平菇发菌期是其营养生长的主要阶段，在此期间，栽培种从培养料中吸收养分、水分等物质，不断促发菌丝，积累自身营养，为出菇生长打下基础。
平菇发菌期适宜菌丝生长的料温在26℃左右，最高不超过32℃，最低不低于15℃。若料温长时间高于35℃，便会造成“烧菌”，即菌袋内菌丝因高温而被烧坏。可是，若料温长时间低于15℃，则菌丝生长缓慢，会导致菌丝不能迅速长满菌袋，菌群优势弱，易受到杂菌的污染。平菇发菌期要避光，以散射光为主，因直射光会抑制菌丝生长。平菇发菌湿度要求在60%～70%，若湿度过低，易导致出菇慢、现蕾少，从而影响其产量。平菇发菌期内菌丝的生长需要充足的氧气，应创造良好的通风条件，其中打孔通气就是不错的方法。
下面以秋冬季上市的平菇为例，介绍平菇发菌期的管理技术。
场地选择 为了给平菇发菌创造适宜的环境，建议场地选择要因地制宜。对于在9月进行发菌的，可选择阴凉通风的大棚后面或自家屋后；在10月中旬进行发菌的，宜选择背风向阳处。
场地处理 平菇发菌场地选好后，要对场地进行处理，以防止杂菌污染、害虫危害。对于室外场所，在整平地面后，撒施石灰粉或喷洒石灰浆进行杀菌驱虫；对于室内场所，则可采用熏蒸百速烟剂结合喷施高效氯氰菊酯的方法杀菌驱虫。
菌袋摆放 先铺设4根玉米秸，然后把菌袋横着摆放在其上，待第一层菌袋摆放完毕后，在第一层菌袋上铺设4根玉米秸，按照同样的方法将菌袋摆放好，最后在最上面的菌袋上覆盖两层玉米秸进行遮阳避光。
打孔通气 在无特殊情况下，菌袋摆放完毕后，便可进行打孔通气（若发现菌袋内有害虫，可推迟1～2天打孔，使害虫窒息而亡）。方法：从菌袋一端中央处，平行菌袋的 方 向 进 行 打孔，菌袋一端各打一次即可。
在平菇发菌阶段，翻袋的次数不宜过多，否则会导致菌袋内的培养料松动将通气孔堵塞，造成发菌困难。除非雨水灌袋、料温过高、虫害严重等情况，否则菌袋翻动不宜过勤，发菌期内翻袋1～2次即可。
对于秋冬季上市的平菇，其发菌期为30～40天。在生产中，判断平菇发菌结束、准备现蕾的方法：一是看菌袋内是否出现“黄水”，此为平菇生理成熟的标志，即开始由营养生长向生殖生长转化。二是当看到整个菌袋通体雪白，无杂色，料袋紧实，用手轻拍能听到清脆响声，即可判断发菌完毕。