增值税顾名思义就是增值过程中征收的一种税。增值税是世界通行税，在各国都是大税种。增值税和营业税相比，一是比较公平，如果产品销售得少，销项税还没进项税多，则不交税(而且差额可以继续抵扣，无期限)，而营业税是按销售额的比例算的，不论盈亏都要交税。二是计税方式不一样，增值税分为进项税额和销项税额，按差价交税。增值税原25%分给地方，营改增后，50%分配给地方，以弥补其原营业税损失。
税务核算的准确性，直接影响到收益率的准确性。关于营改增的财税〔2016〕36号文件，对部分PPP行业冲击很大，
在实践中，项目的增值税核算问题，一些政策已经明朗：一是建设成本是否包含增值税问题。2017年9月住建部发布关于《建设项目总投资费用项目组成》 《建设项目工程总承包费用项目组成》征求意见稿(建办标函〔2017〕621号)，其中第一章第三条明确了“增值税是指应计入建设项目总投资内的增值税额”。二是资产证券化。财政部、国家税务总局《关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》(财税〔2016〕140号)第四条明确了：增值税找资管产品管理人，未来权益转让，要缴纳印花税(按回租算)。管理人取得的管理费收入，按财税〔2017〕2号文件，需按“直接收费金融服务”缴纳增值税(2017年7月1日起实行)。
一些政策尚待明朗：一是地方补贴是否征收增值税问题。国家税务总局公告2013年第3号《国家税务总局关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》明确规定“按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税”，但对于地方补贴目前无明确文件，各地区税务部门对政府付费(或缺口补贴)是否要求项目公司缴纳增值税，及增值税适用税率按建筑业11%，还是按服务业6%计取，一直无定论。目前PPP项目财务测算多采纳6%的数据。二是EPC总承包模式下的涉税处理一直存在争议，“营改增”后，该争议仍未解决。在实践中，税务机关存在两种不同的观点，第一种认为EPC项目应按混合销售处理，按企业的主要经营业务缴纳增值税，第二种认为应按兼营处理，根据EPC总包方在EPC项目中实际提供应税行为的分类，分别予以税务处理。但即便是按混合销售进行处理，目前的税收规则也未就主要经营业务的判定标准进行明确规定，实践中存在“营业执照首项法、综合比例法、单项业务比例法、作业对象法”等多种判定办法，不同税务机关依据不同的方式来判定纳税人的主要经营业务，亟待国家规范。三是目前税法并未对PPP项目移交阶段的税务处理进行明确规定，实践中PPP业界对此存在很大争议。BOT项目移交时无须做会计处理，也不用核算残值，但资产需变更项目业主(由项目公司变更为政府接管机构)，按现行税法，变更项目业主时应视同销售进行增值税税务处理。
营改增文件(财税〔2016〕36号) “第十四条下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产(二)单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。”PPP项目一般为基础设施或公共服务类项目，能否靠上公益事业，法律上并未明确。
PPP财务核算增值税时，需注意以下细节问题：一是有的增值税发票有进项税，但不能用于项目公司抵扣。例如银行贷款利息，银行开票有6%的增值税，但根据营改增财税〔2016〕36号文规定，此增值税不得用于抵扣。用水也是这样，水有6%的增值税，但增值税票是普票，不是专票所以不能抵扣。二是建设期增值税进项可以在运营期继续抵扣，PPP实施方案核算时容易忽略。我在财务测算时一般按抵扣三年核算。三是股东非货币性资产投资于项目公司，属于增值税意义上的应税行为，股东应就非货币性资产出资缴纳增值税，相应的，公司作为增值税服务的接受方，在取得股东开具的增值税专用发票、予以认证后可以抵扣进项。例如某环卫项目，社会资本用垃圾处理车辆抵做一部分注册资本金。若税务局认定垃圾处理车辆作价高于公允价值(可经评估确定)，还会征收所得税。四是营改增有利于融资租赁直租。融资租赁直租，增值税进项税多，可用于抵扣。营改增后，直租型融资租赁的出租人应按动产租赁服务税目缴纳增值税，项目公司可就取得的进项税额进行抵扣；而融资性售后回租业务的出租人却应按贷款服务缴纳增值税，相应的，项目公司购买贷款服务所取得进项税额不得从销项税额中抵扣。目前是融资租赁的窗口期，将来政府机构融资租赁权限可能收归银监会(企业不会受影响)。