自然通风几乎不用花钱就可以实现。不过，自然通风原理有不少的弊端。
1. 近几年，为了符合国家对建筑节能的要求，防止热量损失和提高隔音效果，新开发的新楼盘密封性越来越好。窗户连细小的缝隙也没有了，每个房间的空间变得很密闭，新鲜空气无法进入室内。
2. 自然通风原理完全没有考虑到外界空气污染的存在。送入室内的空气没有经过过滤，外界所有污染物就会涌入室内。
3. 在华北地区，一到冬天，人们会仔细把这些门窗缝隙密封起来，防止冷风进入房间里。冬季需要通风时，人们不得不开窗通风，但这时候冰冷的空气直接影响家人的健康。所以，在中国华北地区自然通风方法不现实。
4. 建筑的排风管道长时间未清洗里面全是灰尘和脏物，排风管道的内直径变小，空气越来越难以流通，这使整个楼层的排风系统效果变差。
5. 自然通风效果很受外界天气元素的影响：外面刮大风时，排风管的空气无法往外流通，累积到排风管，压力增长之后排风管里的脏空气会往房间排回。室内外温差的不同也会影响自然通风效果。
结果，室外的温度以及刮风的力度和方向都会影响到自然排风的效果，这些元素我们无法控制，导致室内通风也无法控制，而且依靠自然通风送入室内的是未过滤的污染空气，并且冬季送入的是未加热的空气。