当期增值税应纳税额＝当期销项税额－当期进项税额；当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。这是增值税的计税原理及征管规定之一。
而产生增值税留抵税额的原因，也正是由于增值税的计税原理所致。即，若当期进项税额大于当期销项税额时，差额部分就成为了结转至下期继续抵扣的留抵税额。
但也同是基于增值税的计税原理，当某期的销项税额大于当期进项税额时，其差额部分就成为当期的应纳税额需要缴纳；有留抵税额的，当期应抵扣税额包含该留抵税额、当期进项税额，若当期销项税额大于当期应抵扣税额时，其差额部分就成为当期的增值税应纳税额需要缴纳。
按照现行税法及相关政策规定，缴纳增值税的纳税人还需以缴纳的增值税额为计税（费）依据，依7%的税率（纳税人所在地在市区的，税率为7％；在县城、镇的，税率为5％；不在市区、县城或镇的，税率为1％）缴纳城市建设维护税，依3%和2%的标准缴纳教育费附加和地方教育附加。就所在地在市区的纳税人而言，缴纳的城市建设维护税及附加合计为已缴增值税税额12%的比例。
退还增值税期末留抵税额对附征城市建设维护税及附加的影响
如前所述，纳税人如果不申请退还增值税留抵税额，则可继续抵扣以后纳税期（比如往后6个月）产生的增值税销项税额，直到某期的销项税额大于当期应抵扣税额时，才需就差额部分（当期增值税应纳税额）缴纳城市建设维护税及附加。而如果此时申请退还了留抵税额，就意味着后期可继续抵扣的留抵税额清零或减少，当后期（比如此后第2个月）产生的销项税额大于进项税额（或应抵扣税额），其差额部分除了变成增值税应纳税额需要缴纳外，还需据此缴纳城市建设维护税及附加，就相当于已申请退还的这部分留抵税额，融入了后期的应纳税额成了城市建设维护税及附加的计税（费）依据。
这部分应纳税额（退还的留抵税额）对应的城市建设维护税及附加，也就一度被称为是因取得增值税留抵税额的退税所支付的“退税费用”。
例1：某市闻涛贸易有限公司2023年10月产生增值税销项税额100万元，当期取得进项税额10万元，上月账面期末增值税留抵税额为60万元，10月份的可抵扣税额为70万元（进项税额10万元+留抵税额60万元）。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税30万元：
应纳税额＝当期销项税额100万元－可抵扣税额70万元＝30万元。
同时，由于该公司缴纳了10月份的增值税30万元，当期还应申报缴纳城市建设维护税2.1万元、教育费附加0.9万元、地方教育附加0.6万元：
城市建设维护税：30万元×7%＝2.1万元
教育费附加：30万元×3%＝0.9万元
地方教育附加：30万元×2%＝0.6万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加3.6万元。
例2：某市闻涛建筑有限公司2023年10月产生增值税销项税额100万元，当期取得进项税额10万元，上月账面期末留抵税额60万元因符合期末留抵税额退税政策，已在10月申请退还。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税90万元：
应纳税额＝当期销项税额100万元－当期进项税额10万元＝90万元。
同时，由于该公司缴纳了10月份的增值税90万元，假设没有相关配套政策，则还应申报缴纳城市建设维护税6.3万元、教育费附加2.1万元、地方教育附加1.4万元：
城市建设维护税：90万元×7%＝6.3万元
教育费附加：90万元×3%＝2.7万元
地方教育附加：90万元×2%＝1.8万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加10.8万元。
城市建设维护税及附加的计税（征）依据中扣除退税额的效应
针对上述情况，为保证增值税期末留抵退税政策的有效落实，财政部、国家税务总局早在2018年7月份就出台了相关配套政策，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
怎么理解“允许从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”这句话的意思呢？现以与例2数据相同的例3来释义。
例3：某市闻涛建筑有限公司2023年10月产生增值税销项税额100万元，当期取得进项税额10万元，上月账面期末留抵税额60万元因符合期末留抵税额退税政策，已在10月申请退还。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税90万元（100－10＝90）。
同时，由于该公司缴纳了10月份的增值税90万元，按一般情形就还应以此为计税（征）依据申报缴纳城市建设维护税、教育费附加和地方教育附加。而根据“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”的政策规定，允许该公司将退还的增值税留抵税额60万元从当期城市维护建设税及附加的计税（征）依据（90万元）中扣除，该公司则可以30万元（90－60）为计税（征）依据申报缴纳10月份的城市建设维护税2.1万元、教育费附加0.9万元、地方教育附加0.6万元：
城市建设维护税：（90－60）万元×7%＝2.1万元
教育费附加：（90－60）万元×3%＝0.9万元
地方教育附加：（90－60）×2%＝0.6万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加3.6万元。
从例1、例2和例3的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加缴纳金额可见：
1. 在2023年10月份，该公司不申请退还增值税留抵税额，在11月份应缴10月份的城市维护建设税及附加3.6万元。
2. 如果没有相关配套政策，该公司在10月份退还增值税留抵税额60万元以后，在11月份要缴纳10月份的城市维护建设税及附加10.8万元，与不申请退还留抵税额相比，要多缴纳城市维护建设税及附加7.2万元（10.8－3.6），相当于额外支出了退还的60万元留抵税额12%的款项。
3. 而根据相关配套政策，在11月份仍只需缴纳10月份的城市维护建设税及附加3.6万元，与没有退还留抵税额时应缴纳的城市维护建设税及附加3.6万元持平。
综上，财税〔2018〕80号文件关于“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”的规定，与“退还增值税期末留抵税额”的政策规定配套使用，企业既取得了增值税留抵退税，又没有增加额外负担，堪称完美之举。
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