慢性乙型肝炎需根据患者的具体情况采用综合性、个体化治疗方案，包括足够的休息和合理饮食及营养，调节心理状态，避免饮酒和服用损伤肝脏的药物，适当用药改善和恢复肝功能，调节机体免疫力，抗病毒和抗肝纤维化治疗。
一般治疗慢性乙型肝炎患者应注意休息，合理饮食，树立正确的疾病观念，树立治愈的信心。症状明显或病情较重者应卧床休息。
患者应戒酒，适当进食高蛋白、高维生素且易消化的食物，但不必过分强调高营养，以免发生脂肪肝。
对于重型肝炎并发肝性脑病的患者，还应严格遵医嘱给予低蛋白饮食。
药物治疗抗病毒治疗根据血清HBV DNA水平、血丙氨酸氨基转移酶（ALT）和肝脏疾病的严重程度，结合病人年龄、家族史和伴随疾病等因素，综合评估患者的疾病进展风险后，由医生决定是否给予抗病毒治疗、给予何种抗病毒方案。
核苷 （酸） 类似物（NAs）这类药物都是口服药，通过抑制病毒复制发挥治疗作用，疗程根据患者情况而定。
HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者待HBeAg血清转换后继续用药1年以上；HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者至少服药2年以上；肝硬化患者则需要长期服药。应用核苷（酸）类似物抗病毒治疗时应高度关注其耐药发生问题，一旦发生耐药，可能引起病情急剧反弹，少数可出现肝功能失代偿、急性肝功能衰竭，甚至死亡，因此应选择“高耐药屏障”的药物，也就是不容易产生耐药的药物。因此，治疗期间应密切监测HBV DNA水平，一旦发现可能发生耐药，应尽早给予相关检测以及挽救治疗。
目前我国批准上市的该类药物主要包括拉米夫定、恩替卡韦、替比夫定、阿德福韦酯、替诺福韦酯和丙酚替诺福韦，建议初治患者优先选择恩替卡韦、替诺福韦酯或丙酚替诺福韦，以降低耐药的可能。
核苷（酸）类似物在不良反应方面也各有不同，医生与患者需要关注的几点：
恩替卡韦有少数可发生乳酸酸中毒，可能发生恶心、呕吐等不适，如果发生不适须根据服药情况考虑到这一不良反应的可能性，安排相关血液检查；替诺福韦酯和阿德福韦酯长期用药应警惕肾功能不全和低磷性骨病，持续定期检测肾功能；替比夫定有发生肌炎、横纹肌溶解的个案，应关注用药后有无发展严重肌肉酸痛。干扰素类包括普通干扰素-α（INF-α）和聚乙二醇干扰素-α（Peg IFN-α），该类药物为注射用针剂，对于有抗病毒指征的患者一般对于相对年轻者（包括青少年患者）、希望近年内生育者、期望短期完成治疗者、初次接受抗病毒治疗者，可以优先考虑Peg IFN-α。
Peg IFN-α每周仅需给药一次，是长效制剂，且比普通的INF-α抗病毒效果更好。我国常用的PegIFN-α主要有聚乙二醇干扰素α-2a和聚乙二醇干扰素α-2b，两者均为每周注射1针，疗程1年。
干扰素类治疗的禁忌症如下：
血清胆红素≥正常值上限2倍；已有失代偿性肝硬化；有自身免疫性疾病；有重要器官病变（严重心肾疾患，糖尿病、甲状腺功能亢进或低下，以及精神神经异常等）；正在妊娠或短期内计划妊娠。干扰素-α常见的不良反应主要是流感样症候群，表现为：
多数有发热、寒战、头痛、肌肉酸痛和乏力等；少数人可有恶心、呕吐症状。在注射干扰素的同时服用解热镇痛药，其他不良反应，比如骨髓抑制（血细胞水平降低）、神经精神症状等。
抗纤维化治疗目前抗肝纤维化效果肯定的主要是抗病毒治疗药物，其他一些中成药，如安络化纤丸、复方鳖甲软肝片、活血化瘀胶囊等也有一定作用。
手术治疗慢性乙型肝炎一般无需手术治疗。但是病情发展至终末期肝硬化，肝功能衰竭时可考虑行肝移植手术。在肝脏移植过程中，外科医生会切除受损的肝脏，并用健康的肝脏替代。大多数移植的肝脏来自已故的捐赠者，但少数来自捐献一部分肝脏的活体捐赠者。
对于因HBV感染接受肝移植的患者，需要终身应用抗病毒药物以预防乙肝复发。
中医治疗中草药在护肝、降酶、退黄以及抗肝纤维化方面有一定作用，但需要在正规医院就诊，切忌听信偏方、到不正规的医院接受中医药治疗。
其他治疗对于慢性乙型肝炎患者发生肝功能衰竭导致的多种并发症，需要给予多种支持治疗以及人工肝支持系统，这对晚期重症肝炎、肝功衰竭有一定价值，可争取时间让肝细胞再生或为肝移植做准备。
前沿治疗近年有多种新药进入临床试验阶段，主要包括直接作用于HBV的抗病毒药物，免疫调节药物比如免疫激活剂、治疗用疫苗等， 但目前尚处于临床前、临床试验Ⅰ期和Ⅱ期。