里士多德主义的著作，同样也是一部公认的现代哲学奠基之作。《沉思录》既是“第一哲学”(据其标题)或关于实体的思辨形而上学，也是为拯救不信仰者而作的基督教护教学，因而它极为传统。与这两点相一致的是，灵魂是一个独立的、非物质的实体，而且灵魂是不朽的，不会随着身体的朽坏而朽坏。另一方面，作为对科学大厦确定无疑的“根基”的探求，《沉思录》又极为新颖或者现代(《沉思录》Ⅰ，起首)。然而，笛卡尔只在那些非护教的或更世俗的著作中陈述了这个科学大厦的目标：“成为支配自然界的主人”，或者“毫不费力地享用地球上的各种物产、各种便利”，或者获得这样一种智慧，能够认识到“人的精神在很大程度上取决于身体各器官的气质和状况”(《方法谈》Ⅵ，第2段)。这诱使人饶有兴趣地去区分两种笛卡尔的灵魂学说，一是护教的《沉思录》中独立的、不朽的灵魂，另一是主要在《沉思录》之外得到表述的世俗灵魂——尤其是在《灵魂的激情》(Passions of the Soul)里，笛卡尔“作为一位物理学家”言及“人的整体性质”(第一部分标题)，他从未提及任何与实体有关的学说，并且毫不迟疑地坚称心灵和身体的相互作用。尽管这种大体的区分并非没有一定朴实的道理，但它会使我们远离《沉思录》这部发现现代灵魂学说的经典文本。
我们把《沉思录》的最后十页内容当作线索。在这十页里，笛卡尔提出了这样的问题：人是什么(“我特有的自然是什么”)？在这里，他完全没有提及实体或(灵魂和身体作为)两种实体的学说，而是用意识、有广延的身体、心灵与身体的复合体之间的三重区分替代了两种实体学说。确定无疑的意识通过“自然之光”(the light of nature)得到认识，而有广延的身体则是自然科学的研究对象，这两者都“在理论上”(theoretically)得到认识。但是，笛卡尔把一种“自然的教诲”(teaching of nature)归于心灵与身体的复合体，我们可以把这“自然的教诲”称作“自然的态度”(the natural attitude)，因为它是对前哲学经验想当然的信任。“这里所描述的自然，真真切切地教诲我远离那些会造成痛苦感受的东西，并去追寻那些能唤起我喜悦感受的东西(H-R Ⅰ.193；A-T Ⅸ.66)。②这种教诲并不仅仅是一种享乐主义者的“态度”，但它基于那些对整个复合体自然地和正常地有利或有害的东西：这一复合体的自然是目的论的(teleological)。依照复合体的立场来看，生病不好，并且是自然的一种败坏；而根据自然科学来看，一个有病的身体和一个健康的身体都得服从、并且绝对服从自然法则(laws of nature)。在这里，笛卡尔诉诸我们通常秉持的关于什么是好什么是坏的观点，以一种典型的现代方式来反对“科学的道德中立”。他没有试图为了科学的机械论而牺牲复合体的目的论：这自相矛盾的两个方面都必须以某种方式加以保留。不能用心灵与身体的形而上学二元论来说明科学与复合体的自然经验的对立：只要自然的教诲是前理论的，就不能如此去做。
人的复合体真实的统一是如此根本，因而，不能从笛卡尔对心灵和身体的形而上学分析中重构出它的意义。③
这里提及的自然的教诲，可以称之为自然的实践教诲。它必须被扩展至包括一种自然的“理论”教诲，这种教诲包含两个主要论题：我们心灵中的影像证明物体的存在，而且物体与那些影像是相似的(《沉思录》Ⅲ)。