病毒病是大棚秋延后番茄生产的重要病害。由于番茄幼苗处在7-8月份的高温时节，气候干燥日照强，又遇田间蚜虫量大和露地番茄等作物病毒猖獗，因此若管理不当，定植前就有毁种的可能，严重时棚室发病率达70-80%，减产50%以上。一、症状识别
番茄病毒病主要是由烟草花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)、烟草卷叶病毒(TLCV)、苜蓿花叶病毒(AMV)等侵染引起，其中以烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、烟草卷叶病毒浸种为主。症状表现主要有花叶型、卷叶型、条斑型3种。
1、花叶形：叶片上出现黄绿相间或深浅相间斑点，叶脉透明，叶片略有皱缩的不正常现象，病株较正常植株略矮。
2、卷叶型：叶脉间黄化，叶片边缘向上弯曲，小叶呈球形或扭曲成螺旋状畸形，整个植株萎缩，有时丛生，染病早的，多不能开花结果。
3、条斑型：发生在叶、茎、果上。病斑形状因发生部位不同而异，在叶片上为茶褐色的斑点或云纹；在茎蔓上、果上为黑褐色斑块，变色部分仅处在表层组织，不深入茎、果内部，这种类型的症状往往是由烟草花叶病毒或其他一、二种病毒复合侵染引起，在高温与强光下易发生。二、防治方法
1、合理轮作：实行3年以上菜田轮作，尽量避免与茄科作物连作。
2、选用抗病、耐病品种：番茄病毒病原多，且有株系分化，在田间常常混合发生，大部分品种都只是抗部分病毒病，目前尚无高抗病毒病品种。北方秋延后栽培可选用佳粉2号、10号、矮丰3号等。
3、种子消毒：播种前种子先用清水浸5小时，再用10%磷酸三钠溶液浸20分钟，或先用肥皂水搓洗后，再用0.1%高锰酸钾溶液浸种10-15分钟，然后用清水洗净；或将种子在70℃干热条件下处理2-3天，再进行催芽或直播。
4、清除病苗：出苗后，定期清理苗床，对叶色不正、生长不良、叶片扭曲的幼苗及时拔除；对只有个别叶片发病的病株，及时剪掉病叶。此项工作在定植前要坚持进行3-4次。在清理过程中还要注意手或工具不要触及正常秧苗，避免传染。
5、农事操作应先健株后病株：番茄定植后仍会不断地出现病株，其表现为花叶、小叶、线叶、卷叶、矮化等。农事操作诸如掐尖、绑蔓、打杈、打底叶、采果等，应按先健株后病株的做法，以避免手或工具的传毒。有条件的还可以采用完成一行植株农事活动后，用肥皂水或10%磷酸三钠水溶液洗手及农具。
6、及时防蚜：苗期采用银灰色薄膜或遮阳网覆盖，驱避蚜虫。定植后即沿大棚四周骨架平拉银灰色塑料条，间隔10厘米左右为宜。生产上随时调查棚内蚜虫发生情况，一有发生，及时防治，减少蚜虫传毒机会。
7、栽培防病：适时播种，培育壮苗。定植前蹲苗一周左右，挑选健壮无病苗移植。有机肥要充分腐熟，适当增施磷、钾肥。采取半高垄栽培，适时适量供水。果实挂红时适当早采收，以协调番茄生殖生长与营养生长间的矛盾，增强植株抗病性，达到防病增产的目的。
8、生物防治：⑴弱毒疫苗N14主要用于防治烟草花叶病毒（TMV）侵染引起的病毒病，具有一定的免疫性保护作用。用法：在番茄1-2片真叶分苗时，洗净根部泥土，将根浸入N14的100倍液中30分钟，也可用手蘸取N14的100倍液在子叶上轻轻抹擦一下，进行抹擦接种；还可用7-9根9号缝衣针绑在筷子头上蘸取N14的100倍液轻刺叶片接种；也可将N14用毒水稀释50倍，按4千克/平方米压力，在番茄2-3片真叶时喷雾接种；还可以用N14的100倍液加入0.5克400-600筛目的金刚砂，摇匀后用高压枪喷射接种。⑵卫星病毒S52用于防治黄瓜花叶病毒（CMV）侵染引起的病毒病，其使用方法同弱毒疫苗N14。如果将S52与N14等量混合使用，防治效果更佳。
9、发病初期喷药控制。在发病初期（5-6叶期）开始喷药保护，药剂为3.85%病毒必克WP500倍液进行叶面喷雾，药后隔7天喷1次，连续喷3次，对番茄病毒病的防治疗效可达75-80%；也可用1.5%植病灵800倍液或20%病毒A500倍液喷雾，使用方法同前，对病毒病的防效可达70%左右，还可用5%菌毒清水剂400倍液或高锰酸钾1000倍液，此外喷施增产灵50-100毫克/公斤及1%过磷酸钙做根外追肥，均可提高耐病性。