根据国税发〔2005〕9号文件的定义，全年一次性奖金是指“行政机关、企事业单位等扣缴义务人根据全年经济效益和对雇员全年工作业绩的综合考核情况向雇员发放的一次性奖金。上述一次性奖金也包括年终加薪，实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资”。
从“第13个月工资”和“全年一次性奖金”的定义看，他们之间的关系是比较难界定的。比如，有些企业在年终只有发13个月工资的规定，没有年终奖;有些企业是在年终考核后发年终奖，没有发13个月工资的规定;还有些企业既在年终对个人发放“第13个月工资”，也根据考核情况发年终奖。因此，“第13个月工资”和年终奖并没有必然的关系，只是不同企业的不同做法。
国税发〔2005〕9号文第五条规定，雇员取得除全年一次性奖金以外的其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。从性质上讲，企业发放的除按劳动合同规定的工资外，其他形式的报酬都属于奖金性质。因此，“第13个月工资”也应该属于一种奖金形式。
在确定了这一点后，我们来看看在国税发〔2005〕9号文下，“第13个月工资”该如何征收个人所得税。
一、如果企业在年底只发放“第13个月工资”不发放其他性质的一次性奖金：“第13个月工资”应依据国税发〔2005〕9号文的规定，将“第13个月工资”除以12，按其商数确定适用税率和速算扣除数来计算缴纳个人所得税。
二、如果企业在年底既发放“第13个月工资”也发放一次性奖金：根据国税发〔2005〕9号文第三条规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税方法只允许采用一次。同时结合第五条的规定，我们认为，对于企业既发放“第13个月工资”也发放一次性奖金，由于对“第13个月工资”和年终一次性奖金的关系，法律上也没有明确定义，企业可以在“第13个月工资”和全年一次性奖金中任选一个，按国税发〔2005〕9号文规定的方法计算缴纳个人所得税，但不能选择对“第13个月工资”和年终一次性奖金都按国税发〔2005〕9号文规定的方法来计算。如果选择一次性奖金按国税发〔2005〕9号文来计算，“第13个月工资”就必须和当月发放的工资薪金合并计算缴纳个人所得税。如果选择将“第13个月工资”按国税发〔2005〕9号文计算，则年终一次性奖金就必须和当月发放的工资合并计算缴纳个人所得税。
例如：某企业与A员工签订用人合同时规定，每月除支付A员工工资3000元外，公司会在年底根据经营情况，给每位员工发放第13个月工资。除此之外，公司会根据人事部门制定的绩效考核办法，对被评选为“优秀员工”的个人，派发1万元的年终奖。
(1)选择年终一次性奖金按国税发〔2005〕9号文来计算：
10000÷12=833(元)，税率10%，速算扣除数25;
一次性奖金应纳税额：10000×10%-25=975(元);
第13个月工资应纳税额：(3000+3000-1600)×15%-125=535(元);
合计应纳税额：975+535=1510(元)。
(2)选择第13个月工资按国税发〔2005〕9号文来计算：3000÷12=250(元)，税率5%;
第13个月工资应纳税额：3000×5%=150(元);
一次性奖金应纳税额：(3000+10000-1600)×20%-375=1905(元);
合计应纳税额：150+1905=2055(元)。
从上面的计算可以看出，选择将一次性奖金按国税发〔2005〕9号文来计算比较划算。当然，“第13个月工资”和年终一次性奖金的数额和企业的薪酬结构是密切相关的。一般而言，对既发年终奖又发“第13个月工资”的企业来说，如果“第13个月工资”数额大于一次性奖金的，选择“第13个月工资”按国税发〔2005〕9号文来计算比较划算，反之则应选择年终一次性奖金。