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本条目以《火影忍者》漫画版为准，不记载动画原创剧情（除被列入正史的剧场版10《火影忍者剧场版 THE LAST》与11《火影忍者剧场版：慕留人》）。关于续作漫画《BORUTO》的剧情，详见条目“BORUTO/剧情”。以下内容含有剧透成分，可能影响观赏作品兴趣，请酌情阅读“只要有树叶飞舞的地方，就会有火在燃烧。火的影子照耀着村子，并且让新的树叶发芽。”本条目的内容，按照《火影忍者》的时间先后顺序叙述，可以根据想看的部分在目录进行跳转。
【上古时期】到【同期毕业生】为原作正篇开始前发生的故事。（该部分涉及到的剧透内容较多，请谨慎选择是否观看）【第七班结成】到【佐助夺还篇】为原作第一部分的故事，【三年间的事件】则是补充第一部时间点至第二部时间点之间发生的事件。【鸣人归乡】到【鸣人与佐助】，以及【结局】为原作第二部分的故事，直至原作完结。【最后的物语】和【新中忍考试】分别为剧场版10和剧场版11的剧情，与原作故事线有联系。【七代目火影与绯色的花月】为原作漫画追加的10话外传漫画，讲述的原作结局和【新中忍考试】之间发生的故事。目录1 上古时期1.1 一切的开始1.2 大筒木辉夜降临1.3 堕落女神1.4 六道仙人1.5 忍宗首领之争1.6 家族战争1.7 共同的理想1.8 建立木叶与世界和平2 五国共治忍界2.1 五大隐村2.2 被篡改的六道仙人箴言2.3 宿命之战2.4 斑的阴谋2.5 第一次忍界大战2.6 休战时期2.7 三忍登场3 第二次忍界大战3.1 战争孤儿3.2 其他事件3.3 三忍的选择3.4 波风水门与玖辛奈3.5 鬼人诞生4 第三次忍界大战4.1 人物事件4.2 神无毗桥之战 少年们的战场4.3 身处于地狱4.4 第三次忍界大战的战后影响4.5 迷失自我的孤儿4.6 幸存的实验体4.7 三代风影之死4.8 晓组织4.9 九尾之乱4.9.1 父母双亡5 宇智波政变5.1 宇智波的天才5.2 灭族之夜6 同期毕业生6.1 被封印九尾妖狐的孩子6.2 白与再不斩6.3 辉夜一族的覆灭6.4 人形兵器我爱罗6.5 日向家的天才6.6 鸣人与佐助的羁绊6.7 雏田与鸣人的邂逅6.8 晓组织相关7 第七班结成7.1 伊鲁卡的认同7.2 分班7.3 波之国任务8 木叶摧毁之战8.1 中忍考试8.2 笔试8.3 死亡森林8.4 中忍考试第二场8.5 各自的时间8.6 第三场考试8.7 各自的战场9 五代火影9.1 朝雾归乡9.2 三忍之战10 佐助夺还篇10.1 音的诱惑10.2 音忍五人众10.3 终结之谷11 三年间的事件12 鸣人归乡12.1 修行归来12.2 风影夺还12.3 两位傀儡师13 久违重逢13.1 天地桥的战斗13.2 三年后的相遇14 不死的破坏者14.1 阿斯玛之死14.2 鹿丸的复仇14.3 三尾出现15 追捕宇智波鼬15.1 蛇小队结成15.2 佐助VS迪达拉15.3 师父的预言与复仇15.4 兄弟对决15.5 鼬的真相15.6 捕捉八尾行动16 佩恩入侵16.1 自来也的暗号16.2 让世界感受痛楚16.3 九尾暴走16.4 两位救世主17 五影会谈17.1 大会前夕17.2 五影大会17.3 无尾尾兽17.4 佐助VS团藏17.5 第七班再度集结18 第四次忍界大战前篇 联军VS秽土转生18.1 龟岛试炼18.2 鬼鲛&小南之死18.3 联军集结18.4 大战始动19 第四次忍界大战中篇 夜晚的战场19.1 再遇故人19.2 「斑」降临战场19.3 尾兽和解19.4 「鹰」再次行动19.5 兄弟联手19.6 面具之下20 第四次忍界大战后篇 十尾降临20.1 统一战场20.2 知晓一切之人20.3 十尾人柱力20.4 斑的脉动20.5 赤红猛兽20.6 无限月读20.7 辉夜复苏20.8 封印辉夜21 鸣人与佐助21.1 离别之时21.2 最后之战21.3 和解之印21.4 第四次忍界大战结束22 最后的物语23 结局（原作完结）24 七代目火影与绯色的花月24.1 写轮眼的少年24.2 父女重逢24.3 纽带的形式25 新中忍考试25.1 异空间的战斗25.2 新中忍考试25.3 桃式来袭上古时期一切的开始大筒木一族会在其他星球上种植神树，日后再来采收果实，目的不明。
在地球，虽然人类从来没有停止过战争，但从来不敢把战火波及到「神树」，因为它被作为神柱受到人们的崇拜。直到有一天，神树上结出了一颗果实。
大筒木辉夜降临大筒木辉夜从远方来到地球取神树果实所有查克拉的根源。她吃下「查克拉之果」得到神之力，开出第三只眼「轮回写轮眼」仅凭一人就平定了战乱。她支配着整个世界，被世人称为「卯之女神」。
大筒木辉夜平息乱世之后，用个人之力管束着世界。辉夜因为受到「大家的祝福」生下一对天生就有查克拉辉夜分的查克拉，辉夜堪称是火影世界的创世之神的双胞胎：长子大筒木羽衣和次子大筒木羽村。
大筒木羽衣：继承了辉夜的仙人体和「轮回眼」。大筒木羽村：继承了辉夜的「白眼」。堕落女神羽衣和羽村认为「查克拉集中于一人，并加以放大」是绝对不可以的，所以把查克拉分给世人；但辉夜认为查克拉不仅代表着力量也代表着权力，只能为自己所有。
于是发动「无限月读」，不仅将世人带入幻术之中，还直接把人类的肉体与神树的根相连，利用活人的力量。因为人类的查克拉源于神树，所以神树差点结出新的果实。这些人类逐渐变化成为辉夜的士兵「白绝」。
辉夜遭到羽衣和羽村的反对，想要推翻母亲的统治，但功力又不敌辉夜。这时居住在妙木山的「大蛤蟆仙人」出现，教会了羽衣仙术。
辉夜的魔爪伸到自己的两个孩子，为了夺回全部的查克拉，辉夜与神树融为一体，化身成「十尾」与自己的孩子战斗。羽衣和羽村发动「六道·地爆天星」制造出月亮并将十尾的本体躯壳「外道魔像」和辉夜封印在其中。但在被封印之前，辉夜用意志创造了「黑绝」，计划透过黑绝让自己复活。
羽衣将十尾的查克拉封印在自己体内，让自己成为十尾「人柱力」。
六道仙人羽衣和羽村平定乱事之后。羽村带着大筒木一族去月球，看守「外道魔像」。羽衣则留在地球创立了忍宗，被世人尊称为「忍者之神」「忍者始祖」「六道仙人」。
羽衣阳寿将尽，所以他打算将忍宗的力量和意志托付给长子因陀罗和次子阿修罗。
因陀罗：继承强大的查克拉基因，出生以来就有强大的瞳力（写轮眼）和战斗力。不管多么艰难的事情他都可以靠自己来完成，认为只有力量才能将一切的事物化为可能认为实现和平需要力量。第一个利用查克拉来战斗的人类。阿修罗：没有继承强大的查克拉基因，但是有强大的生命力和身体能量的仙人体（可以使用仙术）。他一个人什么事都做不好，只有在自己的努力与他人的帮助下逐渐变强，才拥有与因陀罗匹敌的实力。认为想要和平离不开爱。忍宗首领之争临终前把体内的十尾抽出，因为十尾的查克拉过于庞大，所以羽衣用阴阳遁术将十尾的查克拉分成九只被赋予名字的尾兽，分散到各地。
人柱力大都会被全村人歧视，没什么人缘。因为一般人认为人柱力是怪物，而且情绪不稳定。人柱力只要受到刺激就有可能化身成为尾兽，再度让村子陷入危机。
一尾：守鹤二尾：又旅三尾：矶抚四尾：孙悟空五尾：穆王六尾：犀犬七尾：重明八尾：牛鬼九尾：九喇嘛（认为尾兽的实力是按尾巴数量排名的，所以守鹤和九喇嘛的关系最不合）羽衣还在一块石碑上（就是后来在木叶南贺神社的地下室的石碑），记载生前的历史，内容必须按照「写轮眼 - 万花筒写轮眼 - 轮回眼」的顺叙阅读。后来黑绝把一些内容修改成：神树因被夺取查克拉而暴走。
羽衣还留下了六道忍具：幌金绳、七星剑、红葫芦、芭蕉扇、琥珀净瓶。
抽出尾兽处于濒死状态的羽衣在阿修罗的生存方式上面，看到了和平的可能性。羽衣认为与同伴间的相互信任与协助，才是真正的力量之源。因此，羽衣钦定阿修罗为忍宗的继承者，让他引领世人，并且希望因陀罗能够辅佐弟弟。
但是因陀罗拒绝这样的安排，在黑绝的挑唆下与弟弟阿修罗进行了漫长的决战。因陀罗宣誓自己的灵魂永远都不会消灭，一直都不会承认阿修罗，导致自己的后裔宇智波一族与千手一族的持续战乱。
因陀罗和阿修罗死亡，身体都被摧毁了，但他们的查克拉并没有消失，而是成为没有前世记忆的转世者灵魂是独立的，只是有其查克拉。
大筒木辉夜
羽衣和羽村
家族战争宇智波一族：因陀罗的后裔。拥有瞳术「写轮眼」。千手一族：阿修罗的后裔。拥有强大的生命力和身体能量。漩涡一族：阿修罗的后裔，千手一族的远房血亲。擅长使用封印术，生命力顽强和超庞大的查克拉量。金银兄弟的家族：据说是羽衣的后裔，可以轻松使用原本需要庞大查克拉才能使用的六道仙人宝具。云隐曾经一度想要捕捉九尾，结果金银兄弟被九尾吞噬。受困期间他们吃下九尾的查克拉肉，拥有了九尾查克拉，甚至有九尾化的能力。后来云隐有人仿效他们吃下八尾的触角，结果非但没有成为人柱力，反而直接死了。从地球移居到月球的大筒木一族：羽村的后裔，继承「转生眼」。羽村死后，他的子孙因为对先祖的遗言解释不同，而分为两派。分家为获取转生眼灭亡了宗家。大筒木舍人就是分家最后的后代。日向一族：羽村的后裔，继承「白眼」。它们分宗家和分家，宗家世世代代继承着血继限界白眼，为了能很好的维持住白眼，分家需舍命维护宗家，并且分家从小头上就要被施以咒印。辉夜一族（又译：竹取一族）：拥有操纵骨头能力血继限界的能力「尸骨脉」。原作没有明说是谁的后裔，但根据其造型和忍术特点，以及公式书《阵之书》的内容（《阵之书》中【残留在各地，大筒木辉夜片鳞半爪】的专栏中，提到了君麻吕的外貌特征和使用骨头战斗，暗示了辉夜一族与辉夜的关系），一般被认为是大筒木辉夜后裔的一支。各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有30岁左右，因为连小孩子也要上战场拼命。
千手一族与宇智波一族打了上百年，直到族中出现因陀罗和阿修罗的转世者。
宇智波斑：因陀罗转世者。有四个兄弟战死。千手柱间：阿修罗转世者。有两个兄弟战死。共同的理想宇智波斑与千手柱间偶然相遇。两个并未透露出自己姓氏的少年，通过一次简单的对话，了解到双方都有同样的理想：和平。但是双方对「和平」有不同的理解，他们经常站在河的对岸，通过打水漂的方式交换着自己的想法。
宇智波斑认为要有实力才能达成「和平」：需要坚持自己的意志和足够的力量，否则一切都行不通。因此，两人开始每日互相切磋技艺。千手柱间认为用博爱来引导世界，达成「和平」：用签署协议和设立同盟的方法来结束战争。因此，提出要建立一个村落来保护孩子们，并建立一个学校让孩子们训练、完成任务、设定等级，从而让孩子们远离战争，斑觉得这样可以更好的保护自己的弟弟。他们的羁绊随着时间的流逝不断加深。这一情况终究被双方的父亲发现，要求他们从对方身上获取族群的情报；但两人都不愿意执行这样的任务，各自在石头刻上字，隔着河互打水漂暗示撤离。
但是埋伏在一旁的宇智波田岛、千手佛间、宇智波泉奈、千手扉间不肯罢手，在几乎同一时间向对手发起了进攻。
斑与柱间不得不走向对立面，斑也因为斩断和柱间的羁绊，双眼开启了单勾玉写轮眼。
从那以后，两人日复一日年复一年不停地在战斗，后来都成为各自族群的首领。泉奈和扉间也各自辅佐着自己的哥哥。
在一次战斗中，扉间用飞雷神斩重伤了泉奈。随后泉奈把双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，不久之后便不治身亡，而斑也因此意外地开启了永恒的万花筒写轮眼。
建立木叶与世界和平后来，宇智波一族不敌千手一族，千手柱间提出两大族群就此停手，共同建立隐村（又译“忍者村”）以换取和平的想法，但身负仇恨的斑却始终不肯停战。宇智波斑要求要么千手柱间自杀，要么杀死千手扉间，才能相信他们。
千手柱间毅然选择自杀，并告诫其弟要以维护和平为大任。斑被柱间感动，阻止了柱间。
两大族群终于签订了协议，一起创立「木叶隐村」，隶属于「火之国」。千手柱间因受到广泛的支持，担任了木叶隐村的初代火影。
这一联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的平等模式，组建各自的忍者组织，随之战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平。斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
千手柱间
宇智波斑
千手扉间
五国共治忍界五大隐村忍者和隐村（又译“忍者村”）是一个国家军事力量的象征。隐村是忍者聚集的地方，有忍术学院和类似部队编制的忍者，接受各种委托任务，类似雇佣兵的性质。
隐村在国家中有很高的地位，甚至和政府对等。而五个最有力量的隐村：木叶隐村、雾隐村、云隐村、砂隐村、岩隐村分属的国家被称为「忍者五大国」。他们的头领可以被称为「影」，是众多忍者中的最高等级。
涡之国公主漩涡水户嫁予千手柱间为妻。
为解决讨论尾兽分配问题，柱间邀请各国四影参与史上前所未有的「第一次五影大会」，期间由弟弟扉间担任柱间的护卫。柱间眼见和平有望因激动在会谈上姿态放得太低，甚至提出免费分配尾兽；但后来还是听从弟弟扉间以金钱换尾兽的提议，将九个尾兽平均分配给五大国。
因此，使五影缔结了忍界第一份和平协议，在这片土地上第一次实现了全面和平。
被篡改的六道仙人箴言斑认为千手柱间死后，其弟千手扉间一定定会继承火影大位，宇智波一族迟早是兔死狗烹的下场。
有一天，宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其内容令斑为之震惊：只有「无限月读」才是拯救宇智波一族的真正出路。
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧。因此，崇尚力量的斑没有得到木叶的人认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。
虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做二代火影，但斑坚持离开木叶独自修行，寻求出路。
土之国岩隐村曾派遣无（后成为二代土影）和大野木（后成为三代土影）前去与木叶商议同盟一事，但却遭到了斑的阻拦，无和大野木也被斑打伤。
某日，作为泷隐村中精英的角都，接受了高层派下来的任务，任务内容是暗杀初代火影。角都到了木叶后便跟初代火影战斗，没想到却败于初代火影千手柱间的木遁秘术之下，曾遭到丧命危机，但最终总算返回村子，回去之后等待他的却是任务失败的罪名和重罚。于是角都便怀着非常强烈的仇恨逃狱，并拿走了被村子视为珍宝的秘术，取走村子当中所有高层人士的心脏，那个禁术就是角都所用的地怨虞。
宿命之战若干年后，斑突然回来企图摧毁自己曾经与柱间一起建立的村子，柱间为了保护村子挺身而出与斑展开激烈的对战。斑利用写轮眼操纵九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
木叶为了纪念此次大战为二人建造了耸立在终结之谷两岸的雕像。
柱间得到了控制的力量。漩涡水户为了更好的帮助他，把九尾封印在自己的体内，成第一任九尾人柱力。
斑的阴谋终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术「伊邪那岐」封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后才自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑也因此死里逃生。
他在之前与柱间一战时咬下了柱间的一块肉，后来他将肉吐了出来，并移植于伤口处，从而顺利获得了柱间的细胞。
时间流逝，直到将死的时候才意外开启了轮回眼。目睹了宇智波一族的石碑记录的最后内容，于是一场针对整个世界的阴谋就这样拉开了帷幕。
在备战期，斑通灵出「外道魔像」和白绝。利用白绝收集情报。
第一次忍界大战兄长柱间逝去不久，其弟扉间继而成为新任火影。为解决外忧内患，设立直属火影的「暗部」巩固领导核心的权威。因为宇智波一族逐渐显露出对于千手独霸木叶的不满，企图瓦解千手一族独霸木叶的局面。扉间为了避免祸起萧墙、同时又不能对宇智波赶尽杀绝，便成立「木叶警务部队」，主要职务均由宇智波族人担任（既是表达对宇智波的信任，同时也可以观测宇智波的一举一动）。自此之后，宇智波族在木叶的名望、权力达到顶峰。为了保障意志的传承，扉间还建立了「木叶隐学校」。扉间的以上做法也被其他各国各村争相效仿，对忍界产生了深远的影响。
在雷影与火影的结盟仪式上，有着六道忍具的力量和九尾查克拉的金角银角突然掀起政变，集结部队谋杀雷影和火影。扉间带领部下猿飞日斩、水户门炎、转寝小春、志村团藏、秋道取风、宇智波镜突出重围，金角银角乘胜追击，队员们商量需要让其中一个人担当诱饵来引诱敌军，以保证其他队友能够有时间顺利逃脱。扉间为选择正确的继承人而暗中考验着部下。团藏虽然抱持着想要自告奋勇担当诱饵的心念，但在关键时刻却因胆怯而没有说出。此时日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵，但二代火影为了木叶隐村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前对日斩的行为表示赞许，并授命日斩成为下一代的火影团藏肠子都悔青了。金银兄弟从此因弑杀雷影与火影的罪名而成为忍界的重罪犯。
时期相近，二代土影无与二代水影鬼灯幻月也在一场战争中同归于尽。无死后，其弟子大野木继承了土影的名号。
在二代风影时代开始，沙门致力于尾兽军事化的研究，他将自古封印在砂隐村寺院里的一尾封印到刚出生的分福身体里当做兵器使用。从那以后，因为人柱力的身份，分福就一直被监禁着，直到老去。作为守鹤的人柱力，他是第一个得到了守鹤认可的人类，告诉守鹤迟早会有人能打开他的心。
休战时期水户门炎、转寝小春成为木叶的高层顾问，宇智波镜25岁时英年早逝，原因不明（后代为宇智波止水）。
猿飞日斩提出的方案大多纳入忍术学校的课程中，并努力扩建忍者学校及完善教育体制。
团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织「根」，并以首领的身份在暗处活跃着。暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法。曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
在山椒鱼半藏出生的村子，有一只剧毒的黑山椒鱼，山椒鱼死后，毒囊就被植入了幼年的半藏体内，因此半藏对毒也有了抗性。每当他呼吸时，周围的人就会吸入毒气，因此，周围的人都对幼年的半藏心存畏惧。为了不影响他人，半藏被迫戴上了面罩，并改用嘴呼吸。
武士之国·铁之国的大将三船为了掩护同伴撤离而与雨隐村的首领半藏交手，被半藏的锁链镰刀二段攻击击败，三船的刀被击破，头上也留下了伤痕。可是在与半藏交谈的过程中半藏却了解了三船的「信念」，半藏说：「人结束的时候并不是要死的时候，而是信念丧失殆尽的时候。」而三船正有这个信念，所以半藏认可了没有选择逃走而留下奋战的三船，并给了三船解毒药。之后三船开始卧薪尝胆，贯彻自己的信念修行。
猿飞日斩
志村团藏
三忍登场自来也：自幼拜三代火影为师。冲动无谋，天资平平，所以有时三代对他也十分头痛。绑在木柱上对三代说自己会「透遁」，没有女人会发现自己在偷看，并邀请三代一起（三代同意了）但自来也另辟蹊径，在阴差阳错地穿越到妙木山后，自来也拜见了大蛤蟆仙人，从此开始在妙木山修行，通过自己坚持不懈的努力，自来也学会了一系列极强的忍术，其中包括仙术。大蛇丸：自幼父母双亡，六岁毕业于忍者学校后，成为猿飞日斩班的成员。他被猿飞日斩评为「才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才」。因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本身善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究忍术，所以便开始研究不老不死之术以及复活亡者的术。纲手：初代火影千手柱间的孙女。在老师猿飞日斩安排的生存测试中，跟大蛇丸一起取得了老师手中的两个铃铛。她有一个疼爱的弟弟绳树，绳树的志愿是当上火影。纲手为了鼓励他，特别在他生日之时，把家传的属于初代火影的项链送给绳树。纲手
自来也
第二次忍界大战战后约20年，国家间的经济差距加大，以加大公平的特权为由，各国的武斗派势力抬头。推行以武力来扩大领土，第二次忍界大战开始。雨隐村沦为五大国主战场，战乱不断。
自来也和大蛇丸、纲手共同执行任务，形成了深厚的友谊。
在日后去雨隐村之前自来也和纲手说尽了心中事，他临行前本欲向纲手表白死亡flag：「在我回来之后……」但是他还是把这话咽回了肚子里，并哈哈大笑，说自己是在开玩笑。
斑为了实现自己的计划，将轮回眼移植于拥有仙人之体的漩涡一族后裔年幼的长门身上，希望能有朝一日能以「轮回天生之术」将自己复活。
战争孤儿在作为主战场的雨隐村，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母为敌方的忍者遂将其父母杀死。受惊的长门无意识地使用轮回眼将入侵者击毙。失去了双亲的长门从此过着流浪的日子，后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个基地里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。
一天三人走在路上险些被天上落下绑有引爆符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐村的首领半藏正与三位年轻的木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。虽然自来也、大蛇丸和纲手战败但仍坚持到最后，半藏非常赏识他们，称他们为「木叶三忍」。
回去之后，长门、弥彦和小南为了得到力量使自己变强，能改变这个常期战乱不断的国家，决定跟之前与半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途。
三人终于邂逅了木叶三忍，后来自来也决定留下照顾战后孤儿，权当作对这个饱受战火的国家的补偿，在某日发现长门拥有传说中的瞳术“轮回眼”后，决定教导三人忍术，并引导长门控制这股力量，在了解长门保护同伴的心愿后，自来也认为长门就是能为世界带来和平的救世主“预言之子”。三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
其他事件纲手的弟弟绳树误入陷阱被起爆符炸死，尸体被发现时内脏被掏空。
千代以卓越的医疗忍术、傀儡术、体术让其他国忍者震撼，但制的毒都被纲手破解。后来蝎的父母被木叶白牙旗木朔茂所杀，千代为了转移孙子蝎失去双亲的痛苦和悲伤，将傀儡术传授给了蝎。幼小的蝎曾做出和父母般傀儡来拥抱自己，而「父」与「母」的傀儡就是他所做的第一对傀儡，后来蝎成为了砂隐村赫赫有名的天才傀儡造型师，并在这个过程中逐渐意识到傀儡的极限，为今后制作人傀儡、改造身体埋下伏笔。
在某次上忍会议上，纲手建议在任务小队中编入医疗忍者，并提出建立医疗忍者的培养机制。这一提案虽然没有当场通过，却得到了加藤断的支持。她认识了自己的初恋加藤断。
上前线的前一天，断告诉纲手自己的愿望是成为在火影，纲手将祖传的项链送给断。不料战争中断身受重伤，即使是三忍之一的纲手也无力回天，最终身亡。纲手因此患上了恐血症，偏激地认为只有笨蛋才会想去当火影。他的侄女静音后来成为纲手的弟子。
在执行某个极密任务中，作为队长潜入敌方阵地的旗木朔茂，被迫做出进退两难的决定：执行任务还是救同伴。根据规定，严禁放弃任务，而他却为了救同伴的命而终止了任务，村里的同伴因村子遭受损失而怪罪于他，甚至连他救出的同伴都开始中伤他。旗木朔茂身心每况愈下，最终不得不自我了结。因为他的死亡令年幼的卡卡西变得严守规则，以任务优先。
玖辛奈不幸目睹了涡之国的灭亡，可以说玖辛奈也是一名战争孤儿，所以她很清楚失去国家与家庭的痛苦，并渴望和平、安定的生活。
三忍的选择第二次忍界大战结束的若干年后[1]，纲手没有再留在木叶，而是带着断的侄女静音四处漂泊，也把一身的医疗忍术传授给静音。她不断以赌博打发时间，除非有不如意之事发生而使她胜出，否则她每次都会大输一场，被赌界视为「传说中的大肥羊」。
大蛇丸则留在木叶，并与团藏达成了合作关系，暗地里进行着各种禁忌实验。自来也则会时不时的外出游历，寻找传说中的“预言之子”。
长门
小南
弥彦
初始的“晓”组织
六道佩恩
波风水门
波风水门与玖辛奈自来也在木叶培养了自己的学生波风水门。后来大蛇丸背叛并离开村落，自来也曾阻止而未成功；但他一直期盼大蛇丸能回头是岸，所以离开木叶隐村，进行了长年对大蛇丸的追踪。
自来也以自己的书作《亲热天堂》系列搜材作借口而四处偷窥。但他写书及年轻时四处游历的原因，是因为在妙木山修行时大蛤蟆仙人的预言，要他了解世界万象及成为智者。
在水户天命将至时，木叶方面发现玖辛奈拥有能压制尾兽的查克拉，所以被带到木叶成为第二任九尾人柱力。
玖辛奈明明不愿意，却又不得不接受这个残酷的现实。在玖辛奈最无助的时候，水户微笑地开导她，最终她们被带来此地，成为九尾的容器。因为人柱力的更替只有木叶的领导层知晓（三忍都不知道），所以玖辛奈在木叶没有遭到村民的集体歧视与排斥。
当玖辛奈初到忍者学校与同学们见面的时候，她遇到了水门。在她看来，他是一个既无法让人信赖，又很女性的人。当同学们问起玖辛奈将来的梦想时，她不想被人看扁，并想给同学们留下深刻印象，便吼出「我要成为第一位女火影！」宣言。而水门发言时，则希望村子所有人能够认同他，并成为一个伟大的火影。
于是男生们纷纷开始捉弄玖辛奈，本来玖辛奈自己也忍了，但男生们依然不依不饶，气得她有一次尾随这些男生然后把他们一个个都揍成了西红柿，得到「血红辣椒」的称号。
雷之国云隐村觊觎玖辛奈的查克拉，所以从忍者学校毕业后便将她绑架。她一路上趁押送的云忍不注意，不时偷偷拔下自己的头发扔在路上做标记。木叶方面立即派出了追兵寻找，但一无所获。在当临近国境线，她开始绝望的时候，只有水门一人发现了标记并顺着标记追来。
水门抱着玖辛奈，微笑地看着她，夸奖她的头发很漂亮。原来水门一开始就很喜欢玖辛奈的红头发，所以对其印象非常深刻，也正因为如此他才能顺利地找到玖辛奈。玖辛奈原本最讨厌的红头发最后成为了她命运中的因缘红线，带领她找到了自己的灵魂伴侣，并将二人牢牢地绑在了一起。从此玖辛奈开始喜欢上自己的红头发，更重要的是她爱上了水门。
某次木叶与岩隐村的交战中，自来也与水门所在的小队遭遇了岩隐村的两位人柱力——老紫和汉的袭击，面对强大的尾兽之力自来也不得不下令撤退，也给水门留下了深刻的印象。他以尾兽们使用的尾兽玉为灵感，开始与自来也一起开发能与之对抗的新忍术，也是为了让身为九尾人柱力的玖辛奈能够掌握这种术来利用自身的查克拉进行战斗。由于战争年代，人柱力不知何时可能就会被派上战场，所以水门希望自己的新忍术能够保护玖辛奈，后来玖辛奈为这个忍术起名为“螺旋丸”。
鬼人诞生时间为第四次忍界大战22年前，雾隐村有个让其他村子感到恐怖的恶习，那就是忍者学校的毕业考试，内容是让所有考生互相残杀，考试结束活下来的人即可成为忍者（五代水影照美冥也经历过这个考试），但直到有一年，因为一个学生将参加考试的所有学生全部杀死了，这个制度才做出变更，那个人正是后来被称为雾隐“鬼人”的桃地再不斩。
第三次忍界大战十多年前，忍者五大国的统治开始动摇。各国国境附近的小国与忍者村卷入的纷争持续不断。
人物事件迈特·戴：迈特·凯的父亲，不会使用忍术和幻术，被称为万年下忍，但靠着不懈努力掌握了禁术“八门遁甲之阵”并授予迈特·凯。在一次任务中，年少的迈特·凯、不知火弦间、惠比寿被当时的忍刀七人众所包围，迈特·戴前来救援，开启死门壮烈牺牲。艾与奇拉比：当时还未成为雷影的艾与八尾人柱力奇拉比组成的AB组合，在第三次忍界大战中曾与木叶上忍波风水门交战，在战斗中水门对奇拉比的实力大加赞赏，并且看穿了比所拥有的“珍贵之物”，以此对艾进行开导，但艾并没有理解水门所说之话的含义，战斗以双方平手结束。三代雷影：在战争中为了让同伴脱身，以一己之力对抗岩隐村的万名忍者，奋战三天三夜，最终力竭而亡。神无毗桥之战 少年们的战场第三次忍界大战期间，就在各国的国境发生冲突的时候，岩隐村的大军突破草隐村，抵达火之国的国境附近，木叶村也派出精锐部队迎击，但还是遭到有人数优势的岩隐村猛攻。而为了阻挡岩隐村的攻势，木叶高层派遣波风水门所在的班级去破坏岩隐村重要的补给路线「神无毗桥」。
在波风水门领导的小队水门班中，宇智波带土、旗木卡卡西、野原琳是队员，带土暗恋着琳，而琳对卡卡西有仰慕之情。旗木卡卡西被誉为天才忍者，出身名门的带土却资质平平，因性格使然，冷静理智的卡卡西和热血冲动的带土经常斗嘴。但内心中，两人却有着割不断的羁绊与深厚的友情。
波风水门：精通时空间忍术的天才上忍，在忍界有着“黄色闪光”的称号，实力强大，在第三次忍界大战中岩隐村的上级曾如此告诫过部下们：“如果遇到木叶的黄色闪光就要赶快逃走”。旗木卡卡西：年少有为的天才忍者，年纪轻轻就已经是上忍。人称“木叶白牙”的旗木朔茂的儿子，亲眼目睹为了其父含恨而终，而也是从此后，卡卡西变得冷漠，并且坚持认为，身为忍者要遵守规则，不能被感情所牵绊，有时候为了完成任务，同伴的牺牲也无法避免。宇智波带土：被称为宇智波一族的吊车尾。总是戴着护目镜，平常喜欢帮助村里的老人所以经常会因此迟到，虽然比较胆小和鲁莽，但个性热血、开朗、善良、重感情，对同伴很重视。野原琳：性格温和、细心、善良的女忍者，小队里的医疗忍者。出身普通，带土的暗恋对象，虽然如同龄的小女生一般仰慕着帅气优秀的卡卡西，同时也非常重视吊车尾的带土，也是团队里的润滑剂。然而在初战卡卡西和带土就闹的相当不快，水门向众人强调团队合作的重要性。当晚带土找到水门谈心，并从水门那里了解到了关于卡卡西的父亲旗木朔茂的事情，他认为当年中断任务毅然决然拯救伙伴的旗木朔茂做了正确的选择，只有重视伙伴才是真正的忍者。
任务过程中水门由于要去支援其他战场而与卡卡西等人分开，之后琳被岩忍火光万恶之源和大石掳去，带土要求卡卡西一同放弃任务，先救伙伴。卡卡西毅然决定先执行任务，后解救琳，并且还说感情这种东西只是执行任务的绊脚石。而波风水门及时赶到了正面战场，协助陷入劣势的木叶方，以一己之力扭转了战局。
面对卡卡西的这种冷漠，带土非常气愤但又无可奈何，决定违背命令和卡卡西分道扬镳，临走前他对卡卡西说：「我认为木叶白牙才是真正的英雄！」、「违反忍者规定的人，我们称之为废物。可是，不懂得重视同伴的人，连废物都不如！」，带土的一席话使得卡卡西回想起自己的父亲，也顿悟了同伴的重要。
而带土在前往敌阵时一时疏忽发出了声响被敌方发现，大石前来向带土发起攻击，关键时刻卡卡西返回支援带土，并为救带土而伤到左眼，带土因此开启了写轮眼将大石击杀。随后两人联手击败了火光，在他们成功救回琳返回的过程中带土为了救卡卡西而被火光的土遁引起的洞穴坍塌的巨石砸中，受到濒死重伤，众人无力推开巨石。临终前带土让小琳用医疗术将自己的左边完好的写轮眼，连眼轴一起移植到卡卡西受伤的左眼处，作为送给卡卡西晋升上忍的“礼物”，并对卡卡西说：他希望自己能成为卡卡西的左眼，帮助他看清未来。
随后带土被坍塌的巨石掩埋，获得了写轮眼的卡卡西奋力与火光和赶来的岩忍交战，琳也从卡卡西口中得知了带土对自己的感情。后来波风水门赶来，救下了卡卡西和琳，但带土却下落不明。卡卡西每每迟到几个小时的理由也是因为去慰灵碑前看望带土
身处于地狱而被压在石头下的带土并未死亡，因为带土正好处于宇智波斑挖的隧道附近，所以被斑用柱间细胞为他填补了被压毁的右半边身体。斑在救治带土的同时，在带土心脏内留下了符咒。接下来的一段时间，带土一直进行艰苦的康复训练，终于将新身体运用自如。虽然无法离开地下，但带土从来没有放弃回到木叶的愿望。
一日，带土从白绝处得知琳和卡卡西遭遇雾忍袭击，有生命危险，便决定前去救援，在一只漩涡脸白绝的帮助下终于得以离开，斑并未阻拦，并认为带土一定会回到这里来。抵达目的地时，带土却亲眼目睹了卡卡西用雷切了贯穿琳的胸膛。在震惊和悲伤之下，二人的写轮眼同时开启万花筒写轮眼，随后卡卡西昏迷过去。悲愤中的带土随即大开杀戒，并领悟木遁，将在场雾隐暗部屠杀殆尽。
但其实一切都是斑安排的。琳被斑在心脏上设下符咒而无法自我了断，又被做成用于袭击木叶的三尾人柱力，因此为了不让三尾回到木叶暴走而自己冲向卡卡西的雷切。斑的目的是让带土亲眼看见同伴互相残杀从而走向黑暗为其利用。
带土回到斑身边，认可了斑的思想。斑也将「月之眼计划」告知带土：利用十尾的查克拉对整个世界发动巨型幻术无限月读，控制全人类，创造一个没有战争、永远和平的理想社会，琳也会因此复活。
斑将阴阳遁、六道之术等传授给带土，还将自己的意志注入白绝形成「黑绝」来辅助带土但黑绝并非斑的意志产物，而是大筒木辉夜的意志产物，并让带土继承斑之名号，随即脱离外道魔像，衰竭而死，而带土也戴上了用作伪装的面具（后文部分内容以“面具男”代称），开始以“阿飞”和“宇智波斑”这两个虚假身份开始在忍界行动。
第三次忍界大战的战后影响宇智波带土下落不明，被木叶方面认定为战死，其名字被雕刻在祭奠牺牲忍者的慰灵碑上。获得带土写轮眼的卡卡西则以“写轮眼卡卡西”之名威震忍界，屡建奇功。宇智波一族现任族长宇智波富岳的长子——时年4岁的宇智波鼬在战场上见识到战争的惨烈，为今后的精神成长埋下伏笔。三代雷影战死后，艾成为四代雷影，为了保护奇拉比而对其下达禁足令，不允许比离开村子。波风水门在第三次忍界大战中为木叶立下显赫功劳，是其日后当选四代火影的契机。迷失自我的孤儿药师兜是一名父母、出身不明的战乱孤儿，被前“根”组织成员，在第三次忍界大战后，被就任木叶孤儿院院长的药师野乃宇收养。药师野乃宇为兜起了名字，并将自己的眼镜送给了兜，对于兜来说，药师野乃宇就像是自己的母亲一样重要的存在。之后学会了医疗忍术的兜在为木叶忍者疗伤时其才能被大蛇丸和团藏看中，团藏向药师野乃宇要挟，需要一名孩童来执行侦察岩隐忍者的长期任务，兜为了孤儿院，挺身而出被团藏纳入麾下，作为木叶的间谍长年游历各国伪装成他国忍者搜集情报。与此同时，团藏通过虚假的照片让通过照片确认兜的安危的野乃宇对兜的容貌认知产生了错误，而团藏也为了除掉掌握了大量情报和兜和野乃宇，若干年后告知野乃宇潜入岩隐杀死某个人就答应解放兜，那个目标正是真正的兜，兜在遭到攻击后反击重伤了野乃宇，发现偷袭自己的人是野乃宇后赶紧为她治疗，但野乃宇却认不出兜了，最后因伤重而亡。在大蛇丸告知了兜一切真相后，兜对于自己是谁这点再次陷入迷茫，为了了解自己究竟是谁，兜加入了大蛇丸麾下，成为了大蛇丸的心腹，继续以间谍的身份游走忍界收集情报。
幸存的实验体为了有控制住九尾的手段，木叶方面曾经开展过对于柱间细胞的研究，而参与的移植者却均无法承受柱间细胞而死，猿飞日斩不得不中止这项实验。而团藏和大蛇丸却暗中继续着实验，从火之国抓来许多幼儿作为实验体，但其中有一名孤儿幸存了下来并掌握了木遁之力，年少的他心中被黑暗笼罩，成为了团藏所建立的“根”组织的一员，代号为“甲”，在遇到卡卡西后他逐渐摆脱了心中的黑暗，脱离了“根”，第三代火影为他赋予了“大和”这个名字。[2]
三代风影之死赤砂之蝎为了制作最强的人傀儡而暗杀了被誉为历代风影里最强的三代风影，成为叛忍，砂隐村内部无人知晓三代风影的行踪。
晓组织长大后的弥彦、小南和长门三人以弥彦为首创立了组织「晓」，立志不靠极端武力来创造世界和平。之后有许多人加入了这个组织，组织逐渐壮大并声名鹊起。面具男以“宇智波斑”的身份现身，试图劝服并拉拢长门，被长门拒绝。
雨隐村的首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕「晓」的扩大会威胁到自己的统治地位。因此，半藏以「和平提案」骗「晓」进入他们圈套。
半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。在不知如何抉择之时，弥彦主动撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部歼灭的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁。眼见遭受欺骗，挚友又死于眼前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏发现他居然拥有传说中的轮回眼后落荒而逃。
弥彦死后，失去了重要之人的长门认为自己之前找到的“和平”的答案根本不值一提，他决定采取更加极端的做法，与面具男达成合作关系，计划收集尾兽制造尾兽兵器，以力量达成“和平”，成为了晓的明面首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的「天道」佩恩，用来统率晓组织。在佩恩房内还有五具「晓」成员的身躯。自此晓组织变成了叛忍组织。
多年后，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐村。
晓组织的目的定为，收集9只尾兽，制造尾兽兵器。
第一步：聚集大量金钱，为日后做准备。第二步：建立一个不属于任何国家的雇佣兵组织，挑起一些小战争，先以低廉的价格垄断小国的战争委托，加大战争规模，接着打破大国忍者体系（摧毁经济），垄断所有战争。第三步：征服世界。日斩将火影的座位交给其徒孙四代火影（此为大蛇丸叛逃木叶的原因之一）。之后的某日，大蛇丸因研究禁术，抓走村里的忍者和平民进行人体实验的事情败露而叛逃木叶，自来也曾想追回大蛇丸，但却没能如愿。后来大蛇丸加入了晓组织。
九尾之乱九尾人柱力漩涡玖辛奈即将进入分娩期，木叶高层相当重视。因为女性人柱力在怀孕期间，封印抑制尾兽的能量都去用来孕育胎儿，会导致封印成比例地减弱，之前水户分娩的时候封印就差点解开。日斩提议将产房设置在村外，并由严密的结界和众多直属火影管辖的暗部高手保护。
面具男瞄准这个封印减弱的机会潜入木叶。
日斩之妻猿飞琵琶湖与另一位暗部女忍田路担任接生婆，同时水门也会在旁边陪同保护玖辛奈并保住封印不被解开。一切准备就绪后，玖辛奈与琵琶湖开始前往村外，途中遇到好友宇智波美琴，与其聊天，得知美琴怀中所抱的婴儿正是已出生两个多月的宇智波佐助。玖辛奈希望将来鸣人能和佐助成为好朋友。
在产房中，九尾数次想要冲破封印，但都没成功。最后玖辛奈有惊无险地生下了一个健康的男婴——漩涡鸣人，水门为此高兴地流下了眼泪。
在产房外，众多暗部忍者却被面具男悄无声息地秒杀。随后面具男用时空间忍术穿透岩壁进入产房，瞬间杀害了两位接生婆后夺走了鸣人，用卑鄙的手段强迫水门带着救下来的鸣人用飞雷神之术离开了玖辛奈的身边，而玖辛奈的封印尚未修复完成。面具男再度用时空间忍术将玖辛奈带到室外某地，告诉玖辛奈此事他早就蓄谋已久，要用九尾来毁灭木叶。打开封印，将九尾通灵到木叶，以瞳力操纵，对木叶实施毁灭性打击，包括海野伊鲁卡的双亲在内的众多忍者均在这场灾难中牺牲。
尾兽被抽出，但玖辛奈因为得益于漩涡一族的强大生命力而并未立即死亡，这令面具男都感到惊讶。水门将极度虚弱的玖辛奈救下，带回家安顿好，玖辛奈抱着睡着的鸣人哭泣，水门换好衣服便急赴木叶。
日斩组织人马奋起抵抗，赶赴到现场的水门用时空间结界术转移走了九尾的尾兽玉。在暂时化解了村子的危机后，水门与面具男进行了对决，水门使用飞雷神二段与螺旋丸击伤面具男，并在此战留对面具男的身体留下了永远不会消失的飞雷神印记，解除了面具男对九尾的控制，面具男留下忠告并离开村子。
父母双亡玖辛奈用查克拉锁链勉强将九尾捆住并制造出结界，但却因身体已经达到了极限而吐血。水门心中无比愧疚，怪责自己受到玖辛奈那么多的帮助，但他到最后却没能够很好地保护母子俩。而玖辛奈并不埋怨，更没有悲伤，而是表示很开心很幸福，不仅理解和鼓励水门，还对水门说出了让他感动得再度流泪的爱的告白，并表示她唯一的遗憾，就是无法看到长大后的鸣人了。
最终水门做出了自己的选择：为了夫妇二人可以在鸣人长大之后与其见上一面，为了能让爱人不留遗憾，为了能让鸣人拥有彻底打败面具男的力量，同时也为了木叶、火之国，乃至忍界的和平与安定，毅然决定牺牲自己的生命，由自己来封印九尾，并将九尾的一半查克拉以及自己和玖辛奈最后的查克拉一并封印在鸣人身上，让夫妻俩都能够在鸣人体内陪伴着鸣人成长，并设定封印程序使他们能在最关键最危急的两个关头给予鸣人最大的帮助。
玖辛奈强烈反对水门的做法，认为其不应该就这样牺牲自己并且还让鸣人从小就背负如此沉重的负担，而是应当活下去抚养和教导鸣人成长。水门则坚持己见，阐述自己的想法，并说隐村灭亡的孩子不会幸福，玖辛奈自己就能够了解，最后终于说服了玖辛奈。之后水门先用尸鬼封尽封印了九尾的阴性查克拉，然后开始用八卦封印准备封印九尾的阳性查克拉。九尾发觉了水门的企图，趁玖辛奈虚弱之际要杀死鸣人，但被水门与玖辛奈夫妇拼死挡下。
最后，九尾被封印，水门和玖辛奈双双牺牲。
猿飞日斩因火影之位悬空（有担任火影实力的自来也和纲手皆长年在村外游历，无意担任火影）而复位。日斩个性慈祥、宽厚、重视村民的性命，故不认同团藏和顾问一贯对待宇智波一族的监视和高压政策，但为团藏和木叶高层顾问所不认同。
宇智波政变宇智波的天才宇智波鼬：木叶九尾之乱中，一个人在家保护还是婴儿的弟弟佐助。在第三次忍界大战中，睹了太多的死亡，所以他厌恶战乱，热爱和平。7岁毕业，8岁开写轮眼，10岁升中忍，11岁加入暗部，13岁成为暗部分队长。过于优秀的他在家族和村子都受到重用，在宇智波政变事件中作为木叶和宇智波的双重间谍而往来于两者之间。宇智波止水：外号「瞬身止水」，当时宇智波一族的最强忍者，与鼬是亲如兄弟、师徒的挚友关系。拥有最强幻术「别天神」，能够永久改变人的思想洗脑。其能力巨大，每次使用都需要十几年的冷却时间，除非有千手柱间的查克拉才能在短时间内再次使用此术。宇智波佐助：在哥哥宇智波鼬的天才光环下长大，所以父亲富岳更关心鼬，而有些忽视佐助。佐助则以鼬为榜样，在忍者学校取得第一名，在生活中喜欢与鼬一起修炼和玩乐，但一方面也对优秀的哥哥感到嫉妒。宇智波富岳：宇智波一族的族长，鼬与佐助的父亲，在一族中有着很高的名望，非常器重大儿子鼬，对小儿子佐助则稍欠关心。宇智波政变的主谋，他让鼬作为间谍潜入村子中枢。鼬是宇智波一族与宇智波止水齐名的少年天才，两人也是挚友。
「九尾之乱」后，由于宇智波一族的血继限界“写轮眼”具备可以驯服并控制九尾的瞳力，木叶高层怀疑宇智波族人是这次的幕后使者，所以志村团藏建议对宇智波地区进行24小时监控。
宇智波一族虽被木叶委以重任，但全族却越来越远离权力中心。本就对因为二代火影以建立木叶警务部队为由，将宇智波一族隔离的木叶基本政策而不满的宇智波族人终于爆发。作为族长的宇智波富岳计划政变，篡夺火影之位，并让升为暗部的鼬成为间谍窃取木叶的情报，但鼬同时也向木叶方透露宇智波一族的动向，成为了双面间谍往来于两方。
在危机爆发前宇智波止水面见三代火影，打算在宇智波一族的集会上观察宇智波富岳的态度，如果政变无法阻止，就使用最强幻术-别天神改变他的想法从而阻止叛乱。但是志村团藏并不相信他，同时也是早就觊觎他的万花筒写轮眼，所以偷袭夺取了止水的右眼。
在失去右眼之后止水为了不让左眼再落入其手、维护宇智波之名，将左眼送给鼬，并嘱咐鼬要为了和平使用它、全力阻止宇智波政变，并且让鼬对他的事情保密，最终投南贺河自尽。宇智波鼬亲眼目睹止水自杀，并因痛苦开启万花筒写轮眼，宇智波鼬使用万花筒写轮眼阅读了神社内六道仙人留下的只有万花筒写轮眼才能阅读的文字。
止水自杀使得宇智波族人元气大伤，士气低落，但是族人仍然决意叛变。因为止水自杀的那天，宇智波鼬没有参加宇智波的集会，没有不在场证明，所以宇智波族人怀疑是宇智波鼬杀死了止水。
灭族之夜宇智波富岳命令暗部分队长宇智波鼬深入木叶高层，打探机密。鼬不忍村内忍者互相残杀，担心因此引发战争，将宇智波政变计划透露给木叶高层。三代火影猿飞日斩希望通过谈判和宇智波达成和解，而志村团藏却准备一举歼灭宇智波一族，团藏以佐助的性命相要挟，让鼬做出选择。
为了保护村子防止其他国家因政变引发的内乱乘虚而入，也是为了止水的意愿和弟弟的性命，鼬利用自己搜集的情报得知了面具男的下落，与其达成交易，决定配合面具男[3]在夜晚歼灭全族。
鼬在来到父母的房间后，含泪与父母道别。父母将佐助托付给了鼬。
鼬对佐助说：「你不值得我杀。唤醒万花筒写轮眼就是杀死最亲近的人，有朝一日你拥有了同样的眼睛，再来找我。」，告诉佐助提升力量的途径并让佐助立下向自己复仇的目标。
佐助看到父母被鼬杀害，受到巨大刺激，开启单勾玉写轮眼，而后昏迷。
最终，鼬成为了灭杀家族的罪人，背负了所有罪孽和仇恨，维护了宇智波的名声，并留下了佐助的性命。
鼬逃离木叶后根据面具男的建议加入了他的组织「晓」。鼬以间谍身份加入晓组织，以叛忍的身份搜集对木叶不利的组织情报，并牵制晓的行动，临走前托付猿飞日斩保护佐助的安全同时隐瞒真相，并警告团藏如果敢对佐助下手，就把村子的所有情报泄露给非同盟国。
在灭族过程中，志村团藏和面具男分别收集了大量写轮眼。团藏与大蛇丸暗中勾结，团藏因为大蛇丸的研究获得了移植有柱间细胞和大量写轮眼的手臂。
同期毕业生被封印九尾妖狐的孩子尽管水门和玖辛奈临终前留下遗言，希望木叶隐村的村民把鸣人视为村子的英雄，但除了猿飞日斩和少部分了解内情的村民外，鸣人的身世并未对外公布，就连鸣人本人也不知道。村子里的大部分九尾之乱的亲历者都将鸣人视为九尾的化身，纷纷对他冷眼相待。
木叶有一个规定：绝对不在漩涡鸣人面前，提他是九尾妖狐。
白与再不斩白出生在水之国中总是下雪的小村庄里，村里的人们都因战乱害怕并仇恨血继限界。白的母亲就拥有冰遁的血继限界，并把这个秘密隐藏了很久。白的父亲发现了这个秘密，带领一队村民，先杀死白的母亲，正要对白下毒手时，惊恐中的白使用了血继限界，用冰锥杀死了在场的所有人。一夜之间变成孤儿的白，在水之国的大街小巷乞讨，最后遇上了再不斩。再不斩收留了白，并教会了白所有的战斗技巧，而白也将再不斩视为重要的人，有着能为他牺牲生命的觉悟。
辉夜一族的覆灭水之国的辉夜一族是天生好战的一族，拥有血继限界“尸骨脉”。君麻吕身为一族中天赋异禀的战斗天才却遭到囚禁，被当作兵器使用。在某次辉夜一族全员进攻雾隐村的行动中辉夜一族被灭族，而因病在身没有出战的君麻吕是辉夜一族唯一的幸存者[4]。大蛇丸将君麻吕收为部下并加以培养，希望他能成为自己转生的容器，而十分崇拜大蛇丸的君麻吕也心甘情愿成为大蛇丸的容器。与大蛇丸的实验体、咒印的源头——重吾是挚友，君麻吕在世时只有君麻吕能够在不伤人的情况下阻止重吾的暴走。
人形兵器我爱罗砂隐村经费短缺，为了有能保护村庄的强大武器，千代协助四代风影将一尾守鹤封印在我爱罗体内，牺牲我爱罗的母亲。由他的舅父夜叉丸养大。
因为我爱罗具备守鹤的可怕力量，所以村子的人憎恨和惧怕他。夜叉丸是唯一关照他的人，也只有夜叉丸了解我爱罗的心里其实并不想伤害任何人。
罗砂为了观察我爱罗能不能抑制自己的情感控制守鹤，派夜叉丸刺杀我爱罗，如果不从就亲自动手抹杀我爱罗。
夜叉丸骗我爱罗说夜叉丸从来没有爱过你，这样做只是希望能替姐姐报仇，最后夜叉丸用起爆符自爆身亡。
当我爱罗发现来杀他的竟然是夜叉丸时感到异常震惊悲伤，使守鹤失去控制，但被罗砂用砂金压制。罗砂认为我爱罗是个失败品，所以不断派杀手暗杀我爱罗，使我爱罗变得更加孤独、嗜血、厌世。
因为夜叉丸的谎言和父亲企图置他于死地的想法，我爱罗逐渐地转变成一个没有感情的人，发誓只为自己而活，从杀人中寻找乐趣，并用沙子在额头上刻了爱字。
日向家的天才木叶名门日向一族了保护“白眼”这一血继不被外人夺取，发明了宗家与分家的制度，日向一族的后代子孙将家族分为宗家与分家。分家则作为保护宗家的一方，宗家则是真正继承血统的一方，年幼的日向宁次由于是分家，被刻上了笼中鸟的咒印，这种咒印会导致白眼能力受到限制，只有死后才能解除，且白眼的能力会被笼中鸟封印。分家也无法学习宗家的秘术，一旦对宗家有敌意就会因为咒印而受到足以破坏脑神经的痛苦，宁次曾经看到父亲日差因为笼中鸟发作而痛苦不已，这使得宁次对宗家怀有很大的怨恨。
某次想要了解白眼秘密的某雷之国头目拐走了日向雏田，身为族长的日向日足杀死了该忍者，但却遭到雷之国的否认，而且还拿忍者头目被杀为借口提出了无理的要求-要求见到日向一族头领的尸首，否则扬言对木叶隐村及日向一族发动攻击。日向日差为了拯救日向家族及木叶隐村的人民，甘愿代哥哥（日向日足）去死。不知父亲意图的宁次进一步加深对宗家的怨恨。
鸣人与佐助的羁绊在宇智波灭族后，佐助也陷入孤身一人的境遇，遇到了同样孤身一人的鸣人，尽管表面上两人合不来，却也因为相同的处境开始默默关注起了彼此。
雏田与鸣人的邂逅日向雏田是世家日向家族宗家的长女，因为实力不如比她小五岁的日向花火，所以父亲对她非常失望。雏田某日伤心跑出家里，并被三个男孩欺负。这时漩涡鸣人出现救她，但却被三人揍打。随后雏田的家族的人带走雏田并希望她离鸣人远点，但雏田却开始关注、并喜欢上了鸣人。
晓组织相关面具男还用写轮眼控制了四代水影同时也是完美人柱力的矢仓，使雾隐村变得天昏地暗，导致原本专门为历代水影执行高难度任务的忍刀七人众也因不满村子的暴政而纷纷逃走，“血雾之村”的封闭式暴政导致了雾隐出现了许多叛忍，这其中就有雾隐村的暗杀术高手——“鬼人”桃地再不斩。
干柿鬼鲛杀死了通敌的前大刀鲛肌主人西瓜山河豚鬼，并遇到了用写轮眼幕后操纵四代水影矢仓的面具男，面具自称“宇智波斑”，向鬼鲛提出了“月之眼计划”，鬼鲛认同了“斑”的理想。后来鬼鲛因被怀疑杀害大名、进行国家破坏工作而被水之国通缉成为叛忍，并加入了晓，与宇智波鼬搭档。
后来矢仓的可疑举止被雾隐高层所注意，雾隐上忍青为矢仓解除了幻术，若干年后矢仓去世，雾隐村没有挑选下一位人柱力，三尾处于野生状态。
赤砂之蝎加入晓组织。大蛇丸在叛逃木叶后的某个时间段派遣药师兜作为卧底去调查晓组织，兜则成为蝎的部下，兜假装自己中了蝎的忍术的控制，表面上帮助蝎收集大蛇丸的情报，实际上是刺探晓组织的情报，大蛇丸也在这期间加入了晓组织。
某日[5]，当时还是晓组织成员的大蛇丸由于觊觎鼬的写轮眼而对鼬出手，但却反而被鼬使用幻术轻易制服，被鼬斩断了一只手臂，自知不敌的大蛇丸设法逃脱[6]，后因此脱离了组织，遭到晓组织的追杀。
晓组织首领长门看中了岩隐村忍者迪达拉的能力，派遣鼬、鬼鲛和蝎三人前往土之国的一处寺庙找到了隶属岩隐爆破部队的迪达拉，准备拉拢为蝎的搭档。鼬与迪达拉交战并轻易取胜，迪达拉答应加入晓，但同时也对于态度高傲的鼬以及写轮眼的能力感到无法认同，一直处心积虑想要打倒鼬。
第七班结成伊鲁卡的认同木叶的大部分村民都把漩涡鸣人当作九尾狐的化身，对他冷眼相待。孤单的鸣人为了引起人们的注意，不断在村里搞恶作剧，例如：涂鸦火影石像木叶内的大佬无视他这种行为。鸣人的老师伊鲁卡把他抓到课堂上复习准备毕业考。
在变身的考核上，【万年吊车尾】鸣人使用自创的「色诱之术」变出个裸女，伊鲁卡流着鼻血评价道：「不要创造出这么无聊的忍术！」多次触发剧情杀的忍术
下午，伊鲁卡监督鸣人擦完早上的涂鸦后，看鸣人没有家人很孤单，所以请他去吃拉面。鸣人在一乐拉面馆跟伊鲁卡说：「我不仅会成为火影，还会超越以往历代火影，让村民认同我的实力！」
隔天鸣人毕业考的题目是他最不擅长的「分身术」，所以不及格。中忍水木老师趁鸣人伤心之际，骗他去偷封印之书称偷到就能毕业。书中全是【初代火影】千手柱间认为危险程度过高，不允许普通忍者学习的禁忌之术。
鸣人和伊鲁卡被水木偷袭，水木嘴炮了鸣人，鸣人精神面临崩溃。伊鲁卡用身体挡住手里剑，跟鸣人说了自己的过去和向鸣人致歉并表示理解。在伊鲁卡将死之际，鸣人偷袭了水木，并使用刚学的「多重影分身之术」揍晕水木。鸣人得到伊鲁卡老师的认同而顺利毕业。
木叶丸与刚毕业的漩涡鸣人相遇，并请求鸣人教他能够打倒他爷爷猿飞日斩的「色诱之术」。在木叶丸的家庭教师惠比寿面前使用「后宫之术」，秒杀惠比寿。随后木叶丸便以打倒鸣人为目标。
鸣人他们从忍者学校毕业以后，伊鲁卡成为了木叶丸、乌冬、萌黄等人的老师，教导他们在忍者学校学习。
分班在教室内，鸣人很不爽春野樱眼里只有佐助，所以站在桌子上面对面盯着佐助；然后鸣人被前面的人不小心撞到，鸣人和佐助就接吻了。伊鲁卡以「三人、均衡」原则分配小组，因为佐助成绩最高，鸣人成绩最差，所以「鸣人、佐助、春野樱」组成「第七班」，指导老师是旗木卡卡西。
卡卡西给「第七班」的考验是：能否无视规则而帮助同伴因为他们再怎么合作也抢不了铃铛的。期间出现经典奥义体术「千年杀」。
因为漩涡鸣人偷吃，所以卡卡西不准给他们吃饭，要是其他人打破规则了，就判他们所有人不合格。
但佐助和春野樱还是打破卡卡西的规则，喂鸣人吃饭，卡卡西最终判定他们合格，使得他们学习到了团队合作的重要性。
波之国任务「第七班」收到「保护造桥专家达兹纳回到波之国」的C级任务，（但实际上，达兹纳由于无法支付B级任务的报酬，故而隐瞒了实情。由于有忍者介入，实际任务等级达到了B级（中忍级别）以上[7]）。在任务途中，他们遭到波之国的黑帮商人卡多雇佣的雾隐村叛忍鬼兄弟以及桃地再不斩的攻击。
当卡卡西被再不斩以水牢术所困时，鸣人灵机一动与佐助配合，用「风魔手里剑·影风车」将伪装成手里剑的鸣人掷出，鸣人在手里剑绕背后解除变身对再不斩投掷苦无，解开了再不斩对卡卡西的束缚，后来卡卡西打败了再不斩，但是被一名疑似雾隐暗部的少年使用千本“射杀”并将其“尸体”带走。
卡卡西击败再不斩后，便指导鸣人、佐助和小樱如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，最后均能达到树顶。卡卡西虽击败再不斩，但也因为写轮眼的副作用而倒下休养了一段时间。
鸣人等人寄宿在波之国伊那里一家中,同时他亦认识了一名神秘少年「白」，白告诉了鸣人，如果人为了守护自己重要的事物，就会变得很强，鸣人将这句话记在了心上。而实际上白便是之前带走再不斩的人，他攻击了能够使人假死的穴位骗过了卡卡西。
不久，诈死的桃地再不斩再度出现，向第七班复仇。而白同时出现，拥有血继限界的他跟佐助交手。白使出秘术「魔镜冰晶」，把佐助困在其中。此时，鸣人打败卡多派来绑架伊那利一家的两名手下后，匆忙赶到却鲁莽地冲进了白的陷阱。
佐助在一边保护鸣人一边战斗的同时，使用了写轮眼，白为了击败佐助，攻击鸣人以迫使佐助露出破绽。佐助明知是计，却用自己的身体掩护了鸣人，身受重伤倒下。鸣人误认为佐助被杀（实际上是白攻击了会致使人假死的部位），愤怒之下使出了九尾的力量，击败了白。白的面具脱落，鸣人才知道他原来是先前所认识的那位少年，白因为失败认为自己对再不斩失去了价值，请求鸣人杀死自己，而鸣人也为了替“死去”的佐助报仇，决定动手。
而此时再不斩被卡卡西使用追牙术捕获，白感到再不斩处于危险中，阻止了鸣人攻击后向鸣人致歉并离去。卡卡西准备以雷切终结再不斩时却被瞬身而来的白以肉身挡下，随后死亡，再不斩看似无情的继续向卡卡西发起攻击，但却产生了很大的动摇，被卡卡西轻易废掉双手的行动力。当鸣人得知白的死讯后，向看似冷漠的再不斩讲述了白对他的忠诚和情谊，让再不斩这个铁血之人落泪不已。
再不斩因为白的死亡而动摇，加上卡多的背叛，中止了与第七班的战斗，并反过来杀死了卡多，在卡多雇佣的手下准备暴乱时，鸣人和卡卡西一起使出影分身之术加上赶来的波之国人民吓退了那些人，但再不斩自己也因为被卡多的手下攻击身受重伤时日无多，再不斩临终时托付卡卡西将自己与白葬在一起，而卡卡西也确实遵从了再不斩的遗愿，将两人葬在一起。
达兹纳先生为感谢鸣人相助，把新筑的桥梁命名为「鸣人大桥」。
木叶摧毁之战中忍考试因大蛇丸的进攻，这届中忍考试无效。
「第七班」完成任务回到村子，卡卡西推荐他们参加即将举办的中忍考试。
在中忍考试的推荐会上，伊鲁卡强烈反对他们推荐自己曾经的学生参加中忍考试，认为孩子们还小，需要