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研究背景
记得在两年前刚学生信时，和很多小伙伴一样，在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时，发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想，这么多基因，如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能，等注释完了，黄花菜都凉了。
后来导师告诉我可以对基因功能进行分类（也称富集），就是把功能相同或者相近的基因聚集到一条通路，常见富集分析如GO富集分析、KEGG富集分析。
然后通过查阅资料（度娘，你们懂的），才知道可以用
R程序包clusterProfiler[1]和在线网站DAVID[2]、g:Profiler[3]等工具做GO与KEGG富集分析。
但是用富集工具是clusterProfiler、DAVID做完富集分析之后，需要将富集结果进行可视化，可视化最常见的是气泡图，网上虽然有R语言绘制气泡图的教程与代码；
我亲身体会到这些代码是写给大神使用，对于小白来说是渴望而不可及的东西。
对于小白党遇到的问题，我们公司研发了一个新的平台，不需要敲代码，只需要用Excel把clusterProfiler、DAVID等富集分析工具输出的结果文件调整成特定的格式，上传文件，点击鼠标了，即可完成气泡图的绘制。
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使用方法
1.打开网址：
http://sangerbox.com/Tool点击“气泡图快速绘制工具”
2.输入数据
输入文件一共四列数据，第一列是功能富集结果描述信息，第二到第四列为数值数据。
3.参数设置
4.运行得出结果
参考文献
[1] Yu G, Wang LG, Han Y, He QY. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS. 2012;16(5):284‐287.
[2]Huang D W , Sherman B T , Lempicki R A . Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources[J]. Nature Protocols, 2008, 4(1):44-57.
[3] Raudvere U, Kolberg L, Kuzmin I, et al. g:Profiler: a web server for functional enrichment analysis and conversions of gene lists (2023 update). Nucleic Acids Res. 2023;47(W1):W191‐W198.
具体指引详见：
发表于 2023-05-26 10:57 阅读 ( 17391 ) 分类：软件工具