许多个体工商户在业务发展到一定阶段时，可能会考虑申请成为增值税一般纳税人。然而，与小规模纳税人相比，成为一般纳税人并非总是意味着好处。在享受可能带来的便利（如开具增值税专用发票）的同时，个体户转为一般纳税人也面临着一系列的挑战和坏处。了解这些潜在的弊端，对于个体户做出明智的决策至关重要。
个体户申请一般纳税人的主要坏处详细解析
以下将详细列出并解析个体户申请成为一般纳税人可能面临的主要坏处：
增值税税负可能增加：更高的税率与复杂的计算
这是许多个体户转为一般纳税人后首先可能感受到的变化。虽然一般纳税人可以通过抵扣进项税来降低实际税负，但其适用的增值税税率通常高于小规模纳税人：
小规模纳税人： 适用较低的征收率（如3%），并且通常享受月销售额10万元以下或季度销售额30万元以下的免征增值税政策（具体标准可能随政策调整）。其税金计算方法相对简单：销售额 × 征收率。 一般纳税人： 适用较高的税率（如销售货物或提供加工修理修配劳务为13%，提供交通运输、建筑、租赁等服务为9%，提供现代服务等为6%）。其税金计算方法为：销项税额 - 进项税额 = 应纳增值税额。其中，销项税额 = 销售额 × 适用税率。对于那些进项税额较低，或者销售额原本可以享受小规模免税政策的个体户而言，转为一般纳税人后，即使能抵扣部分进项税，最终计算出的应纳税额仍可能高于其作为小规模纳税人时的税负，甚至是从无税负变为有税负。
会计核算难度大增：专业性要求高
小规模纳税人的会计核算相对简单，甚至很多个体户采用的是简单的“流水账”或聘请兼职会计即可。但一般纳税人则要求建立健全的会计制度，实行规范的会计核算：
必须按照企业会计准则或相关规定进行记账和核算。 需要进行详细的科目设置和明细核算，特别是要区分并准确核算销项税额和进项税额。 需要使用专业的财务软件进行账务处理。 日常的费用支出、收入确认等都需要严格按照会计制度执行。这意味着个体户需要聘请专业的全职会计或者委托有资质的代理记账公司，这无疑增加了运营的复杂性和成本。
运营成本上升：会计费与税务合规支出
与会计核算难度增加紧密相关的是运营成本的上升：
会计人员或代理记账费用： 聘请专业会计或委托代理记账公司的费用是一笔不小的开支，远高于小规模纳税人通常的记账费用。 财务软件及维护费用： 使用专业的财务软件需要购买、安装、培训和日常维护的费用。 税务风险应对成本： 一般纳税人面临更严格的税务监管，一旦出现税务问题，处理起来更为复杂，可能需要支付额外的咨询费甚至罚款。这些额外的支出对于盈利能力有限或规模较小的个体户来说，可能构成显著的负担。
税务监管更严：面临更高的税务风险
税务机关对一般纳税人的监管通常比小规模纳税人更为严格和频繁：
税务部门会更密切地关注一般纳税人的申报情况、发票开具与取得情况、库存情况等。 面临税务稽查的概率和深度都会增加。 一旦会计核算、发票管理或纳税申报出现差错，面临的罚款和滞纳金可能更重。 需要按期进行增值税纳税申报（通常是按月申报，虽然也有按季申报的选项），并需要进行年度企业所得税汇算清缴（如果个体户选择按企业方式纳税），申报的频率和复杂性都增加了。这意味着个体户需要投入更多精力确保税务合规，任何疏忽都可能带来较高的风险和成本。
进项税抵扣的局限性：并非所有支出都能获得抵扣凭证
一般纳税人税负计算的关键在于进项税抵扣。然而，在实际经营中，并非所有支出都能取得合法的增值税专用发票用于抵扣：
从小型个体户或个人处采购商品或服务，往往无法取得专用发票。 某些费用支出（如职工工资、社保、公积金、办公租金、部分日常行政开销等）根据税法规定是不能取得或不能抵扣进项税的。 有时供应商出于自身原因不愿意开具专用发票。如果个体户的主要成本支出集中在这些无法取得或无法抵扣进项税的项目上，那么即使成为一般纳税人，能够抵扣的进项税额也会非常有限，从而导致较高的实际税负。
行政负担增加：发票管理与税务申报的复杂性
成为一般纳税人后，不仅需要处理复杂的会计，税务申报和发票管理也变得更加繁琐：
需要使用增值税发票管理系统，进行发票的领用、开具、认证、申报、作废等操作。这需要专门的设备、软件和人员操作。 开具增值税专用发票对信息的准确性要求极高，一旦开错处理非常麻烦。 需要按期（通常是每月）进行增值税纳税申报，提交的报表和资料远多于小规模纳税人。 还需要面临年度企业所得税汇算清缴等更复杂的税务申报程序。这些行政事务会占据个体户经营者或其员工大量的时间和精力。
失去小规模纳税人的税收优惠
如前所述，小规模纳税人可以享受一系列专门的税收优惠政策，其中最重要的是销售额低于特定标准时的增值税免征政策。一旦转为一般纳税人，这些直接的、基于销售额的减免政策通常就不再适用。即使销售额仍在小规模纳税人的免税范围之内，一般纳税人也需要正常计算和缴纳增值税（除非有其他针对所有纳税人普惠性的减税政策）。
总结一下： 个体户申请一般纳税人的坏处主要体现在更高的潜在税负（尤其是进项税不足时）、显著增加的会计和税务处理复杂性、上升的运营和合规成本、更严格的税务监管及随之而来的风险，以及失去小规模纳税人特有的优惠政策。
因此，个体户在决定是否申请成为一般纳税人时，不应仅仅看到开具专用发票的便利，更要充分评估自身的业务模式、销售规模、成本结构（特别是能否取得足够的进项发票）、内部管理能力以及对额外成本和风险的承受能力。草率地转为一般纳税人，很可能带来一系列意想不到的麻烦和损失。