A公司在取得C公司的股权后，C公司向B公司及其两位个人股东购买的商标、专有技术等无形资产，以及向两位个人股东支付的不竞争补偿款，对价均经由专业评估机构进行了公允价值评估，示意性结果如下：
合同收款方项目金额（人民币）资产转让合同B公司商标500万元其他无形资产300万元无形资产转让合同个人股东专业技术500万元不竞争承诺书个人股东补偿款4500万元C公司已就向个人股东支付的款项合规代扣代缴了个人所得税并取得个人股东在税局代开的无形资产转让增值税发票。
交割后，B公司及C公司共同的主管税务机关针对上述交易中的无形资产和不竞争补偿款的定价向C公司提出了以下质询：
转让的专有技术应当归属于B公司而非个人，向两位个人股东支付的专有技术转让对价应该大部分支付给B公司不竞争承诺补偿款不仅限制了两位个人股东的个人行为，还限制了B公司的生产经营，且补偿款的公允价值也是参照B公司未来的经营状况预测进行评估。因此，补偿款应该大部分归属于B公司而非两位个人股东综上，税务机关主要关注C公司向两位个人股东支付的专有技术转让对价及不竞争补偿款的安排是否应该含有归属于B公司的资产转让所得，而导致B公司少缴纳企业所得税。作为收购方，C公司从业务实质和商业合理性的角度解释了上述交易定价安排，回复税务机关提出的质询如下：
该等交易是独立第三方交易，交易价格依据由专业评估机构的公允价值评估结果专有技术的相关配方等商业机密掌握在两位个人股东手中，因此专有技术的对价应直接支付给个人股东对于不竞争补偿款，由于两位个人股东实际掌握B公司经营业务的所有竞争性优势资源，包括客户和供应商资源、产品配方及标准、社会关系和网络等。仅限制B公司参与同业竞争，个人股东可以设立新公司开展同类业务。只有限制个人股东不以该等优势资源与C公司同业竞争，才可使原股东不再从事同行业的相关业务C公司作为上述无形资产交易的收购方，已经按规定履行代扣代缴个人所得税义务并取得合规发票凭证，并不存在少缴纳/少扣缴税款的情形经过数轮的沟通，税务机关未再对C公司的以上交易安排提出质疑，但表示不排除继续就该交易向出售方B公司和原个人股东进行调查。
综上，在类似的资产收购交易中，虽然卖方希望最终取得的总对价金额（或现金流入）往往是固定的，但对于该总对价金额应如何在不同资产的对价中分摊，则需要买卖双方充分考虑其商业合理性后商定。而对于收购方而言，不同资产的对价的税务处理也会对其未来税务效益产生影响。
除此以外，在资产收购交易的实施过程中还存在其它类似的税务考量点，例如：
若标的资产涉及不动产，需要考虑土地增值税和契税的影响。由于直接转让不动产很可能产生高额的税负成本，可考虑通过其他资产重组方式降低税负若同时收购资产、负债、人员等，采用整体资产转让不征增值税的处理，需要留存相关资料备查，并注意部分资产的过户登记（例如车辆）可能仍需要开具增值税发票方能进行若原标的公司持有特定的资质、牌照或业务无法在短时间内转移至新设公司，则收购方持有的新设公司可能需要在过渡期内与原标的公司合作共同开展经营业务（例如委托加工等形式），除了设计过渡期的业务模式外，还应对财税事项作出妥善安排（资金安排、关联交易安排和定价等）由此可见，资产收购交易在实施的过程中存在各种各样的涉税实操问题，往往需要综合考量商业、法律、财税等方面的影响。交易双方需要在设计交易架构时，分析相关安排对交易实施过程中对交易各方的影响，以优化交易成本、提高税务效益、降低被税务机关质疑的风险。