《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》(国家税务总局2015年公告第52号)第二条跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。基于此规定，劳务公司承接的工程劳务项目所在地税务局没有按照工程项目经营收入的一定比例代征项目部作业人员个人所得税的情况下，劳务公司项目部作业人员，包括农民工的个人所得税必须在工程项目所在地税务局进行全员全额扣缴申报。具体分析如下：
1、农民工工资薪金的个税扣缴义务人：支付农民工工资薪金的劳务公司。
《中华人民共和国个人所得税法》第九条个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。《个人所得税扣缴申报管理办法(试行)》(国家税务总局公告2018年第61号)第二条扣缴义务人，是指向个人支付所得的单位或者个人第六条扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。基于以上税法规定，如果劳务公司与农民工签订劳动合同，支付农民工工资薪金的劳务公司是农民工工资薪金的个税扣缴义务人。
2、农民工工资薪金是扣缴义务人实施全员全额扣缴申报个税的应税所得范围。
《个人所得税扣缴申报管理办法(试行)》(国家税务总局公告2018年第61号)第二条扣缴义务人应当依法办理全员全额扣缴申报。全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人应当在代扣税款的次月十五日内，向主管税务机关报送其支付所得的所有个人的有关信息、支付所得数额、扣除事项和数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息资料。
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(中华人共和国国务院令第707号)第六条第(一)项和《个人所得税扣缴申报管理办法(试行)》(国家税务总局公告2018年第61号)第四条第(一)项的规定，工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。工资、薪金所得是实行个人所得税全员全额扣缴申报的应税所得范围。
3、农民工工资薪金在劳务公司企业所得税前扣除的必备条件：劳务公司在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)实际支付。
在劳务公司与农民工签订劳动合同的情况下你，如果农民工工作时间短，则农民工提供的建筑劳务服务是临时工、季节工性质(相当与灵活性就业人员);如果农民工提供工作时间是一个月以上，一年以内，则农民工提供的建筑劳务服务是全日制用工性质。无论是临时工、季节工还是全日制用工的农民工，劳务公司在企业所得税前扣除的工资薪金成本都必须具备一个条件：实际支付了农民工工资。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第714号)第九条企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用;不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。基于此税法规定，劳务公司应给予农民工的工资只要是工程项目当年度发生的人工成本，即使没有支付，没有全员全额申报农民工个人所得税，根据权责发生制原则，也应该在当年度的企业所得税前扣除。但是本条中还规定“本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外”，因此，劳务公司支付给农民工工资，没有履行全员全额申报个人所得税的情况下，能否在企业所得税前扣除呢?还得依据“国务院财政、税务主管部门的另有规定”，这些“另有规定”是指以下文件的规定。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号)第一条：企业因雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员用工所实际发生的费用，应区分为工资薪金支出和职工福利费支出，并按《企业所得税法》规定在企业所得税前扣除。
《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2015年第34号)第二条，企业在年度汇算清缴结束前向员工实际支付的已预提汇缴年度工资薪金，准予在汇缴年度按规定扣除。
基于以上税收政策文件的规定，劳务公司预提农民工工资在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)进行扣除必须具备一个关键性条件：劳务公司必须在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)实际支付给农民工。换句话说，劳务公司每年度发生的农民工工资，只要在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)实际支付给农民工，就可以在劳务公司企业所得税前扣除。
4、农民工工资薪金在劳务公司企业所得税前扣除的可选条件：劳务公司依法履行农民工工资薪金的个税扣缴申报。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第714号)第三十四条企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函[2009]3号)第一条：《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
(1)企业制订了较为规范的员工工资薪金制度;
(2)企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平;
(3)企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的;
(4)企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
(5)有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的.
5、劳务公司未履行农民工工资个税扣缴申报的责任：将承担应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
《中华人民共和国税收征管法》第六十九扣缴义务人应扣未扣税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
6、农民工取得工资薪金所得，劳务公司未扣缴税款的纳税申报：农民工应自行办理个税汇算纳税申报
《中华人民共和国个人所得税法》第十条第(三)项取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应依法办理纳税申报。
根据《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》(国家税务总局公告2018年第62号)第一条、第三条第(一)项的规定，居民个人取得的综合所得，扣缴义务人未扣缴税款的，居民个人应当依法办理汇算清缴的纳税申报，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理个税汇算清缴的纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理个税汇算清缴的纳税申报。
根据《国家税务总局关于办理2023年度个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》(国家税务总局公告2023年第44号)第六条的规定，个人所得税汇算清缴纳税申报的办理方式可以从以下三种方法种任选一种：(一)自行办理年度汇算。(二)通过取得工资薪金或连续性取得劳务报酬所得的扣缴义务人代为办理。(三)委托涉税专业服务机构或其他单位及个人(以下称“受托人”)办理，受托人需与纳税人签订授权书。
7、分下结论
如果工程劳务项目所在地的税务局没有对建筑企业、劳务公司承包该工程项目经营收入的一定比例代征该项目作业人员的个税，则建筑企业、劳务公司对作业人员，特别是农民工的工资薪金收入必须在工程项目所在地税务局实行全员全额扣缴申报个人所得税。至于劳务公司对农民工工资是否实行全员全额扣缴申报个税才能在劳务公司企业所得税前扣除的问题，要从以下两方面进行处理：
第一，如果劳务公司注册地税务局管理严，根据国税函【2009】3号文件第一条的规定，只要同时符合以下两个必备条件，农民工工资成本才可以在劳务公司的企业所得税前进行扣除：一是劳务公司或建筑企业在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)实际支付了农民工工资;二是劳务公司或建筑企业依法对农民工工资薪金所得实施了全员全额扣缴申报个人所得税。
第二，如果劳务公司注册地税务局管理不是很严，根据国税含国税函【2009】3号文件第一条的规定，只要同时符合以下一个必备条件，农民工工资成本才可以在劳务公司的企业所得税前进行扣除：劳务公司或建筑企业在企业所得税汇算清缴年度前(每年的5月31日之前)实际支付了农民工工资。因为国税函【2009】3号文件第一条“税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握”中的规定是“可”，而不是“必须”或“应”，所以国税函【2009】3号文件第一条规定企业所得税前扣除必须符合“企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务”的规定，是税法赋予税务执法人员的决定权。除非当地税务局有地方税收政策文件规定：“用人单位在企业所得税前扣除的工资薪金所得必须是用人单位履行代扣代缴个人所得税”，那另当别论!